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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
05/11/2021 |
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Data da última atualização: |
29/12/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MATOSINHO, C. G. R.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S.; OLIVEIRA, F. S. de; SANTOS, F. G. dos; ARAÚJO, F. M. G.; SALIM, A. C. de M.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; PIRES, D. E. V.; CARVALHO, M. R. S. |
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Afiliação: |
CAROLINA GUIMARÃES RAMOS MATOSINHO, Universidade Federal de Minas Gerais; IZINARA CRUZ ROSSE, Universidade Federal de Ouro Preto; PABLO AUGUSTO SOUZA FONSECA, University of Guelph; FRANCISLON SILVA DE OLIVEIRA, Fiocruz; FAUSTO GONÇALVES DOS SANTOS, Fiocruz; FLÁVIO MARCOS GOMES ARAÚJO, Fiocruz; ANNA CHRISTINA DE MATOS SALIM, Fiocruz; BEATRIZ CORDENONSI LOPES, Epamig; WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; GUILHERME OLIVEIRA, Instituto Tecnológico Vale; DOUGLAS EDUARDO VALENTE PIRES, University of Melbourne; MARIA RAQUEL SANTOS CARVALHO, Universidade Federal de Minas Gerais. |
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Título: |
Identifcation and in silico characterization of structural and functional impacts of genetic variants in milk protein genes in the Zebu breeds Guzerat and Gyr. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Tropical Animal Health and Production, v. 53, n. 6, 524, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11250-021-02970-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Whole genome sequencing of bovine breeds has allowed identifcation of genetic variants in milk protein genes. However, functional repercussion of such variants at a molecular level has seldom been investigated. Here, the results of a multistep Bioinformatic analysis for functional characterization of recently identifed genetic variants in Brazilian Gyr and Guzerat breeds is described, including predicted efects on the following: (i) evolutionary conserved nucleotide positions/regions; (ii) protein function, stability, and interactions; (iii) splicing, branching, and miRNA binding sites; (iv) promoters and transcription factor binding sites; and (v) collocation with QTL. Seventy-one genetic variants were identifed in the caseins (CSN1S1, CSN2, CSN1S2, and CSN3), LALBA, LGB, and LTF genes. Eleven potentially regulatory variants and two missense mutations were identifed. LALBA Ile60Val was predicted to afect protein stability and fexibility, by reducing the number the disulfde bonds established. LTF Thr546Asn is predicted to generate steric clashes, which could mildly afect iron coordination. In addition, LALBA Ile60Val and LTF Thr546Asn afect exonic splicing enhancers and silencers. Consequently, both mutations have the potential of afecting immune response at individual level, not only in the mammary gland. Although laborious, this multistep procedure for classifying variants allowed the identifcation of potentially functional variants for milk protein genes. |
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Palavras-Chave: |
In silico variant analysis. |
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Thesagro: |
Bovino; Caseína; Leite; Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Casein; Cattle; Lactoferrin; Milk proteins. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 02787naa a2200433 a 4500
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520 $aWhole genome sequencing of bovine breeds has allowed identifcation of genetic variants in milk protein genes. However, functional repercussion of such variants at a molecular level has seldom been investigated. Here, the results of a multistep Bioinformatic analysis for functional characterization of recently identifed genetic variants in Brazilian Gyr and Guzerat breeds is described, including predicted efects on the following: (i) evolutionary conserved nucleotide positions/regions; (ii) protein function, stability, and interactions; (iii) splicing, branching, and miRNA binding sites; (iv) promoters and transcription factor binding sites; and (v) collocation with QTL. Seventy-one genetic variants were identifed in the caseins (CSN1S1, CSN2, CSN1S2, and CSN3), LALBA, LGB, and LTF genes. Eleven potentially regulatory variants and two missense mutations were identifed. LALBA Ile60Val was predicted to afect protein stability and fexibility, by reducing the number the disulfde bonds established. LTF Thr546Asn is predicted to generate steric clashes, which could mildly afect iron coordination. In addition, LALBA Ile60Val and LTF Thr546Asn afect exonic splicing enhancers and silencers. Consequently, both mutations have the potential of afecting immune response at individual level, not only in the mammary gland. Although laborious, this multistep procedure for classifying variants allowed the identifcation of potentially functional variants for milk protein genes.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 17 | |
| 2. |  | SOUZA, G. E.; STEINBERG, R. S.; ROSSE, I. C.; FIGUEIREDO, P. O.; PEIXOTO, M. G. C. D.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S. Variabilidade genética do gene da Prolactina (PRL) na raça Guzerá (Bos indicus). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 3. | | FONSECA, P. A. S.; ROSSE, I. C.; LAMOUNIER, P. F.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S. Desenvolvimento de marcadores moleculares no gene regulador do metabolismo de lipídeos na glândula mamaria bovina - PPAR gamma. In: International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 7., 2011, Florianópolis. Resumos... Florianópolis: AB3C, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 4. | | FONSECA, P. A. S.; LAMOUNIER, P. F.; ROSSE, I. C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S. Polymorphisms in the regulatory regions of genes regulating lipid metabolism in the mammary gland in Guzerat breed (Bos indicus). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 58., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... Foz do Iguaçú: Sociedade Brasileira de Genética, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 5. | | ROSSE, I. C.; STEINBERG, R. S.; SANDES, S. H. C.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; CARVALHO, M. R. S. Investigação e variabilidade genética de polimorfismos no gene da oxitocina bovina em animais da raça Guzerá. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 6. | | CARVALHO, M. R. S.; STEINBERG, R. S.; ROSSE, I. C.; MIRANDA, M. DE; PEIXOTO, M. G. C. D.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S. An INDEL polymorphism in DGAT1 3UTR correlates with milk production parameters in Brazilian guzerat dairy breed. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON ANIMAL GENETICS, 32., 2010, Edinburgh. Proceedings... Edinburgh: International Society for Animal Genetics, 2010. p. 113.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | FONSECA, P. A. S; ROSSE, I. C.; DEMIRANDA, M.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. S. A new tetra-primer ARMS-PCR for genotyping bovine kappa-casein polymorphisms. Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 4, p. 6521-6526, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. S.; EGITO, A. A. do; STEINBERG, R. S.; BRUNELI, F. A. T.; MACHADO, M. A.; SANTOS, F. C.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S. Genetic diversity and population genetic structure of a Guzerá (Bos indicus) meta-population. Animals, v. 11, 1125, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | MATOSINHO, C. G. R.; FONSECA, P. A. de S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; ROSSE, I. C.; LOPES, F. C. F.; ZÓZIMO, T.; VERCESI FILHO, A. E.; BRUNELI, F. A. T.; CARVALHO, M. R. S.; GAMA, M. A. S. da. Phenotypic variation in milk fatty acid composition and its association with stearoyl-CoA desaturase 1 (SCD1) gene polymorphisms in Gir cows. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 140, n. 5, p. 532-548, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 10. | | SILVA, M. V. G. B.; ARAÚJO, F.; DRUMMOND, B.; ZERLOTINI, A.; ROSSE, I. C.; LOPES, B. C.; GUEDES, E.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, M. M.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G. C.; VOLPINI, A.; CARVALHO, M. R. Comparative analysis of six genes related to dairy production in Bos taurus and Bos indicus. In: Conference International Plant & Animal Genomes, 19., 2011, San Diego.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 11. | | MATOSINHO, C. G. R.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; ARAUJO, F.; SALIM, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; COIMBRA, R. S.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Identification and functional analysis in silico of polymorphisms in milk protein genes of Guzerá and Gir cattle In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 61., 2015, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 12. | | MATOSINHO, C. G. R.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S.; OLIVEIRA, F. S. de; SANTOS, F. G. dos; ARAÚJO, F. M. G.; SALIM, A. C. de M.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; PIRES, D. E. V.; CARVALHO, M. R. S. Identifcation and in silico characterization of structural and functional impacts of genetic variants in milk protein genes in the Zebu breeds Guzerat and Gyr. Tropical Animal Health and Production, v. 53, n. 6, 524, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 13. | | FONSECA, P. A. S.; LEAL, T. P.; SANTOS, F. C.; GOUVEIA, M. H.; ID-LAHOUCINE, S.; ROSSE, I. C.; VENTURA, R. V.; BRUNELI, F. A. T.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; TARAZONA-SANTOS, E.; CARVALHO, M. R. S. Reducing cryptic relatedness in genomic data sets via a central node exclusion algorithm. Molecular Ecology Resources, v. 18, n. 3, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the Guzerá breed identified by whole-genome sequencing. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DE MINAS GERAIS: PESQUISA E PÓS GRADUAÇÃO, 5., 2014, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Genética, 2014. p. 74. Engemig 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 15. | | ROSSE, I. C.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI NETO, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARAES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the guzera breed identified by whole-genome sequencing. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DE MINAS GERAIS: PESQUISA E PÓS GRADUAÇÃO, 5., 2014, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Genética, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI NETO, A.; VOLPINI, A.; DOMINITINI, A. J.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; COIMBRA, R. S.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Whole genome sequencing of Guzera cattle reveals genetic variants in candidate genes for production, disease resistance, and heat tolerance. Mammalian Genome, v. 28, n. 1-2, p. 66-80, 2017. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Rui S. Verneque.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite. |
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| 17. | | FONSECA, P. A. de S.; SANTOS, F. C. dos; ROSSE, I. C.; VENTURA, R. V.; BRUNELI, F. A. T.; PENNA, V. M.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; CARVALHO, M. R. S.; PEIXOTO, M. G. C. D. Retelling the recent evolution of genetic diversity for Guzerá: Inferences from LD decay, runs of homozygosity and Ne over the generations. Livestock Science, v. 193, p. 110-117, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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