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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
16/08/2021 |
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Data da última atualização: |
17/08/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. de; OLIVEIRA, K. S. de; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCAR; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; KARINA SANTOS DE OLIVEIRA, UFSCAR; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCAR; JULIANA AFONSO, ESALQ/USP; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Muscle allele-specific expression QTLs may affect meat quality traits in Bos indicus. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 11, p. 1-14, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-021-86782-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article number: 7321. |
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Conteúdo: |
Abstract. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specific expression (ASE SNPs) were previously identified in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specific expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specific expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identified 1134 aseQTLs associated with 126 different ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially affected the affinity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to affect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the first report of aseQTLs identification in bovine muscle. Our findings indicate that various cis-regulatory and epigenetic mechanisms can affect multiple variants to modulate the allelic expression. Some of the potential regulatory variants described here were associated with the expression pattern of genes related to interesting phenotypes for livestock. Thus, these variants might be useful for the comprehension of the genetic control of these phenotypes. MenosAbstract. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specific expression (ASE SNPs) were previously identified in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specific expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specific expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identified 1134 aseQTLs associated with 126 different ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially affected the affinity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to affect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the first report of aseQTLs identification in bovine muscle. Our findings indicate that var... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Allelic expression; Expressão alélica; Imprint genômico; Loci de característica quantitativa; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado Nelore. |
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Thesaurus Nal: |
Genomic imprinting; Quantitative trait loci; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225232/1/MuscleAlleleSpecific.pdf
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Marc: |
LEADER 03076naa a2200385 a 4500
001 2133623
005 2021-08-17
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| 21. |  | ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; DINIZ, W. J. S.; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. N. de; REGITANO, L. C. de A.; KOLTES, J. E.; NICIURA, S. C. M. Liver DNA methylation profile in Nelore cattle extremes for feed efficiency. In: WORKSHOP DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA EVOLUTIVA E BIOLOGIA MOLECULAR, 1., 2019, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: UFSCAR, 2019. p.64| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 22. | | BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. DE; OLIVEIRA, K. S. DE; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. Muscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus. Scientific Reports, v.11, p.1-14, 2021. Article number: 7321.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 23. | | BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. de; OLIVEIRA, K. S. de; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. Muscle allele-specific expression QTLs may affect meat quality traits in Bos indicus. Scientific Reports, v. 11, p. 1-14, 2021. Article number: 7321.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 24. | | NICIURA, S. C. M.; IBELLI, A. M. G.; GOUVEIA, G. V.; GOMBRONI, J. G. G.; ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; MELLO, S. S. de; REGITANO, L. C. de A. Polymorphism and parent-of-origin effects on gene expression of CAST, leptin and DGAT1 in cattle. Meat Science, v. 90, n. 2, p. 507-510, feb. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 25. | | LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. INTERNATIONAL MEETING OF ADVANCES IN ANIMAL SCIENCE, 1., 2016, Jaboticabal. Resumos... Jaboticabal: PPGZ Unesp, 2016. ref. 45135.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 26. | | BUSS, C. E.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GUSTANI-BUSS, E. C.; CARDOSO, T. F.; ROVADOSKI, G. A.; DINIZ, W. J. DA S.; LIMA, A. O. DE; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; WOLF, J. B.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Bivariate GWAS reveals pleiotropic regions among feed efficiency and beef quality-related traits in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 90-103, dec. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
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| 27. | | SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle. Genetics and Molecular Research, v.15, n.3, aug. 2016. 15| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 36. | | SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta. In: SILVA, W. T. L. da et al. (Ed.). Anais da 8ª Jornada Científica Embrapa São Carlos. Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2016. p. 35. (Embrapa Instrumentação; Documentos, 61)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 37. | | ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. LDHB gene has allele-specific expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 25. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125). Editores: Luiz Lehmann Coutinho, Luciana C. de A. Regitano, Gerson Barreto Mourão, Aline Silva Mello Cesar, Bárbara Silva Vignato, Mirele Daiana Poleti, Wellison Jarles da Silva Diniz.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 38. | | ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. LDHB gene has allele-specific expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 25. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 39. | | AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; SILVA, J. V. da; BUSS, C. E.; GROMBONI, C. F.; MOURAO, G. B.; NOGUEIRA, A. R. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Identification of genes associated with copper-deficient fatty acid increase in Nelore cattle. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 161.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 40. | | BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; GEISTLINGER, L.; WOLF, J. B.; DINIZ, W. J. da S.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; ANDRADE, B. G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Identification of a pleiotropic locus for beef quality and feed efficiency in cattle using bi-trait genome-wide association analysis. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 22. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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