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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
15/01/2013 |
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Data da última atualização: |
15/01/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ALMEIDA, I. F. de; CRUZ, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; ALMEIDA, R. V. de. |
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Afiliação: |
Ísis Fernanda de Almeida, Universidade Estadual de Goiás; Cosme Damião Cruz, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Ramon Vinícius de Almeida, Universidade Estadual de Goiás. |
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Título: |
Método de estimação e validação na seleção genômica. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Agrotecnologia, Anápolis, v. 3, n. 2, 2012. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A seleção genômica ampla (GWS) consiste na utilização simultânea de centenas ou milhares de marcadores, os quais cobrem o genoma de maneira densa, de forma que todos os genes de um caráter quantitativo estejam em desequilíbrio de ligação com pelo menos uma parte dos marcadores. Este trabalho teve por objetivo avaliar a acurácia ao se aplicar diferentes métodos estatísticos de seleção genômica (RR-BLUP e BLASSO) e diferentes formas de validação. Foram simulados genomas com dez grupos de ligação contendo 100 marcas bi-alélicas e co-dominantes por grupo, totalizando 1010 marcadores apresentando intervalos entre marcas adjacentes equidistantes. Esses genomas foram utilizados para a geração da população simulada de famílias de meios-irmãos com 1.000 indivíduos. As diferentes características quantitativas, uniformes e binomiais, de herdabilidade 0,40, foram avaliadas. Para um tipo de validação criou-se uma população de validação independente com 1000 indivíduos e para outro tipo, aplicou-se a validação cruzada de Jacknife, usando a mesma população para estimação e validação. Os programas estatísticos utilizados foram GENES, SELEGEN GENÔMICA e R. As acurácias apresentaram valores entre 0,55 e 0,92. De forma geral, a validação feita através da população independente apresentou valores mais elevados de acurácia. Para famílias de meios-irmãos e com distribuição binomial dos efeitos genéticos, o método BLASSO foi ligeiramente superior ao RR-BLUP. Para a distribuição uniforme, os dois métodos de análise apresentaram valores superiores de acurácia a depender da forma de validação. MenosA seleção genômica ampla (GWS) consiste na utilização simultânea de centenas ou milhares de marcadores, os quais cobrem o genoma de maneira densa, de forma que todos os genes de um caráter quantitativo estejam em desequilíbrio de ligação com pelo menos uma parte dos marcadores. Este trabalho teve por objetivo avaliar a acurácia ao se aplicar diferentes métodos estatísticos de seleção genômica (RR-BLUP e BLASSO) e diferentes formas de validação. Foram simulados genomas com dez grupos de ligação contendo 100 marcas bi-alélicas e co-dominantes por grupo, totalizando 1010 marcadores apresentando intervalos entre marcas adjacentes equidistantes. Esses genomas foram utilizados para a geração da população simulada de famílias de meios-irmãos com 1.000 indivíduos. As diferentes características quantitativas, uniformes e binomiais, de herdabilidade 0,40, foram avaliadas. Para um tipo de validação criou-se uma população de validação independente com 1000 indivíduos e para outro tipo, aplicou-se a validação cruzada de Jacknife, usando a mesma população para estimação e validação. Os programas estatísticos utilizados foram GENES, SELEGEN GENÔMICA e R. As acurácias apresentaram valores entre 0,55 e 0,92. De forma geral, a validação feita através da população independente apresentou valores mais elevados de acurácia. Para famílias de meios-irmãos e com distribuição binomial dos efeitos genéticos, o método BLASSO foi ligeiramente superior ao RR-BLUP. Para a distribuição uniforme, os dois m... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise genômica. |
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Thesagro: |
Genética; Marcador Molecular. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/74155/1/2012-M.Deon-RAgrotec-Metodos.pdf
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Marc: |
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650 $aGenética
650 $aMarcador Molecular
653 $aAnálise genômica
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700 1 $aALMEIDA, R. V. de
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 625 | |
| 9. |  | RESENDE, M. D. V. de. REML e componentes de variância. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 395-448.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 10. | | RESENDE, M. D. V. de. Estatística espacial, séries temporais e competição (interação social). In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 504-558.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 11. | | RESENDE, M. D. V. de. Estatística. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 56-129.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 15. | | RESENDE, M. D. V. de. Modelos BLUP univariados multiefeitos. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 226-256.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 16. | | RESENDE, M. D. V. de. Modelos computacionais BLUP. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 206-225.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 18. | | RESENDE, M. D. V. de. Modelos lineares. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 130-205.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 19. | | RESENDE, M. D. V. de. Modelos multivariados. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 257-311.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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