|
|
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
26/11/2015 |
Data da última atualização: |
15/03/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MOKRY, F. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. |
Afiliação: |
TATIANE C. S. CHUD, UNESP; RICARDO V. VENTURA, UNESP; FLAVIO S. SCHENKEL, University of Guelph; ROBERTO CARVALHEIRO, UNESP; MARCOS E. BUZANSKAS, UNESP; JAQUELINE O. ROSA, UNESP; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CPPSE; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; FABIANA B. MOKRY, Federal University of São Carlos; CINTIA RIGHETTI MARCONDES, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; DANÍSIO P. MUNARI, UNESP. |
Título: |
Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 16, n. 99, 2015. |
Páginas: |
10 p. |
DOI: |
10.1186/s12863-015-0251-7 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Genotype imputation has been used to increase genomic information, allow more animals in genome-wide analyses, and reduce genotyping costs. In Brazilian beef cattle production, many animals are resulting from crossbreeding and such an event may alter linkage disequilibrium patterns. Thus, the challenge is to obtain accurately imputed genotypes in crossbred animals. The objective of this study was to evaluate the best fitting and most accurate imputation strategy on the MA genetic group (the progeny of a Charolais sire mated with crossbred Canchim X Zebu cows) and Canchim cattle. The data set contained 400 animals (born between 1999 and 2005) genotyped with the Illumina BovineHD panel. Imputation accuracy of genotypes from the Illumina-Bovine3K (3K), Illumina-BovineLD (6K), GeneSeek-Genomic-Profiler (GGP) BeefLD (GGP9K), GGP-IndicusLD (GGP20Ki), Illumina-BovineSNP50 (50K), GGP-IndicusHD (GGP75Ki), and GGP-BeefHD (GGP80K) to Illumina-BovineHD (HD) SNP panels were investigated. Seven scenarios for reference and target populations were tested; the animals were grouped according with birth year (S1), genetic groups (S2 and S3), genetic groups and birth year (S4 and S5), gender (S6), and gender and birth year (S7). Analyses were performed using FImpute and BEAGLE software and computation run-time was recorded. Genotype imputation accuracy was measured by concordance rate (CR) and allelic R square (R2). |
Palavras-Chave: |
Canchim breed; Crossbred cattle; Genomic data; Low density panel. |
Thesaurus Nal: |
single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134135/1/regitano4.pdf
|
Marc: |
LEADER 02356naa a2200337 a 4500 001 2029694 005 2023-03-15 008 2015 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1186/s12863-015-0251-7$2DOI 100 1 $aCHUD, T. C. S. 245 $aStrategies for genotype imputation in composite beef cattle.$h[electronic resource] 260 $c2015 300 $a10 p. 520 $aGenotype imputation has been used to increase genomic information, allow more animals in genome-wide analyses, and reduce genotyping costs. In Brazilian beef cattle production, many animals are resulting from crossbreeding and such an event may alter linkage disequilibrium patterns. Thus, the challenge is to obtain accurately imputed genotypes in crossbred animals. The objective of this study was to evaluate the best fitting and most accurate imputation strategy on the MA genetic group (the progeny of a Charolais sire mated with crossbred Canchim X Zebu cows) and Canchim cattle. The data set contained 400 animals (born between 1999 and 2005) genotyped with the Illumina BovineHD panel. Imputation accuracy of genotypes from the Illumina-Bovine3K (3K), Illumina-BovineLD (6K), GeneSeek-Genomic-Profiler (GGP) BeefLD (GGP9K), GGP-IndicusLD (GGP20Ki), Illumina-BovineSNP50 (50K), GGP-IndicusHD (GGP75Ki), and GGP-BeefHD (GGP80K) to Illumina-BovineHD (HD) SNP panels were investigated. Seven scenarios for reference and target populations were tested; the animals were grouped according with birth year (S1), genetic groups (S2 and S3), genetic groups and birth year (S4 and S5), gender (S6), and gender and birth year (S7). Analyses were performed using FImpute and BEAGLE software and computation run-time was recorded. Genotype imputation accuracy was measured by concordance rate (CR) and allelic R square (R2). 650 $asingle nucleotide polymorphism 653 $aCanchim breed 653 $aCrossbred cattle 653 $aGenomic data 653 $aLow density panel 700 1 $aVENTURA, R. V. 700 1 $aSCHENKEL, F. S. 700 1 $aCARVALHEIRO, R. 700 1 $aBUZANSKAS, M. E. 700 1 $aROSA, J. O. 700 1 $aMUDADU, M. de A. 700 1 $aSILVA, M. V. G. B. 700 1 $aMOKRY, F. B. 700 1 $aMARCONDES, C. R. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 700 1 $aMUNARI, D. P. 773 $tBMC Genomics$gv. 16, n. 99, 2015.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
Registros recuperados : 20 | |
7. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | MORAES, I. O.; CAPALBO, D. M. F.; MORAES, R. O. Solid and liquid waste utilization in fermentation process to get bacterial insecticide. In: SPIESS, W.E.L.; SCHUBERT, H., eds. Engineering and food: advanced processes. London: Elsevier, 1990. v.3 p.785-792 Proceeding of the 5th International Congress on Engineering and Food, 28 May and 3 June, 1989, Cologne, Federal Republic of Germany.Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
15. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | APATI, G. P.; JORGE, H. D. P.; MORAES, R. O.; MORAES, I. O.; DENTZIEN, A. F. M. Produção de Trichoderma stromaticumem meio sólido. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE FERMENTAÇÕES, 14., Florianópolis, 2003. Anais... Florianópolis: Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Depto. de Eng. Química e Eng. Alimentos, 2003.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
16. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | MORAES, R. O.; MORAES, I. O.; MELO, I. S. de; CAPALBO, D. M. F.; ARRUDA, R. O. M. Obtenção de Trichoderma stromaticum por fermentação em estado sólido, visando o controle da vassoura de bruxa. In: REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE CONTROLE BIOLÓGICO DE DOENÇAS DE PLANTAS, 10., 2009, Recife. Resumos... Recife: UFRPE, 2009. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
17. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | MATTOS, L. P. V.; MORANDI, M. A. B.; CAPALBO, D. M. F.; MORAES, R. O.; BONUGLI, R. C.; SANTOS, E. R. dos. Produção massal de propágulos de clonostachys rosea, agente de biocontrole de botrytis cinerea. Fitopatologia Brasileira, Brasília, v. 29, p. 113, ago. 2004. Suplemento. R 312. Edição de Resumos do 37 Congresso Brasileiro de Fitopatologia, ago. 2004. p. S113Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
18. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CHEN, L. S.; HECK, J. X.; JESUS, K. R. E. de; ORTEGA, C. E.; RIZZATO, M. L.; SILVA, D.; SILVA, F. L. H. da; DEL BIANCHI, V. L.; KRIEGER, N.; MORAES, R. O.; SOARES, C. M. Produção de enzimas proteolíticas neutras por fermentação fúngica em meio semi-sólido. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE FERMENTAÇÕES, 14., Florianópolis, 2003. Anais... Florianópolis: Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Depto. de Eng. Química e Eng. Alimentos, 2003.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
19. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CAPALBO, D. M. F.; MORAES, I. O.; ARANTES, O. M. N.; REGIS, L. N.; FERNANDEZ-LARREA VEGA, O.; BENINTENDE, G. B.; GUIMARÃES, S. E.; ARRUDA, R. O. M.; MORAES, R. O. Produção de bactérias entomopatogênicas na América Latina. In: ALVES, S. B.; LOPES, R. B. (Ed.). Controle microbiano de pragas na América Latina. Piracicaba; FEALQ, 2008. p.239-256.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Acesso ao objeto digital](/consulta/web/img/pdf.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
20. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | HERMANN, S. R.; HERNANDEZ, F.; RIVALDI, J. D.; SILVEIRA, G. G.; SILVA, D.; SOARES, L. H. B.; DEL BIANCHI, V. L.; KRIEGER, N.; MORAES, R. O.; DENTZIEN, A. F. M. Produção de pectina liase e amilase por fermentação no estado sólido em substrato à base de bagaço de laranja e farelo de arroz. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE FERMENTAÇÕES, 14., Florianópolis, 2003. Anais... Florianópolis: Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Depto. de Eng. Química e Eng. Alimentos, 2003.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
| ![Visualizar detalhes do registro](/consulta/web/img/visualizar.png) ![Imprime registro no formato completo](/consulta/web/img/print.png) |
Registros recuperados : 20 | |
|
Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|