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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
18/11/2011 |
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Data da última atualização: |
18/11/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ANDRADE, F. T.; CAIXETA, E. T.; MACIEL, B. H.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, E. M.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
FLÁVIA THIEBAUT ANDRADE, UFV/BIOAGRO; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; BÁRBARA HUFNAGEL MACIEL, UFV/BIOAGRO; SAMUEL MAZZINGHY ALVARENGA, UFV/BIOAGRO; EUNIZE MACIEL ZAMBOLIM, UFV; NEY SUSSUMU SAKIYAMA, UFV. |
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Título: |
Obtenção de ESTs potencialmente relacionadas à resistência do cafeeiro à ferrugem por meio de análise in silico. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A partir das informações geradas no Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) foram identificadas, por meio de análise in silico, seqüências potencialmente envolvidas na resistência a Hemileia vastatrix Berk. et Br. presentes nos cafeeiros. Foram usadas diferentes estratégias para minerar as seqüências de interesse. Inicialmente, palavras-chave que correspondem a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram obtidas da literatura e utilizadas como ?iscas? para mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, criaram-se projetos englobando as ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças já publicadas com as seqüências do PBGC, por meio do algoritmo BLAST. Utilizou-se, também, o ?Electronic Northern?, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 8.968 seqüências do PBGC. O envolvimento ou ligação destas seqüências com genes de resistência à ferrugem do cafeeiro será confirmado, em trabalhos futuros, utilizando marcadores moleculares e técnicas de genômica funcional. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genômica; Mineração de dados. |
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Thesagro: |
Café. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/46995/1/Obtencao-de-ESTs.pdf
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Marc: |
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520 $aA partir das informações geradas no Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) foram identificadas, por meio de análise in silico, seqüências potencialmente envolvidas na resistência a Hemileia vastatrix Berk. et Br. presentes nos cafeeiros. Foram usadas diferentes estratégias para minerar as seqüências de interesse. Inicialmente, palavras-chave que correspondem a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram obtidas da literatura e utilizadas como ?iscas? para mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, criaram-se projetos englobando as ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças já publicadas com as seqüências do PBGC, por meio do algoritmo BLAST. Utilizou-se, também, o ?Electronic Northern?, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 8.968 seqüências do PBGC. O envolvimento ou ligação destas seqüências com genes de resistência à ferrugem do cafeeiro será confirmado, em trabalhos futuros, utilizando marcadores moleculares e técnicas de genômica funcional.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
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Data corrente: |
15/03/2012 |
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Data da última atualização: |
18/01/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CARVALHO, V. C.; SAWAZAKI, H. E.; GONÇALVES, C. R. N. C. B.; SENGER, M. M. M.; SA, L. A. N. de; VEGA, R. F. A.; ALCÂNTARA, M. Q.; COLOMBO, C. A. |
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Afiliação: |
VIRGÍNIA C. CARVALHO, PUCCAMP; HAIKO ENOK SAWAZAKI, IAC; CASSIARA REGINA N. CORREA BUENO GONÇALVES, CTC; MARINA, M.M. SENGER, PUCCAMP; LUIZ ALEXANDRE NOGUEIRA DE SA, CNPMA; RENATO FERRAZ DE ARRUDA VEIGA, IAC; MAILA Q. ALCÂNTARA, CNPq; CARLOS AUGUSTO COLOMBO, IAC. |
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Título: |
Análises moleculares de bactérias e fungo em cana-de-açúcar. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 4., 2010, Campinas. Anais... Campinas: IAC: ITAL: APTA; Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, 2010. 1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
RESUMO: A cana-de-açúcar é uma das principais culturas do Brasil, que é o maior produtor mundial de açúcar e álcool. A cultura da cana-de-açucar é extremamente vulnerável a doenças devido ao sistema de propagação por toletes facilitar a disseminação dos patógenos, uma vez que os colmos mesmo infectados podem não apresentar sintomas. A propagação dessas doenças em monoculturas em grandes áreas facilita as epidemias, sendo importante para o plantio de mudas sadias, métodos para a detecção precoce de doenças. Dentre as doenças mais importantes em cana-de-açúcar, são conhecidas as causadas por bactérias como a Leifsonia xyli subsp.xyli, agente causal do Raquitismo-da-soqueira ou ?ratoon stunting disease? (RSD) e a Xanthomonas albilineans, responsável pela Escaldadura das folhas ou ?sugarcarne leaf scald? (Ashby); por fungo como o do carvão (Ustilago scitaminea) que é uma doença considerada em todos os programas de melhoramento genético, com longo período de latência. Foram utilizadas como amostras folhas de plântulas de cana-açúcar desenvolvidas de cultura de tecido com cerca de 2 meses de transplante. Foram utilizados iniciadores de literatura para raquitismo e escaldadura ou desenvolvido pelo laboratório para carvão. Os fragmentos amplificados de cada doença foram clonados e a identidade confirmada por BLAST. O DNA dos controles positivos das reações foi obtido de clones dos fragmentos amplificados de plantas infectadas. Os iniciadores desenvolvidos para carvão mostraram especificidade em amostras de folhas de plântulas de cana-de-açúcar. A detecção de infecção confirma a eficácia da metodologia em plântulas com 2 meses de transplante, assim como o uso de clones como controle positivo, a maior facilidade para diagnostico de infecção em plântulas de cana-de-açúcar. MenosRESUMO: A cana-de-açúcar é uma das principais culturas do Brasil, que é o maior produtor mundial de açúcar e álcool. A cultura da cana-de-açucar é extremamente vulnerável a doenças devido ao sistema de propagação por toletes facilitar a disseminação dos patógenos, uma vez que os colmos mesmo infectados podem não apresentar sintomas. A propagação dessas doenças em monoculturas em grandes áreas facilita as epidemias, sendo importante para o plantio de mudas sadias, métodos para a detecção precoce de doenças. Dentre as doenças mais importantes em cana-de-açúcar, são conhecidas as causadas por bactérias como a Leifsonia xyli subsp.xyli, agente causal do Raquitismo-da-soqueira ou ?ratoon stunting disease? (RSD) e a Xanthomonas albilineans, responsável pela Escaldadura das folhas ou ?sugarcarne leaf scald? (Ashby); por fungo como o do carvão (Ustilago scitaminea) que é uma doença considerada em todos os programas de melhoramento genético, com longo período de latência. Foram utilizadas como amostras folhas de plântulas de cana-açúcar desenvolvidas de cultura de tecido com cerca de 2 meses de transplante. Foram utilizados iniciadores de literatura para raquitismo e escaldadura ou desenvolvido pelo laboratório para carvão. Os fragmentos amplificados de cada doença foram clonados e a identidade confirmada por BLAST. O DNA dos controles positivos das reações foi obtido de clones dos fragmentos amplificados de plantas infectadas. Os iniciadores desenvolvidos para carvão mostraram espec... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análises moleculares; Cana-de-açúcar. |
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Thesagro: |
Bactéria; Escaldadura; Fungo. |
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Categoria do assunto: |
H Saúde e Patologia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/55873/1/2011AA74.pdf
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Marc: |
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245 $aAnálises moleculares de bactérias e fungo em cana-de-açúcar.$h[electronic resource]
260 $aIn: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 4., 2010, Campinas. Anais... Campinas: IAC: ITAL: APTA; Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, 2010. 1 CD-ROM.$c2010
520 $aRESUMO: A cana-de-açúcar é uma das principais culturas do Brasil, que é o maior produtor mundial de açúcar e álcool. A cultura da cana-de-açucar é extremamente vulnerável a doenças devido ao sistema de propagação por toletes facilitar a disseminação dos patógenos, uma vez que os colmos mesmo infectados podem não apresentar sintomas. A propagação dessas doenças em monoculturas em grandes áreas facilita as epidemias, sendo importante para o plantio de mudas sadias, métodos para a detecção precoce de doenças. Dentre as doenças mais importantes em cana-de-açúcar, são conhecidas as causadas por bactérias como a Leifsonia xyli subsp.xyli, agente causal do Raquitismo-da-soqueira ou ?ratoon stunting disease? (RSD) e a Xanthomonas albilineans, responsável pela Escaldadura das folhas ou ?sugarcarne leaf scald? (Ashby); por fungo como o do carvão (Ustilago scitaminea) que é uma doença considerada em todos os programas de melhoramento genético, com longo período de latência. Foram utilizadas como amostras folhas de plântulas de cana-açúcar desenvolvidas de cultura de tecido com cerca de 2 meses de transplante. Foram utilizados iniciadores de literatura para raquitismo e escaldadura ou desenvolvido pelo laboratório para carvão. Os fragmentos amplificados de cada doença foram clonados e a identidade confirmada por BLAST. O DNA dos controles positivos das reações foi obtido de clones dos fragmentos amplificados de plantas infectadas. Os iniciadores desenvolvidos para carvão mostraram especificidade em amostras de folhas de plântulas de cana-de-açúcar. A detecção de infecção confirma a eficácia da metodologia em plântulas com 2 meses de transplante, assim como o uso de clones como controle positivo, a maior facilidade para diagnostico de infecção em plântulas de cana-de-açúcar.
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