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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
13/06/2022 |
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Data da última atualização: |
13/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SALIM, J. A.; SARAIVA, A. M.; ZERMOGLIO, P. F.; AGOSTINI, K.; WOLOWSKI, M.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; BERGAMO, P. J.; VARASSIN, I. G.; FREITAS, L.; MAUES, M. M.; RECH, A. R.; VEIGA, A. K.; ACOSTA, A. L.; ARAUJO, A. C.; NOGUEIRA, A.; BLOCHTEIN, B.; FREITAS, B. M.; ALBERTINI, B. C.; MAIA-SILVA, C.; NUNES, C. E. P.; PIRES, C. S. S.; SANTOS, C. F. dos; QUEIROZ, E. P.; CARTOLANO, E. A.; OLIVEIRA, F. F. de; AMORIM, F. W.; FONTÚRBEL, F. E.; SILVA, G. V. da; CONSOLARO, H.; ALVES-DOS-SANTOS, I.; MACHADO, I. C.; SILVA, J. S.; ALEIXO, K. P.; CARVALHEIRO, L. G.; ROCCA, M. A.; PINHEIRO, M.; HRNCIR, M.; STREHER, N. S.; FERREIRA, P. A.; ALBUQUERQUE, P. M. C. de; MARUYAMA, P. K.; BORGES, R. C.; GIANNINI, T. C.; BRITO, V. L. G. |
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Afiliação: |
JOSÉ A. SALIM, USP; ANTONIO M. SARAIVA, USP; PAULA F. ZERMOGLIO, UNIVERSIDAD DE BUENOS AIRES; KAYNA AGOSTINI, UFSCAR; MARINA WOLOWSKI, UNIFAL; DEBORA PIGNATARI DRUCKER, CNPTIA; FILIPI M. SOARES, USP; PEDRO J. BERGAMO, JARDIM BOTÂNICO DO RIO DE JANEIRO; ISABELA G. VARASSIN, UFPR; LEANDRO FREITAS, JARDIM BOTÂNICO DO RIO DE JANEIRO; MARCIA MOTTA MAUES, CPATU; ANDRÉ R. RECH, UNIVERSIDADE FEDERAL DOS VALES DO JEQUITINHONHA E MUCURI, DIAMANTINA; ALLAN K. VEIGA, USP; ANDRE L. ACOSTA, INSTITUTO TECNOLÓGICO VALE, BELÉM; ANDRÉA C. ARAUJO, UFMS; ANSELMO NOGUEIRA, UFABC; BETINA BLOCHTEIN, PUCRS; BRENO M. FREITAS, UFC; BRUNO C. ALBERTINI, USP; CAMILA MAIA-SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL RURAL DO SEMI-ÁRIDO; CARLOS E. P. NUNES, UNIVERSITY OF STIRLING; CARMEN SILVIA SOARES PIRES, Cenargen; CHARLES F. DOS SANTOS, PUCRS; ELISA P. QUEIROZ, USP; ETIENNE A. CARTOLANO, USP; FAVÍZIA F. DE OLIVEIRA, UFBA; FELIPE W. AMORIM, UNESP; FRANCISCO E. FONTÚRBEL, PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE VALPARAÍSO, CHILE; GLEYCON V. DA SILVA, INPA; HÉLDER CONSOLARO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE CATALÃO; ISABEL ALVES-DOS-SANTOS, USP; ISABEL C. MACHADO, UFPE; JULIANA S. SILVA, INSTITUTO FEDERAL DE EDUCAÇÃO CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE MATO GROSSO; KÁTIA P. ALEIXO, ASSOCIAÇÃO BRASILEIRA DE ESTUDOS DAS ABELHAS; LUÍSA G. CARVALHEIRO, UFG, UNIVERSITY OF LISBOA; MÁRCIA A. ROCCA, UFS; MARDIORE PINHEIRO, UNIVERSIDADE FEDERAL DA FRONTEIRA SUL; MICHAEL HRNCIR, USP; NATHÁLIA S. STREHER, UNIVERSITY OF PITTSBURGH; PATRICIA A. FERREIRA, UFSCAR; PATRICIA M. C. DE ALBUQUERQUE, UFMA; PIETRO K. MARUYAMA, UFMG; RAFAEL C. BORGES, INSTITUTO TECNOLÓGICO VALE, BELÉM; TEREZA C. GIANNINI, INSTITUTO TECNOLÓGICO VALE, BELÉM; VINÍCIUS L. G. BRITO, UFU. |
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Título: |
Data standardization of plant-pollinator interactions. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
GigaScience, v. 11, p. 1-15, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1093/gigascience/giac043 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract. Background: Animal pollination is an important ecosystem function and service, ensuring both the integrity of natural systems and human well-being. Although many knowledge shortfalls remain, some high-quality data sets on biological interactions are now available. The development and adoption of standards for biodiversity data and metadata has promoted great advances in biological data sharing and aggregation, supporting large-scale studies and science-based public policies. However, these standards are currently not suitable to fully support interaction data sharing. Results: Here we present a vocabulary of terms and a data model for sharing plant-pollinator interactions data based on the Darwin Core standard. The vocabulary introduces 48 new terms targeting several aspects of plant-pollinator interactions and can be used to capture information from different approaches and scales. Additionally, we provide solutions for data serialization using RDF, XML, and DwC-Archives and recommendations of existing controlled vocabularies for some of the terms. Our contribution supports open access to standardized data on plant-pollinator interactions. Conclusions: The adoption of the vocabulary would facilitate data sharing to support studies ranging from the spatial and temporal distribution of interactions to the taxonomic, phenological, functional, and phylogenetic aspects of plant-pollinator interactions. We expect to fill data and knowledge gaps, thus further enabling scientific research on the ecology and evolution of plant-pollinator communities, biodiversity conservation, ecosystem services, and the development of public policies. The proposed data model is flexible and can be adapted for sharing other types of interactions data by developing discipline-specific vocabularies of terms. MenosAbstract. Background: Animal pollination is an important ecosystem function and service, ensuring both the integrity of natural systems and human well-being. Although many knowledge shortfalls remain, some high-quality data sets on biological interactions are now available. The development and adoption of standards for biodiversity data and metadata has promoted great advances in biological data sharing and aggregation, supporting large-scale studies and science-based public policies. However, these standards are currently not suitable to fully support interaction data sharing. Results: Here we present a vocabulary of terms and a data model for sharing plant-pollinator interactions data based on the Darwin Core standard. The vocabulary introduces 48 new terms targeting several aspects of plant-pollinator interactions and can be used to capture information from different approaches and scales. Additionally, we provide solutions for data serialization using RDF, XML, and DwC-Archives and recommendations of existing controlled vocabularies for some of the terms. Our contribution supports open access to standardized data on plant-pollinator interactions. Conclusions: The adoption of the vocabulary would facilitate data sharing to support studies ranging from the spatial and temporal distribution of interactions to the taxonomic, phenological, functional, and phylogenetic aspects of plant-pollinator interactions. We expect to fill data and knowledge gaps, thus further enabling sc... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Biodiversity informatics; Biodiversity information; Darwin Core; Informação sobre biodiversidade; Informática para biodiversidade; Interação planta-polinizador; Padronização de dados; Polinizador; Pollinator; Termos de vocabulário; Vocabulary of terms. |
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Thesagro: |
Biodiversidade; Polinização. |
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Thesaurus Nal: |
Pollination. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1143956/1/AP-Data-standardization-2022.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 34 | |
| 21. |  | MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 22. | | MAZONI, I.; SALIM, J. A.; YANO, I. H.; MORAES, F. R.; CARVALHO, J. G.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I.; NESHICH, G. Prediction of a-helix using data mining decision tree technique. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 41., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... [S.l]: SBBq, 2012. Não paginado. Poster.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 23. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, I. P. A.; SALIM, J. A; DE MORAES, F. R. Molecular modeling and structural analysis of the protein twitching motility of Xylella fastidiosa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA E RODADA E FEIRA DE NEGÓCIOS, 4., 2012, Guarujá. [Resumos]... [S.l.: s.n.], 2012. Não paginado. Brasil Biotec 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 24. | | SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; VON ZUBEN, F.; NESHICH, G. A pattern recognition approach for catalytic site residues prediction using STING structural protein descriptors. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 41., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... [S.l]: SBBq, 2012. Não paginado. 1 pôster.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 25. | | DRUCKER, D. P.; SALIM, J. A; TREKELS, M.; GROOM, Q.; PARR, C.; SOARES, F. M.; AGOSTINI, K.; SARAIVA, A. M.; MOLLOY, L.; HODSON, S.; GREGORY, A. Plant-pollinator interaction data: a case study of the WorldFAIR Project. Biodiversity Information Science and Standards, v. 6, e94310, 2022. Edição de resumos de The Biodiversity Information Standards (TDWG) annual conference, 2022, Sofia, Bulgaria.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 26. | | MORAES, F. R. de; VILLANUEVA, W. J. P.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; NISHIMURA, L.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; VON ZUBEN, F.; NESHICH, G. SIPEPPI, a systematic neuron network-based methodology for predicting protein-protein interfaces using STING database descriptors. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 28. | | NESHICH, G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F.; SALIM, J. A.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; ROCCHIA, W. Using structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential. In: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015. Chapter 12. p. 227-254.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 29. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; MARANGONI, S.; MARTINS, D.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A.; NESHICH, G.; JARDINE, J. G. Xylella fastidiosa hexameric pilus retraction motor PILT interfaces are maintained by non-hydrophobic contacts. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 30. | | NESHICH, I. A. P.; NISHIMURA, L.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; VILLALTA-ROMERO, F.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; TASIC, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Computational Biology tools for identifying specific ligand binding residues for novel agrochemical and drug design. Current Protein and Peptide Science, v. 16, n. 8, p. 701-717, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 31. | | SOARES, F. M.; KOFFLER, S.; GHILARDI-LOPES, P. N.; CARVELL, C.; CHIAZZESE, J.; DRUCKER, D. P.; SALIM, J. A.; ALBERTINI, B. de C.; NUNES-SILVA, P.; SARAIVA, A. M. Flower-Insect Timed Counts (FIT Count): protocol adaptation and preliminary results in Brazil. Biodiversity Information Science and Standards, v. 7, 3111545, 2023. Presented at TDWG 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
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| 32. | | SALIM, J. A; ZERMOGLIO, P. F.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; SARAIVA, A. M.; AGOSTINI, K.; FREITAS, L.; WOLOWSKI, M.; RECH, A. R.; MAUES, M. M.; VARASSIN, I. G. Plant-pollinator vocabulary - a contribution to interaction data standardization. Biodiversity Information Science and Standards, v. 5, p. 1-3, 2021. Trabalho apresentado na TDWG 2021 virtual annual conference. e75636.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 33. | | SALIM, J. A; ZERMOGLIO, P. F.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; SARAIVA, A. M.; AGOSTINI, K.; FREITAS, L.; WOLOWSKI, M.; RECH, A. R.; MAUES, M. M.; VARASSIN, I. G. Plant-pollinator vocabulary - a contribution to interaction data standardization. Biodiversity Information Science and Standards, v. 5, p. 1-3, 2021. Trabalho apresentado na TDWG 2021 virtual annual conference. e75636.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 34. | | SALIM, J. A.; SARAIVA, A. M.; ZERMOGLIO, P. F.; AGOSTINI, K.; WOLOWSKI, M.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; BERGAMO, P. J.; VARASSIN, I. G.; FREITAS, L.; MAUES, M. M.; RECH, A. R.; VEIGA, A. K.; ACOSTA, A. L.; ARAUJO, A. C.; NOGUEIRA, A.; BLOCHTEIN, B.; FREITAS, B. M.; ALBERTINI, B. C.; MAIA-SILVA, C.; NUNES, C. E. P.; PIRES, C. S. S.; SANTOS, C. F. dos; QUEIROZ, E. P.; CARTOLANO, E. A.; OLIVEIRA, F. F. de; AMORIM, F. W.; FONTÚRBEL, F. E.; SILVA, G. V. da; CONSOLARO, H.; ALVES-DOS-SANTOS, I.; MACHADO, I. C.; SILVA, J. S.; ALEIXO, K. P.; CARVALHEIRO, L. G.; ROCCA, M. A.; PINHEIRO, M.; HRNCIR, M.; STREHER, N. S.; FERREIRA, P. A.; ALBUQUERQUE, P. M. C. de; MARUYAMA, P. K.; BORGES, R. C.; GIANNINI, T. C.; BRITO, V. L. G. Data standardization of plant-pollinator interactions. GigaScience, v. 11, p. 1-15, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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