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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
Data corrente: |
25/11/2019 |
Data da última atualização: |
23/08/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
DIAS, K. O. G.; PIEPHO, H. P.; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARAES, P. E. de O.; PARENTONI, S. N.; PINTO, M. de O.; NODA, R. W.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARÃES, C. T.; GARCIA, A. A. F.; PASTINA, M. M. |
Afiliação: |
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; University of Hohenheim; LAURO JOSE MOREIRA GUIMARAES, CNPMS; PAULO EVARISTO DE O GUIMARAES, CNPMS; SIDNEY NETTO PARENTONI, CNPMS; MARCOS DE OLIVEIRA PINTO, CNPMS; ROBERTO WILLIANS NODA, CNPMS; JURANDIR VIEIRA DE MAGALHAES, CNPMS; CLAUDIA TEIXEIRA GUIMARAES, CNPMS; Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; MARIA MARTA PASTINA, CNPMS. |
Título: |
Novel strategies for genomic prediction of untested single-cross maize hybrids using unbalanced historical data. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Theoretical and Applied Genetics, v. 133, p. 443-455, 2020. |
DOI: |
10.1007/s00122-019-03475-1 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Publicado online em 22 nov. 2019. |
Conteúdo: |
Predicting the performance of untested single-cross hybrids through genomic prediction (GP) is highly desirable to increase genetic gain. Here, we evaluate the predictive ability (PA) of novel genomic strategies to predict single-cross maize hybrids using an unbalanced historical dataset of a tropical breeding program. Field data comprised 949 single-cross hybrids evaluated from 2006 to 2013, representing eight breeding cycles. Hybrid genotypes were inferred based on their parents? genotypes (inbred lines) using single-nucleotide polymorphism markers obtained via genotyping-by-sequencing. GP analyses were fitted using genomic best linear unbiased prediction via a stage-wise approach, considering two distinct cross-validation schemes. Results highlight the importance of taking into account the uncertainty regarding the adjusted means at each step of a stage-wise analysis, due to the highly unbalanced data structure and the expected heterogeneity of variances across years and locations of a commercial breeding program. Further, an increase in the size of the training set was not always advantageous even in the same breeding program. The use of the two cycles preceding predictions achieved optimal PA of untested single-cross hybrids in a forward prediction scenario, which could be used to replace the first step of field screening. Finally, in addition to the practical and theoretical results applied to maize hybrid breeding programs, the stage-wise analysis performed in this study may be applied to any crop historical unbalanced data. MenosPredicting the performance of untested single-cross hybrids through genomic prediction (GP) is highly desirable to increase genetic gain. Here, we evaluate the predictive ability (PA) of novel genomic strategies to predict single-cross maize hybrids using an unbalanced historical dataset of a tropical breeding program. Field data comprised 949 single-cross hybrids evaluated from 2006 to 2013, representing eight breeding cycles. Hybrid genotypes were inferred based on their parents? genotypes (inbred lines) using single-nucleotide polymorphism markers obtained via genotyping-by-sequencing. GP analyses were fitted using genomic best linear unbiased prediction via a stage-wise approach, considering two distinct cross-validation schemes. Results highlight the importance of taking into account the uncertainty regarding the adjusted means at each step of a stage-wise analysis, due to the highly unbalanced data structure and the expected heterogeneity of variances across years and locations of a commercial breeding program. Further, an increase in the size of the training set was not always advantageous even in the same breeding program. The use of the two cycles preceding predictions achieved optimal PA of untested single-cross hybrids in a forward prediction scenario, which could be used to replace the first step of field screening. Finally, in addition to the practical and theoretical results applied to maize hybrid breeding programs, the stage-wise analysis performed in this st... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Genoma; Hibrido; Melhoramento Vegetal; Milho. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215380/1/Novel-strategies.pdf
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Marc: |
LEADER 02512naa a2200313 a 4500 001 2115056 005 2020-08-23 008 2020 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1007/s00122-019-03475-1$2DOI 100 1 $aDIAS, K. O. G. 245 $aNovel strategies for genomic prediction of untested single-cross maize hybrids using unbalanced historical data.$h[electronic resource] 260 $c2020 500 $aPublicado online em 22 nov. 2019. 520 $aPredicting the performance of untested single-cross hybrids through genomic prediction (GP) is highly desirable to increase genetic gain. Here, we evaluate the predictive ability (PA) of novel genomic strategies to predict single-cross maize hybrids using an unbalanced historical dataset of a tropical breeding program. Field data comprised 949 single-cross hybrids evaluated from 2006 to 2013, representing eight breeding cycles. Hybrid genotypes were inferred based on their parents? genotypes (inbred lines) using single-nucleotide polymorphism markers obtained via genotyping-by-sequencing. GP analyses were fitted using genomic best linear unbiased prediction via a stage-wise approach, considering two distinct cross-validation schemes. Results highlight the importance of taking into account the uncertainty regarding the adjusted means at each step of a stage-wise analysis, due to the highly unbalanced data structure and the expected heterogeneity of variances across years and locations of a commercial breeding program. Further, an increase in the size of the training set was not always advantageous even in the same breeding program. The use of the two cycles preceding predictions achieved optimal PA of untested single-cross hybrids in a forward prediction scenario, which could be used to replace the first step of field screening. Finally, in addition to the practical and theoretical results applied to maize hybrid breeding programs, the stage-wise analysis performed in this study may be applied to any crop historical unbalanced data. 650 $aGenoma 650 $aHibrido 650 $aMelhoramento Vegetal 650 $aMilho 700 1 $aPIEPHO, H. P. 700 1 $aGUIMARAES, L. J. M. 700 1 $aGUIMARAES, P. E. de O. 700 1 $aPARENTONI, S. N. 700 1 $aPINTO, M. de O. 700 1 $aNODA, R. W. 700 1 $aMAGALHAES, J. V. de 700 1 $aGUIMARÃES, C. T. 700 1 $aGARCIA, A. A. F. 700 1 $aPASTINA, M. M. 773 $tTheoretical and Applied Genetics$gv. 133, p. 443-455, 2020.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Registros recuperados : 42 | |
4. | | PINTO, M. de O.; GOOD-GOD, P. I. V.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de. Associação de marcadores moleculares SNP com o conteúdo de ácido linolênico em sementes de soja. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 3, p. 263-269, mar. 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Unidades Centrais. |
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10. | | APOLINÁRIO, L. C.; BARROS, B. de A.; PINTO, M. de O.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARÃES, F. F. M.; GUIMARÃES, C. T. Aumento da tolerância ao alumínio em linhagens elites de milho conferido pela introgressão do alelo superior do gene ZmMATE1. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 32., 2018, Lavras. Soluções integradas para os sistemas de produção de milho e sorgo no Brasil: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2018. p. 237.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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11. | | MENDES, G. S. B.; OLIVEIRA, R. P. de; BARROS, B. de A.; PINTO, M. de O.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARÃES, C. T. Associação de polimorfismos no gene ZmAATE1 com a tolerância ao alumínio em genótipos de milho de ampla diversidade. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 33., 2022, Sete Lagoas. Brasil: 200 anos de independência: sustentabilidade e desafios para a cadeia produtiva de grãos: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2022. Evento online.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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13. | | SILVA, A. P. M.; PINTO, M. de O.; CRUZ, M. F. A.; SOARES, C. Q. G.; PINHEIRO, J. B.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de. Expressão de genes de referência para uso em reações de qPCR em genótipos de soja contrastantes para o conteúdo de ácido oléico cultivados sob diferentes temperaturas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 319-322.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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14. | | PINTO, M. de O.; BELICUAS, S. N. J.; MAGALHAES, J. V. de; PARRELLA, R. A. da C.; SCHAFFERT, R. E.; MENEZES, C. B. de. Identificação de marcadores moleculares microssatélites associados à restauração da fertilidade em sorgo. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 53-59. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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15. | | PINTO, M. de O.; ROCHA, D. D. D.; SILVA, L. F.; BERNARDINO, K. C.; PASTINA, M. M.; MAGALHAES, J. V. de; SCHAFFERT, R. E. Identification of QTLS associated with percentage of dry matter and midrib color in sorghum. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 6., 2017, Ouro Preto. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2017.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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18. | | PINTO, M. de O.; SOUZA, I. R. P. de; PAULA, A. L. S. P.; GUIMARAES, P. E. de O.; TRINDADE, R. dos S.; GUIMARAES, L. J. M. Introgressão da resistência ao mosaico-comum em milho assistida por marcadores SNP. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 32., 2018, Lavras. Soluções integradas para os sistemas de produção de milho e sorgo no Brasil: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2018. p. 282.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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19. | | SOUZA, I. R. P. de; GUILHEN, J. H. S.; ANDRADE, C. de L. T. de; PINTO, M. de O.; LANA, U. G. de P.; PASTINA, M. M. Major effect qtl on chromosome 3 conferring maize resistance to Sugarcane mosaic virus. Revista Brasileira de Milho e Sorgo, v. 18, n. 3, p. 322-339, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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20. | | PINTO, M. de O.; SILVA, M. J.; BARROS, B. de A.; GUIMARÃES, C. T.; SCHAFFERT, R. E.; PARRELLA, R. A. da C.; DAMASCENO, C. M. B. Marker-assisted backcrossing of bmr6 into biomass sorghum line. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 7., 2019, Campos do Jordão. Resumos. [S.l.]: Sociedade Brasileira de Genética, 2019.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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