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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
13/12/2018 |
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Data da última atualização: |
23/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA JUNIOR, O. B. da; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SA, M. E. L.; DEAL, R.; RAGOUSSIS, I.; GRATTAPAGLIA, D.; RECH FILHO, E. L. |
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Afiliação: |
ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; Cenargen; EMORY UNIVERSITY; MCGILL UNIVERSITY; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen; ELIBIO LEOPOLDO RECH FILHO, Cenargen. |
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Título: |
Coupling in-depth genome annotations with genome editing technology for harnessing genomic variation to promote precision breeding in tropical soybean. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
ABSTRACT: Directional selection during crop domestication and advanced breeding has resulted in significant changes in plant genomes. The extent of intraspecific variation in a crop documents domestication and highlights variants underlying complex traits. Studies demonstrate that most naturally occurring variants in crops are low frequency, and only a small fraction of those might have important functions to trait variation. To understand the inheritance of quantitative traits, diversity panels have become available by crossing inbred lines to produce genomic maps that relate phenotypic variation to recombination and ultimately to genome structure. Using these resources, genomics studies have suggested that selection performs poorly in pericentromeric regions because of reduced recombination frequency (RF). Thus, manipulating RF and meiotic crossover location is an appealing issue to advance crop breeding. In our study, we are using genomic analysis to characterize intragenomic diversity of tropical elite soybean lines in terms of heterozygosity, RF, chromatin structure and accessibility. Our results to date include the generation of draft genome assemblies for two soybean advanced lines using PACBIO long-read sequencing, Chromium Linked-Reads sequencing and an approach rooted in polymer physics that determines the most likely genome structure using chromosomal contact data. In-depth genome-wide characterization is ongoing using ATAC-Seq and Parent-Progeny resequencing. We also present our efforts to apply DNA-free editing tools in implementing genetic alterations that are expected to engineer desirable traits in soybeans by modifying meiotic specific expression. These changes are expected to increase genetic and epigenetic variations with favorable outcomes in seed oil and protein pathway regulation. Financial support: Embrapa-Monsanto Fund/Project:03.17.03.002.00.00 MenosABSTRACT: Directional selection during crop domestication and advanced breeding has resulted in significant changes in plant genomes. The extent of intraspecific variation in a crop documents domestication and highlights variants underlying complex traits. Studies demonstrate that most naturally occurring variants in crops are low frequency, and only a small fraction of those might have important functions to trait variation. To understand the inheritance of quantitative traits, diversity panels have become available by crossing inbred lines to produce genomic maps that relate phenotypic variation to recombination and ultimately to genome structure. Using these resources, genomics studies have suggested that selection performs poorly in pericentromeric regions because of reduced recombination frequency (RF). Thus, manipulating RF and meiotic crossover location is an appealing issue to advance crop breeding. In our study, we are using genomic analysis to characterize intragenomic diversity of tropical elite soybean lines in terms of heterozygosity, RF, chromatin structure and accessibility. Our results to date include the generation of draft genome assemblies for two soybean advanced lines using PACBIO long-read sequencing, Chromium Linked-Reads sequencing and an approach rooted in polymer physics that determines the most likely genome structure using chromosomal contact data. In-depth genome-wide characterization is ongoing using ATAC-Seq and Parent-Progeny resequencing. We ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise genômica; Seqüenciamento de longa duração. |
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Thesagro: |
Genoma; Melhoramento Genético Vegetal; Soja. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/187384/1/Coupling-in-depth-genome-annotations-with-genome-editing-technology-for-harnessing-genomic-variation-to-promote-precision-breeding-in-tropical-soybean-APAGAR.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 91 | |
| 81. |  | RIBEIRO, D. G.; MOTA, A. P. Z.; SANTOS, I. R.; ARRAES. F. B. M.; GRYNBERG, P.; FONTES, W.; CASTRO, M. de S.; SOUSA, M. V. de; LISEI-DE-SÁ, M. E.; SA, M. F. G. de; FRANCO, O. L.; REIS, A. M. dos. NBS-LRR-WRKY genes and protease inhibitors (PIs) seem essential for cowpea resistance to root-knot nematode. Journal of Proteomics, v. 261, 2022. 104575. Na publicação: Maria Fatima Grossi-de-Sá; Angela Mehta.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 82. | | MOREIRA, V. J. V.; LOURENCO, I. T.; BASSO, M. F.; LISEI-DE-SA, M. E.; MORGANTE, C. V.; PAES-DE-MELO, B.; ARRAES, F. B. M.; MARTINS-DE-SA, D.; SILVA, M. C. M. da; ENGLER, J. de A.; SA, M. F. G. de. Minc03328 effector gene downregulation severely affects Meloidogyne incognita parasitism in transgenic Arabidopsis thaliana. Planta, v. 255,44, 2022. Na publicação: Isabela Tristan Lourenço-Tessutti; Maria Cristina Mattar Silva; Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 83. | | MOREIRA, V. J. V; LOURENCO, I. T.; BASSO, M. F.; SÁ. M. E. L. de; MORGANTE, C. V.; MELO, B. P.; ARRAES, F. B. M.; SÁ, D. M. de; SILVA, M. C. M. da; ENGLER, J. de A.; SA, M. F. G. de. Minc03328 effector gene down regulation severely affects Meloidogyne incognita parasitism in transgenic Arabidopsis thaliana. Planta, v. 255, n. 2, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 84. | | RIBEIRO, T. P.; ARRAES, F. B. M.; LOURENCO-TESSUTTI, I. T.; SILVA, M. S.; LISEI-DE-SÁ, M. E.; LUCENA, W. A.; MACEDO, L. L. P. de; LIMA, J. N.; AMORIM, R. M. S.; ARTICO, S.; ALVES-FERREIRA, M.; SILVA, M. C. M.; GROSSI-DE-SA, M. F. Transgenic cotton expressing Cry10Aa toxin confers high resistance to the cotton boll weevil. Plant Biotechnology Journal, v. 15, p. 997-1009, 2017. (Open Access).| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 85. | | BENEVENTI, M. A.; SILVA JUNIOR, O. B. da; SÁ, M. E. L. de; FIRMINO, A. A. P.; AMORIM, R. M. S. de; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, M. C. M. da; SILVA, J. P. da; CAMPOS, M. de A.; LOPES, M. J. C.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; GROSSI DE SÁ, M. F. Transcription profile of soybean-root-knot nematode interaction reveals a key role of phythormones in the resistance reaction. BMC Genomics, v. 14: 322, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 86. | | LISEI-DE-SÁ, M. e; RODRIGUES‑SILVA, P. L.; MORGANTE, C. V.; MELO, B. P. de; LOURENCO, I. T.; ARRAES, F. B. M.; SOUSA, J. P. A.; GALBIERI, R.; AMORIM, R. M. S.; LINS, C. B. J. de; MACEDO, L. L. P. de; MOREIRA, V. J.; FERREIRA, G. F.; RIBEIRO, T. P.; FRAGOSO, R. da R.; SILVA, M. C. M. da; ALMEIDA-ENGLER, J. de; SA, M. F. G. de. Pyramiding dsRNAs increases phytonematode tolerance in cotton plants. Planta, v. 254, 2021. Na publicação: Isabela T. Lourenço-Tessutti; Leonardo L. P. Macedo; Rodrigo R. Fragoso; Maria C. M. Silva; Maria F. Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 87. | | ARRAES, F. B. M.; VASQUEZ, D. D. N.; TAHIR, M.; PINHEIRO, D. H.; FAHEEM, M.; FREITAS-ALVES, N. S.; MOREIRA-PINTO, C. E.; MOREIRA, V. J. V.; PAES-DE-MELO, B.; LISEI-DE-SA, M. E.; MORGANTE, C. V.; MOTA, A. P. Z.; LOURENCO, I. T.; TOGAWA, R. C.; GRYNBERG, P.; FRAGOSO, R. da R.; ALMEIDA-ENGLER, J. de; LARSEN, M. R.; GROSSI-DE-SA, M. F. Integrated omic approaches reveal molecular mechanisms of tolerance during soybean and meloidogyne incognita interactions. Plants, v. 11, 2744, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 88. | | FREITAS‑ALVES, N. S.; MOREIRA‑PINTO, C. E.; ARRAES, F. B. M.; COSTA, L. S. de L.; ABREU, R. A. de; MOREIRA, V. J. V.; LOURENCO, I. T.; PINHEIRO, D. H.; LISEI‑DE‑SA, M. E.; PAES‑DE‑MELO, B.; PEREIRA, B. M.; GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M.; ALMEIDA‑ENGLER, J. de; SOCCOL, C. R.; MORGANTE, C. V.; BASSO, M. F.; SA, M. F. G. de. An ex vitro hairy root system from petioles of detached soybean leaves for in planta screening of target genes and CRISPR strategies associated with nematode bioassays. Planta, v. 259, 23, 2024. Na publicação: Isabela T. Lourenço‑Tessutti; Maria F. Grossi‑de‑Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 89. | | FRAGOSO, R. da R.; ARRAES, F. B. M.; LOURENCO, I. T.; MIRANDA, V. J.; BASSO, M. F.; FERREIRA, A. V. J.; VIANA, A. A. B.; LINS, C. B. J.; LINS, P. C.; MOURA, S. M.; BATISTA, J. A. N.; SILVA, M. C. M. da; ENGLER, G.; MORGANTE, C. V.; LISEI-DE-SA, M. E.; VASQUES, R. M.; ALMEIDA-ENGLER, J. de; SA, M. F. G. de. Functional characterization of the pUceS8.3 promoter and its potential use for ectopic gene overexpression. Planta, v. 256, n. 4, 2022. Na publicação: Rodrigo Rocha Fragoso; Isabela Tristan Lourenço-Tessutti; Maria Cristina Mattar Silva; Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 90. | | MENDES, R. A. G.; BASSO, M. F.; MELO, B. P. de; RIBEIRO, T. P.; LIMA, R. N.; ARAÚJO, J. F. de; GROSSI-DE-SA, M.; MATTOS, V. da S.; TOGAWA, R. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S. A.; LISEI-DE-SA, M. E.; SILVA, M. C. M. da; MACEDO, L. L. P. de; FRAGOSO, R. da R.; FERNANDEZ, D.; VIGNOLS, F.; SA, M. F. G. de. The Mi-EFF1/Minc17998 effector interacts with the soybean GmHub6 protein to promote host plant parasitism by Meloidogyne incognita. Physiological and Molecular Plant Pathology, v. 114, 101630, 2021. Na publicação: Leonardo Lima Pepino Macedo; Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 91. | | BASSO, M. F.; COSTA, J. A.; RIBEIRO, T. P.; ARRAES, F. B. M.; LOURENCO, I. T.; MACEDO, A. F.; NEVES, M. R. das; NARDELI, S. M.; ARGE, L. W.; PEREZ, C. E. A.; SILVA, P. L. R.; MACEDO, L. L. P. de; LISEI-DE-SA, M. E.; AMORIM, R. M. S.; PINTO, E. R. de C.; SILVA, M. C. M. da; MORGANTE, C. V.; FLOH, E. I. S.; ALVES-FERREIRA, M.; SA, M. F. G. de. Overexpression of the CaHB12 transcription factor in cotton (Gossypium hirsutum) improves drought tolerance. Plant Physiology and Biochemistry, v. 165, p. 80-93, 2021. Na publicação: Isabela Tristan Lourenço-Tessutti; Maria Cristina Mattar Silva; Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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