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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
30/08/2018 |
Data da última atualização: |
11/02/2019 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. |
Afiliação: |
Darlene Ana S. Duarte, UFV; Marina Rufino S. Fortes, University of Queensland; Marcio de Souza Duarte, UFV; Simone E. F. Guimarães, UFV; Lucas L. Verardo, UFV; Renata Veroneze, UFV; Andre Mauric F. Ribeiro, UFV; Paulo Sávio Lopes, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
Título: |
Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018. |
DOI: |
dx.doi.org/10.1071/AN16018 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
A large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding. |
Palavras-Chave: |
Biological pathways; Post-GWAS; SNP-derived gene networks. |
Thesagro: |
Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Pork. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02343naa a2200325 a 4500 001 2094834 005 2019-02-11 008 2018 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $adx.doi.org/10.1071/AN16018$2DOI 100 1 $aDUARTE, D. A. S. 245 $aGenome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs.$h[electronic resource] 260 $c2018 520 $aA large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding. 650 $aAnimal breeding 650 $aPork 650 $aMelhoramento Genético Animal 650 $aSuíno 653 $aBiological pathways 653 $aPost-GWAS 653 $aSNP-derived gene networks 700 1 $aFORTES, M. R. S. 700 1 $aDUARTE, M. de S. 700 1 $aGUIMARÃES, S. E. F. 700 1 $aVERARDO, L. L. 700 1 $aVERONEZE, R. 700 1 $aRIBEIRO, A. M. F. 700 1 $aLOPES, P. S. 700 1 $aRESENDE, M. D. V. de 700 1 $aSILVA, F. F. e 773 $tAnimal Production Science$gv. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Registros recuperados : 29 | |
6. | | DAIRIKI, J. K.; CORREA, R. B.; INOUE, L. A. K. A.; MORAIS, I. da S. de. Feijão-caupi autoclavado na nutrição de juvenis de tambaqui. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 4, p. 450-453, abr. 2013.Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Unidades Centrais. |
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11. | | O'SULLIVAN, F. L. A.; REIS, V. R.; MORAIS, I. da S. de. Populações monosexo em peixes nativos brasileiros: iniciando o futuro. Revista Brasileira de Reprodução Animal, v. 42, n. 3-4, p. 158-165, jul./dez. 2018. Trabalho apresentado nos anais do IX Congresso Norte e Nordeste de Reprodução Animal (CONERA 2018), Belém, PA, set. 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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14. | | SOUZA, J. da S. L.; GUALBERTO, G. F.; MORAIS, I. da S. de; ALMEIDA, F. L. de. Influência da temperatura no crescimento de juvenis de tambaqui (Colossoma macropomum). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA DE ESPÉCIES NATIVAS, 4., 2013, Belém, PA. [Resumos]. [Belém, PA: s.n.], 2013.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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17. | | SOUZA, I. F. de; CHAVES, F. C. M.; MORAIS, I. da S. de; MACEDO, J. L. V. de; BOIJINK, C. de L.; INOUE, L. A. K. A. Caracterização de frutos de Morinda citrifolia L. (Rubiaceae) nas condições de Manaus - AM. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 61., 2010, Manaus. Diversidade vegetal brasileira: conhecimento, conservação e uso. Manaus: SBB, 2010. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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18. | | BEZERRA, A. C.; BOIJINK, C. de L.; INOUE, L. A. K. A.; MIRANDA, W. S. C.; CARVALHO, E.; TEIXEIRA, P.; MORAIS, I. da S. de. Determinação da biomassa econômica para tambaqui (Colossoma macropomum) em gaiola. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 6., 2010, Manaus. Anais... Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2010. p. 111-117.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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19. | | SARDINHA, D. P. A.; INOUE, L. A. K. A.; CHAVES, F. C. M.; BOIJINK, C. de L.; MORAIS, I. da S. de. Inclusão do imunoestimulante natural Moringa oleífera na alimentação do tambaqui. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 8., 2011, Manaus. Anais... Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2012. (Embrapa Amazônia Ocidental. Documentos, 99). p. 59-65.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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20. | | ROSAS, A. F.; VIEIRA, J. M. G.; BATISTA, E. T.; MORAIS, I. da S. de; CHAVES, F. C. M.; INOUE, L. A. K. A.; BOIJINK, C. de L. Efeito do noni (Morinda citrifolia) no controle de monogenóides de tambaqui (Colossoma macropomum). In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 5., 2012, Palmas. Unir, consolidar e avançar: anais. Palmas: AQUABIO, 2012. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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