| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
|
Data corrente: |
16/02/2012 |
|
Data da última atualização: |
17/04/2018 |
|
Autoria: |
NASCIMENTO, M.; SÁFADI, T.; SILVA, F. F. e. |
|
Afiliação: |
Moysés Nascimento, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística; Thelma Sáfadi, Universidade Federal de Lavras, Departamento de Ciências Exatas; Fabyano Fonseca e Silva, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística. |
|
Título: |
Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel. |
|
Ano de publicação: |
2011 |
|
Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 11, p. 1489-1495, nov. 2011 |
|
Idioma: |
Português |
|
Notas: |
Título em inglês: Application of cluster analysis of temporal gene expression data to panel data. |
|
Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados "microarray time series" e utilizadas, como variáveis, no processo de agrupamento. As previsões da expressão gênica foram feitas dentro de cada grupo formado, a partir dos ajustes no modelo AR(p) para dados em painel. O método de Ward foi o mais apropriado para a formação de grupos de genes com séries homogêneas. Uma vez obtidos esses grupos, é possível ajustar o modelo AR(2) para dados em painel e predizer a expressão gênica em um tempo futuro (135 min), a partir de um pequeno número de observações temporais (os outros nove valores de "fold-change"). |
|
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal; Tocher’s method. |
|
Thesaurus Nal: |
bioinformatics. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/54279/1/46n11a10.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02209naa a2200253 a 4500
001 1915898
005 2018-04-17
008 2011 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aNASCIMENTO, M.
245 $aAplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel.
260 $c2011
500 $aTítulo em inglês: Application of cluster analysis of temporal gene expression data to panel data.
520 $aO objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados "microarray time series" e utilizadas, como variáveis, no processo de agrupamento. As previsões da expressão gênica foram feitas dentro de cada grupo formado, a partir dos ajustes no modelo AR(p) para dados em painel. O método de Ward foi o mais apropriado para a formação de grupos de genes com séries homogêneas. Uma vez obtidos esses grupos, é possível ajustar o modelo AR(2) para dados em painel e predizer a expressão gênica em um tempo futuro (135 min), a partir de um pequeno número de observações temporais (os outros nove valores de "fold-change").
650 $abioinformatics
653 $aBioinformática
653 $aMétodo de Tocher
653 $aMétodo de Ward
653 $aMicroarranjo
653 $aModelo autorregressivo
653 $aSérie temporal
653 $aTocher’s method
700 1 $aSÁFADI, T.
700 1 $aSILVA, F. F. e
773 $tPesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF$gv. 46, n. 11, p. 1489-1495, nov. 2011
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 10 | |
| 5. |  | SILVA, F. F. e; MUNIZ, J. A.; AQUINO, L. H. de; SÁFADI, T. Abordagem Bayesiana da curva de lactação de cabras Saanen de primeira e segunda ordem de parto. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 40, n. 1, p. 27-33, jan. 2005 Título em inglês: Bayesian approach in the lactation curve of Saanen goats from first and second calving orders.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
|    |
| 7. | | SILVA, F. F. e; SÁFADI, T.; MUNIZ, J. A.; AQUINO, L. H. de; MOURÃO, G. B. Comparação bayesiana de modelos de previsão de diferenças esperadas nas progênies no melhoramento genético de gado Nelore. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 1, p. 37-45, jan. 2008| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 9. | | NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; SAFADI, T.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; CRUZ, C. D. Abordagem bayesiana para avaliação da adaptabilidade e estabilidade de genótipos de alfafa. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 46, n. 1, p. 26-32, jan. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 10. | | HOTT, M. C.; SÁFADI, T.; CARVALHO, L. M. T.; CARVALHO, G. R.; RESENDE, J. C. de; STOCK, L. A. Análise da volatilidade dos preços médios do leite ao produtor em Minas Gerais. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| Registros recuperados : 10 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
