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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
09/10/2020 |
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Data da última atualização: |
09/10/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCELA MARIA DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCar; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ/USP; JULIANA AFONSO, UFSCar; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, UFSCar; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; FABIANA BARICHELLO MOKRY, UFSCar; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, NGS Soluções Genômicas, Piracicaba; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. |
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Conteúdo: |
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Allelic expression; Expressão gênica; Regulação da expressão gênica. |
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Thesagro: |
Bos Indicus. |
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Thesaurus Nal: |
Gene expression regulation. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216548/1/AP-Allele-specific-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 4. |  | ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. de C.; GROMBONI, J. G. G.; OTSUK, I. P.; NICIURA, S. C. M. Frequência do polimorfismo F200Y no gene da b-tubulina em em rebanhos ovinos do Estado de São Paulo. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 2., 2010, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação Agropecuária: Embrapa Pecuária Sudeste, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 5. | | MELLO, S. C.; ROCHA, M. I. P.; GROMBONI, J. G. G.; VENERONI, G. B.; NICIURA, S. C. M. Descrição de novos polimorfismos do tipo SNP no gene da calpastatina em bovinos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá, SP. Resumos... Guarujá: Sociedade Brasileira de Genética, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 6. | | OLIVEIRA, A. de L.; ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S.; BUZATTO, V. C.; NICIURA, S. C. M. Estabelecimento de cultura celular primária de mioblastos de bovinos com diferentes genótipos para um SNP no gene CAST: resultados preliminares. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 36. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | BUZZATO, V. C.; OLIVEIRA, A. L. de; ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S. de; NICIURA, S. C. M. Efeitos de sistemas nanoestruturados sobre a expressão gênica em fibroblastos bovinos in vitro In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 5., 2013, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação , 2013. p. 11 (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 110). Editado por Ana Rita de Araújo Nogueira, Simone Cristina Méo Niciura| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 8. | | MELLO, S. S.; MÉO, S. C.; GROMBONI, J. G. G.; ROCHA, M. I. P.; VENERONI, G. B. Validação dos resultados de genotipagem por Taqman por meio de sequenciamento de genes relacionados à qualidade da carne bovina. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTIFICA, 18., 2010, São Carlos, SP. Anais ... São Carlos: UFSCar, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 9. | | MELLO, S. S.; ROCHA, M. I. P.; GIGLIOTI, R.; CHAGAS, A. C. de S.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ESTEVES, S. N.; NICIURA, S. C. M. Association between P-glycoprotein gene polymorphisms and multidrug resistance in Haemonchus contortus. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX EUA DE SANIDADE ANIMAL, 2., 2012, Brasília, DF. Anais... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012. p.119-120| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 10. | | NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; CRUVINEL, G. G.; FERRACIOLI, C. de M.; ESTEVES, S. N.; CHAGAS, A. C. de S. In silico evidence of epigenetic machinery proteins in the nematode Haemonchus contortus. In: MOLECULAR HELMINTHOLOGY: AN INTEGRATED APPROACH, 1., Cape Cod, MA, USA. Proceedings... Cape Cod, MA, USA: Elsevier, 2017. p. 29.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 11. | | BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; ROCHA, M. I. P.; IBELLI, A. M. G.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. Comparação de diferentes protocolos para visualização de DNA separado por eletroforese em gel de agarose utilizando-se os corantes fluorescentes brometo de etídeo e GelRedr. In: ENCONTRO NACIONAL SOBRE MÉTODOS DOS LABORATÓRIOS DA EMBRAPA, 15., 2010, Pelotas, RS. Novas perspectivas para os laboratórios da Embrapa. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 12. | | ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S. DE; BUZATTO, V. C.; OLIVEIRA, A. de L.; BRESSANI, F. A.; MALAGO JUNIOR, W.; NICIURA, S. C. M. Estudo da metilação de ilhas CpG no gene da calpastatina, relacionado à maciez de carne em bovinos de corte: resultados preliminares. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 37. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 13. | | GROMBONI, J. G. G.; MELLO, S. S. de; ROCHA, M. I. P.; IBELLI, A. M.; VENERONI, G. B.; NICIURA, S. C. M. Expressão relativa dos genes CAPN1, CAST, DGAT e leptina relacionados à maciez de carne e à deposição de gordura em bovinos. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 3., 2011, São Carlos. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação, 2011| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 14. | | MELLO, S. S. de; ROCHA, M. I. P.; GIGLIOTI, R.; BRESSANI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; NICIURA, S. C. M. Identificação de polimorfismos no gene da glicoproteína-P (PgP) em Haemonchus contortus: dificuldades técnicas. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 48. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 15. | | DEA, R. C. D.; CATOIA, V.; TIZIOTO, P. C.; ROCHA, M. I. P.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. Genotipagem de SNPs em genes candidatos a características de interesse comercial em bovinos de corte com sondas de hidrólise. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 32. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 16. | | CATOIA, V.; TIZIOTO, P. C.; SOUZA, M. M.; ROCHA, M. I. P.; MELLO, S. S.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. Tissue-specific differential and preferential allele expression of KCNJ11 in cattle. In: CONFERENCE OF INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS, 33., 2012, Cairns, AU. Abstracts... Cairns: ISAG, 2012 p. 61| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 17. | | ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 156 - 157.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 19. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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