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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
Data corrente: |
24/01/2015 |
Data da última atualização: |
05/02/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MÉSZÁROS, G.; BICKHART, D. M.; LIU, G. E.; TASSEL, C. P. V.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. |
Afiliação: |
ANA M. PÉREZ O'BRIEN, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna; YURI T. UTSUNOMIYA, UNESP; GÁBOR MÉSZÁROS, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna; DEREK M BICKHART, ARS-USDA, USA; GEORGE E. LIU, ARS-USDA, USA; CURTIS P. VAN TASSEL, ARS-USDA, USA; TAD S. SONSTEGARD, ARS-USDA, USA; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; JOSÉ F. GARCIA, UNESP; JOHANN SÖLKNER, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna. |
Título: |
Assessing signatures of selection through variation in linkage disequilibrium between taurine and indicine cattle. |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
Genetics Selection Evolution, v. 46, n. 19, 2014. |
Páginas: |
14 p. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Signatures of selection are regions in the genome that have been preferentially increased in frequency and fixed in a population because of their functional importance in specific processes. These regions can be detected because of their lower genetic variability and specific regional linkage disequilibrium (LD) patterns. By comparing the differences in regional LD variation between dairy and beef cattle types, and between indicine and taurine subspecies, we aim at finding signatures of selection for production and adaptation in cattle breeds. The VarLD method was applied to compare the LD variation in the autosomal genome between breeds, including Angus and Brown Swiss, representing taurine breeds, and Nelore and Gir, representing indicine breeds. The conclusions are that VarLD method is a powerful tool to identify differences in linkage disequilibrium between cattle populations and putative signatures of selection with potential adaptive and productive importance. |
Palavras-Chave: |
Indicine; Minor allele frequency. |
Thesaurus Nal: |
Genetic improvement; Linkage disequilibrium; Taurine. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/116426/1/Cnpgl-2014-Genetics-Selection-Evolution-Assessing-signatures-of-selection.pdf
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Marc: |
LEADER 01864naa a2200301 a 4500 001 2006605 005 2024-02-05 008 2014 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aO'BRIEN, A. M. P. 245 $aAssessing signatures of selection through variation in linkage disequilibrium between taurine and indicine cattle.$h[electronic resource] 260 $c2014 300 $a14 p. 520 $aSignatures of selection are regions in the genome that have been preferentially increased in frequency and fixed in a population because of their functional importance in specific processes. These regions can be detected because of their lower genetic variability and specific regional linkage disequilibrium (LD) patterns. By comparing the differences in regional LD variation between dairy and beef cattle types, and between indicine and taurine subspecies, we aim at finding signatures of selection for production and adaptation in cattle breeds. The VarLD method was applied to compare the LD variation in the autosomal genome between breeds, including Angus and Brown Swiss, representing taurine breeds, and Nelore and Gir, representing indicine breeds. The conclusions are that VarLD method is a powerful tool to identify differences in linkage disequilibrium between cattle populations and putative signatures of selection with potential adaptive and productive importance. 650 $aGenetic improvement 650 $aLinkage disequilibrium 650 $aTaurine 653 $aIndicine 653 $aMinor allele frequency 700 1 $aUTSUNOMIYA, Y. T. 700 1 $aMÉSZÁROS, G. 700 1 $aBICKHART, D. M. 700 1 $aLIU, G. E. 700 1 $aTASSEL, C. P. V. 700 1 $aSONSTEGARD, T. S. 700 1 $aSILVA, M. V. G. B. 700 1 $aGARCIA, J. F. 700 1 $aSÖLKNER, J. 773 $tGenetics Selection Evolution$gv. 46, n. 19, 2014.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Registros recuperados : 19 | |
1. | | IÑIGUEZ ROJAS, L.; MUELLER, J. P.; FACO, O.; WURZINGER, M.; SÖLKNER, J.; RODRÍGUEZ, T.; SALINAS GONZÁLEZ, H. Limitaciones y sostenibilidad del mejoramiento genético comunitario para pequeños productores en las zonas Áridas de Latinoamérica. In: IÑIGUEZ ROJAS, L. (Ed.). La producción de rumiantes menores en las zonas áridas de Latinoamerica. Brasília, DF: Embrapa: ICARDA: IFAD, 2013. Cap. 23, p. 515-538.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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2. | | SANTOS, D. J.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; PEIXOTO, M. G. C. D.; TONHATI, H.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. An approach to genomic analysis of longitudinal data using random regression In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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3. | | MÉSZÁROS, G.; BOISON, S. A.; O'BRIEN, A. M. P.; FERENCAKOVIC, M.; CURIK, I.; SILVA, M. V. G. B.; UTSONOMIYA, Y. T.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Genomic analysis for managing small and endangered populations: a case study in Tyrol Grey cattle. Frontiers in Genetics, v. 6, p. 192-203, 2015. Article 173.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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4. | | BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; PEIXOTO, M. G. C. D.; SILVA, M. V. G. B. Genomic Evaluation Using 50K and Imputed HD Genotypes in Guzera (Bos indicus) Breed. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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5. | | O'BRIEN, A. M. P.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F.; TASSEL, C. P. V.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. Linkage disequilibrium levels in Bos indicus and Bos taurus cattle using medium and high density SNP chip data and different minor allele frequency distributions. Livestock Science, v. 166, p. 121-132, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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6. | | BOISON, S. A.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. Imputation of non-genotyped individuals using genotyped progeny in Nellore, a Bos indicus cattle breed. Livestock Science, v. 166, p. 176-189, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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7. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; MÉSZÁROS, G.; CARVALHEIRO, R.; GARCIA, J. F.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. Accuracy of genomic predictions for dairy traits in Gyr cattle (Bos indicus) Warsaw: EAAP, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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8. | | O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MÉSZÁROS, G.; BICKHART, D. M.; LIU, G. E.; TASSEL, C. P. V.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Assessing signatures of selection through variation in linkage disequilibrium between taurine and indicine cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, n. 19, 2014. 14 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
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9. | | MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; FONSECA, R. da; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Association Study for Calving Interval in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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10. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Scan for Age at First Calving in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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11. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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12. | | BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A.; UTSONOMIYA, A. H. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. Strategies for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping to enhance genotype imputation in Gyr (Bos indicus) dairy cattle: Comparison of commercially available SNP chips. Journal of Dairy Science, v. 98, n. 7, p. 4969-4989, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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13. | | NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, article 17, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
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14. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. Accuracy of genomic predictions in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 7, p. 5479-5490, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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15. | | ZAVAREZ, L. B.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; FERENCAKOVIC, M.; O'BRIEN, A. M. P.; CURIK, I.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V.; SILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. Assessment of autozygosity in Nellore cows (Bos indicus) through high-density SNP genotypes. Frontiers in Genetics, v. 6, n. 5, p. 286-293, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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16. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; O'BRIEN, A. M. P.; SÖLKNER, J.; McEWAN, J. C.; COLE, J. B.; TASSEL, C. P. V.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; PORTO NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide association study for birth weight in Nellore cattle points to previously described orthologous genes affecting human and bovine height. BMC Genetics, London, v. 14, article 52, 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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17. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle. Plos One v. 9, n. 2, p. 1-9, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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18. | | O'BRIEN, A. M. P.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Low levels of taurine introgression in the current Brazilian Nelore and Gir indicine cattle populations. Genetics Selection Evolution, v. 47, article 31, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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19. | | SÖLKNER, J.; PEREZ O'BRIEN, A. M.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F. Zebuines kerngenom und taurine Mitochondrien: admixtur von Nelore, der größten brasilianischen rinderrasse. Nova Acta Leopoldina, NF 119, n. 404, p. 69-75, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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