| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
|
Data corrente: |
29/11/2018 |
|
Data da última atualização: |
29/11/2018 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
SILVA JUNIOR, O. B. da; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SA, M. E. L.; DEAL, R.; RAGOUSSIS, I.; GRATTAPAGLIA, D.; RECH FILHO, E. L. |
|
Afiliação: |
ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; Cenargen; EMORY UNIVERSITY; MCGILL UNIVERSITY; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen; ELIBIO LEOPOLDO RECH FILHO, Cenargen. |
|
Título: |
Coupling in-depth genome annotations with genome editing technology for harnessing genomic variation to promote precision breeding in tropical soybean. |
|
Ano de publicação: |
2018 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
ABSTRACT: Directional selection during crop domestication and advanced breeding has resulted in significant changes in plant genomes. The extent of intraspecific variation in a crop documents domestication and highlights variants underlying complex traits. Studies demonstrate that most naturally occurring variants in crops are low frequency, and only a small fraction of those might have important functions to trait variation. To understand the inheritance of quantitative traits, diversity panels have become available by crossing inbred lines to produce genomic maps that relate phenotypic variation to recombination and ultimately to genome structure. Using these resources, genomics studies have suggested that selection performs poorly in pericentromeric regions because of reduced recombination frequency (RF). Thus, manipulating RF and meiotic crossover location is an appealing issue to advance crop breeding. In our study, we are using genomic analysis to characterize intragenomic diversity of tropical elite soybean lines in terms of heterozygosity, RF, chromatin structure and accessibility. Our results to date include the generation of draft genome assemblies for two soybean advanced lines using PACBIO long-read sequencing, Chromium Linked-Reads sequencing and an approach rooted in polymer physics that determines the most likely genome structure using chromosomal contact data. In-depth genome-wide characterization is ongoing using ATAC-Seq and Parent-Progeny resequencing. We also present our efforts to apply DNA-free editing tools in implementing genetic alterations that are expected to engineer desirable traits in soybeans by modifying meiotic specific expression. These changes are expected to increase genetic and epigenetic variations with favorable outcomes in seed oil and protein pathway regulation. Financial support: Embrapa-Monsanto Fund/Project:03.17.03.002.00.00 MenosABSTRACT: Directional selection during crop domestication and advanced breeding has resulted in significant changes in plant genomes. The extent of intraspecific variation in a crop documents domestication and highlights variants underlying complex traits. Studies demonstrate that most naturally occurring variants in crops are low frequency, and only a small fraction of those might have important functions to trait variation. To understand the inheritance of quantitative traits, diversity panels have become available by crossing inbred lines to produce genomic maps that relate phenotypic variation to recombination and ultimately to genome structure. Using these resources, genomics studies have suggested that selection performs poorly in pericentromeric regions because of reduced recombination frequency (RF). Thus, manipulating RF and meiotic crossover location is an appealing issue to advance crop breeding. In our study, we are using genomic analysis to characterize intragenomic diversity of tropical elite soybean lines in terms of heterozygosity, RF, chromatin structure and accessibility. Our results to date include the generation of draft genome assemblies for two soybean advanced lines using PACBIO long-read sequencing, Chromium Linked-Reads sequencing and an approach rooted in polymer physics that determines the most likely genome structure using chromosomal contact data. In-depth genome-wide characterization is ongoing using ATAC-Seq and Parent-Progeny resequencing. We ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Análise genômica; Seqüenciamento de longa duração. |
|
Thesagro: |
Genoma; Melhoramento Genético Vegetal; Soja. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/187384/1/Coupling-in-depth-genome-annotations-with-genome-editing-technology-for-harnessing-genomic-variation-to-promote-precision-breeding-in-tropical-soybean-APAGAR.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02810nam a2200241 a 4500
001 2100401
005 2018-11-29
008 2018 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aSILVA JUNIOR, O. B. da
245 $aCoupling in-depth genome annotations with genome editing technology for harnessing genomic variation to promote precision breeding in tropical soybean.$h[electronic resource]
260 $aIn: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec$c2018
520 $aABSTRACT: Directional selection during crop domestication and advanced breeding has resulted in significant changes in plant genomes. The extent of intraspecific variation in a crop documents domestication and highlights variants underlying complex traits. Studies demonstrate that most naturally occurring variants in crops are low frequency, and only a small fraction of those might have important functions to trait variation. To understand the inheritance of quantitative traits, diversity panels have become available by crossing inbred lines to produce genomic maps that relate phenotypic variation to recombination and ultimately to genome structure. Using these resources, genomics studies have suggested that selection performs poorly in pericentromeric regions because of reduced recombination frequency (RF). Thus, manipulating RF and meiotic crossover location is an appealing issue to advance crop breeding. In our study, we are using genomic analysis to characterize intragenomic diversity of tropical elite soybean lines in terms of heterozygosity, RF, chromatin structure and accessibility. Our results to date include the generation of draft genome assemblies for two soybean advanced lines using PACBIO long-read sequencing, Chromium Linked-Reads sequencing and an approach rooted in polymer physics that determines the most likely genome structure using chromosomal contact data. In-depth genome-wide characterization is ongoing using ATAC-Seq and Parent-Progeny resequencing. We also present our efforts to apply DNA-free editing tools in implementing genetic alterations that are expected to engineer desirable traits in soybeans by modifying meiotic specific expression. These changes are expected to increase genetic and epigenetic variations with favorable outcomes in seed oil and protein pathway regulation. Financial support: Embrapa-Monsanto Fund/Project:03.17.03.002.00.00
650 $aGenoma
650 $aMelhoramento Genético Vegetal
650 $aSoja
653 $aAnálise genômica
653 $aSeqüenciamento de longa duração
700 1 $aPESSOA FILHO, M. A. C. de P.
700 1 $aSA, M. E. L.
700 1 $aDEAL, R.
700 1 $aRAGOUSSIS, I.
700 1 $aGRATTAPAGLIA, D.
700 1 $aRECH FILHO, E. L.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 325 | |
| 61. |  | AGUIAR-MENEZES, E. L.; MENEZES, E. B.; SILVA, P. S.; BITTAR, A. C.; CASSINO, O. C. R. Native hymenopteran parasitoids associated with Anastrepha spp. (Diptera: Tephritidae) in Seropedica city, Rio de Janeiro, Brazil = Parasitoides himenópteros nativos asociados con Anastrepha spp. (Diptera: Tephritidae) en el municipio de Seropédica, Rio de Janeiro, Brasil Florida Entomologist, Lutz, v. 84, n. 4, p. 706-711, dec. 2001.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
|   |
| 63. | | ALMEIDA, D. B. de; SILVA, L. dos S. F. da; MAURI, R.; AGUIAR-MENEZES, E. de L.; MENEZES, E. B. Principais danos causados por Nasutitermes corniger na zona rural do município de São Gabriel da Palha- ES. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRRJ, 17., 2007, Seropédica, RJ. Anais... Seropédica: Editora da UFRRJ, 2007. 2 p. 1 CD-ROM. Parcerias: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 64. | | SILVA, R. de P.; LEONEL, D.; MELLO, F. M. de; NÚÑEZ, B. N. da C.; CUNHA, T. A. da; MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Alta incidência de Coptotermes gestroi em centro de ensino superior e seu controle. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais... Uberlândia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2008. 1 p. 1 CD-ROM. ResumoID:1846-1. Parceria: UFRRJ; Prefeitura de Piraí.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 65. | | NÚÑEZ, B. N. da C.; AZEVEDO, T. A. da C.; SCOFANO, J. E.; MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Associação entre duas espécies do gênero Cornitermes e Tityus serrulatus na cidade de Pinheiral, Rio de Janeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais... Uberlândia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2008. 1 p. 1 CD-ROM. ResumoID:2096-1. Parceria: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 66. | | AGUIAR-MENEZES, E. de L.; SOUZA, S. A. S.; LIMA-FILHO, M.; BARROS, H. C.; FERRARA, F. A. A.; MENEZES, E. B. Análise faunística de moscas-das-frutas (Diptera: Tephritidae) nas regiões norte e noroeste do estado do Rio de Janeiro. Neotropical Entomology, Londrina, v. 37, n. 1, p. 8-14, jan./feb. 2008. Parceria: UFRRJ; CLM; UENF; UFF.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - C |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
|  |
| 68. | | FERNANDES, F. D. P.; LEONEL, D.; SILVEIRA JR. J. A. da; NÚÑEZ, B. N. da C.; CUNHA, T. A. da; MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Controle de infestação do cupim subterrâneo Asiático Coptotermes gestroi em edificação de veraneio na cidade de Maricá, Rio de Janeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais... Uberlândia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2008. 1 p. 1 CD-ROM. ResumoID:1856-3. Parceria: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 69. | | LEONEL, D.; GARCIA, B. N.; GUEDES, C. A. de A.; NÚÑEZ, B. N. da C.; CUNHA, T. A. da; MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Controle químico preventivo em região propícia ao surto de cupim subterrâneo Asiático, Coptotermes gestroi. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais... Uberlândia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2008. 1 p. 1 CD-ROM. ResumoID:2055-3. Parceria: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 70. | | MENEZES, E. B.; BARROS FILHO, J. P.; CUNHA, T. A. da; PAIXÃO, B. R. R. C. da; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Controle e redução da população do cupim subterrâneo Asiático, em prédio de apartamentos no bairro da Lagoa, Rio de Janeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais... Uberlândia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2008. 1 p. 1 CD-ROM. ResumoID:2055-1. Parceria: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 71. | | AGUIAR-MENEZES, E. de L.; LIMA FILHO, M.; FERRARA, F. A. A.; SOUZA, S. A. da S.; BARROS, H. C. de; URAMOTO, K.; MENEZES, E. B. Estrutura e flutuação das populações de moscas-das-frutas no pólo de fruticultura das regiões Norte e Noroeste Fluminense. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2007 40 p. (Embrapa Agrobiologia. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 16). Parceria: UFRRJ, UFF, UENF, USP.| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 72. | | SOUZA, S. A. S.; SANTOS, C. M. A.; BARROS, H. C.; AGUIAR-MENEZES, E. de L.; LIMA FILHO, M.; MENEZES, E. B. Índice de infestação e parasitismo de moscas-das-frutas (Diptera: Tephritidae) em frutos de goiabeira var. Paluma em São Francisco do Itabapoana, RJ. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2006. 4 p. Trabalho apresentado na XXI Congresso Brasileiro de Entomologia, Recife/PE, 07 a 11 de agosto de 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 73. | | SOUZA, S. A. da S.; SANTOS, C. M. A. dos; RESENDE, A. L. S.; MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Índices de infestação de Spondias lutea L. por moscas-das-frutas (Diptera: Tephritdae) e seus parasitóides no município de Seropédica, RJ. Magistra, Cruz das Almas, v. 19, n. 1, p. 25-30, jan./mar. 2007. Parceria: UFRRJ| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 74. | | LEONEL, D.; OLIVEIRA, D. A. B. de; GARCIA, F. B. F.; GUIMARÃES, D. M.; MELO, F. M. de; MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Infestação e controle de Nasutitermes corniger, em escola municipal de Piraí, Rio de Janeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais... Uberlândia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2008. 1 p. 1 CD-ROM. ResumoID:2095-2. Parceria: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 75. | | CUNHA, T. A. da; OLIVEIRA, D. A. B. de; PINTO, R. R.; MELO, F. M. de; MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Infestação pelo cupim Nasutitermes corniger e pelo cupim Criptotermes brevis em colégio estadual na cidade de Piraí. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais... Uberlândia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2008. 1 p. 1 CD-ROM. ResumoID:1855-2. Parceria: UFRRJ; Prefeitura de Piraí.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 76. | | FERNANDES, F. D. P.; LEONEL, D.; LEITE, H. de O.; NÚÑEZ, B. N. da C.; CUNHA, T. A. da; MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Infestação pelo cupim subterrâneo Asiático Coptotermes gestroi e seu controle em conjunto de apartamentos no bairro de Icaraí, município de Niterói, Rio de Janeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais... Uberlândia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2008. 1 p. 1 CD-ROM. ResumoID:2096-3. Parceria: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 77. | | LEITE, H. de O.; LEONEL, D.; CUNHA, T. A. da; NÚÑEZ, B. N. da C.; MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Infestação de residência em região de Mata Atlântica por cupim exótico e cupins nativos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais... Uberlândia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2008. 1 p. 1 CD-ROM. ResumoID:1856-2. Parceria: UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 78. | | FILIPI, M. C. de; BIERLUCZY, W.; COSTA, A. A. L. da; NÚÑEZ, B. N. da C.; MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L. Incidência de Microcetotermes arboreus em escola municipal de Paracambi, Rio de Janeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais... Uberlândia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2008. 1 p. 1 CD-ROM. ResumoID:1847-1. Parceria: Def. Inset.; UFRRJ.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| 79. | | MENEZES, E. B.; AGUIAR-MENEZES, E. de L.; AQUINO, A. M. de; CORREIA, M. E. F.; SOUZA, J. H. de; MAURI, R. Cupins: taxonomia, biologia, ecologia e sua importância nos sistemas agropecuários. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2007. 53 p. (Embrapa Agrobiologia. Documentos, 235). Parceria: UFRRJ| Tipo: Documentos | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
| |
| Registros recuperados : 325 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
