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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
26/02/2009 |
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Data da última atualização: |
06/07/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PIFFANELLI, P.; VILARINHOS, A. D.; SAFAR, J.; SABAU, X.; DOLEZEL, J. |
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Afiliação: |
Pietro Piffanelli, CIRAD-BIOS/Parco Tecnologico Padano; Alberto Duarte Vilarinhos, CNPMF; Jan Safar, Institute of Experimental Botany; Xavier Sabau, CIRAD-BIOS; Jaroslav Dolezel, Institute of Experimental Botany. |
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Título: |
Construction of bacterial artificial chromosome (BAC) libraries of banana (Musa acuminata and Musa balbisiana). |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
Fruits, Paris, v. 63, n. 6, p. 1-5, 2008. |
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ISSN: |
0248-1294 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Introduction. This protocol applies to the characterization of genome structure and evolution of M. acuminata and M. balbisiana genomes; construction of physical maps around markers of interest and QTLs; comparative genomic studies with other monocot species; and study of banana streak virus (BSV) integration patterns in banana nuclear genomes. The principle, key advantages, starting plant material, time required and expected results are presented. Materials and methods. This part describes the required materials, and the protocols for isolation and lysis of banana nuclei; high-molecular-weight (HMW) DNA Hind III digestion and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) analysis; large-scale HMW DNA Hind III digestion and ligation to the pINDIGOBAC-5 vector; and analysis of recombinant BAC clones. It mentions the main problems which can occur. Results. The described protocols will enable the efficient construction of BAC libraries from Musa species. These libraries can be used to construct physical maps and select specific genomic regions to be sequenced. |
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Palavras-Chave: |
Genetic map; Genetic marker; Method. |
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Thesagro: |
DNA; Musa sp. |
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Thesaurus Nal: |
electrophoresis. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aIntroduction. This protocol applies to the characterization of genome structure and evolution of M. acuminata and M. balbisiana genomes; construction of physical maps around markers of interest and QTLs; comparative genomic studies with other monocot species; and study of banana streak virus (BSV) integration patterns in banana nuclear genomes. The principle, key advantages, starting plant material, time required and expected results are presented. Materials and methods. This part describes the required materials, and the protocols for isolation and lysis of banana nuclei; high-molecular-weight (HMW) DNA Hind III digestion and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) analysis; large-scale HMW DNA Hind III digestion and ligation to the pINDIGOBAC-5 vector; and analysis of recombinant BAC clones. It mentions the main problems which can occur. Results. The described protocols will enable the efficient construction of BAC libraries from Musa species. These libraries can be used to construct physical maps and select specific genomic regions to be sequenced.
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653 $aGenetic marker
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 12 | |
| 1. |  | PIFFANELLI, P.; VILARINHOS, A. D.; SAFAR, J.; SABAU, X.; DOLEZEL, J. Construction of bacterial artificial chromosome (BAC) libraries of banana (Musa acuminata and Musa balbisiana). Fruits, Paris, v. 63, n. 6, p. 1-5, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 2. | | BERRI, S.; ABBRUSCATO, P.; FAIVRE RAMPANT, O.; BRASILEIRO, A. C. M.; FUMASONI, I.; SATOH, K.; KIKUCHI, S.; MIZZI, L.; MORANDINI, P.; PÈ, M. E.; PIFFANELLI, P. Characterization of WRKY co-regulatoy networks in rice and Arabidopsis. BMC Plant Biology, v. 9, n. 120, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 3. | | SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; MILLER, R. N. G.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P. Genômica estrutural de Musa acuminata ssp. burmannicoides var. Calcutta 4. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. 22 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 108).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 4. | | DHONT, A.; PIFFANELLI, P.; LESCOT, M.; TOWN, C.; LEEBENS-MACK, J.; BLANC, G.; SOUZA, M.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; ROUX, N.; SASAKI, T. Insights into the genome of musa (banana), a giant herb bearing fleshy fruits. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOMES CONFERENCE, 17., 2009, San Diego, CA. [Proceedings...]. [S. l.: s.n.], 2009. w263| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 5. | | PIFFANELLI, P.; CIAMPI, A.; RUIZ, M.; SILVA, F. R. da; LESCOT, M.; PAPAS, G.; RONNING, C.; HAAS, B.; WORTMAN, J.; FRISON, E.; ROUX, N.; MILLER, R. N. G.; COTE, F.; D'HONT, A.; SOUZA, M.; GLASZMANN, J. C.; TOWN, C. Analysis of the Musa genome from BAC sequencing and its comparison with rice. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOMES CONFERENCE, 13., 2005, San Diego, CA. [Proceedings...]. [S. l.: s.n.], 2005. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; MOTA, M.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G. DataMusa: banco de dados de genômica de Musa spp. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. 24 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 107).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | HIPPOLYTE, I.; BAKRY, F.; SEGUIN, M.; GARDES, L.; RIVALLAN, R.; RISTERUCCI, A. M.; JENNY, C.; PERRIER, X.; CARREEL, F.; ARGOUT, X.; PIFFANELLI, P.; KHAN, I. A.; MILLER, R. N. G.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; MBÉGUIÉ-A-MBÉGUIÉ, D.; MATSUMOTO, T.; BERNARDINIS, V. de; HUTTNER, E.; KILIAN, A; BAURENS, F. C.; D'HONT, A.; COTE, F.; COURTOIS, B.; GLASZMANN, J. C. A saturated SSR/DArT linkage map of Musa acuminata addressing genome rearrangements among bananas. BMC Plant Biology, v. 10, n. 65, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 8. | | SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G. Transcriptoma de Musa acuminata no dataMusa. Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. 25p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 109)| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 9. | | PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. de O.; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. de C.; SOUZA JR. M. L T.; MATSUMOTO, T.; AZEVEDO, V. C. R.; FERREIRA, C. F.; AMORIM, E. P.; FIGUEIREDO, L. F. de A.; MARTINS, N. F.; CAVALCANTE, M. de J. B.; BAURENS, F.-C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PIGNOLET, L.; ABADIE, C.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G. Development of expressed sequence tag and EST-SSR marker resources for Musa acuminata. AOB Plants, 2012. (Open Access).| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 10. | | PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. de O.; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. de C.; SOUZA JUNIOR, M. T.; MATSUMOTO, T.; AZEVEDO, V. C. R.; FERREIRA, C. F.; AMORIM, E. P.; FIGUEIREDO, L. F. de A.; MARTINS, N. F.; CAVALCANTE, M. de J. B.; BAURENS, F. C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PIGNOLET, L.; ABADIE, C.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G. Development of expressed sequence tag and expressed sequence tag-simple sequence repeat marker resources for Musa acuminata. AoB Plants, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | LESCOT, M.; PIFFANELLI, P.; CIAMPI, A. Y.; RUIZ, M.; BLANC, G.; LEEBENS-MACK, J.; SILVA, F. R. da; SANTOS, C. M. R.; D'HONT, A.; GARSMEUR, O.; VILARINHOS, A. D.; KANAMORI, H.; MATSUMOTO, T.; RONNING, C. M.; CHEUNG, F.; HAAS, B. J.; ALTHOFF, R.; ARBOGAST, T.; HIRE, E.; PAPPAS JUNIOR, G.; SASAKI, T.; SOUZA JUNIOR, M. T.; MILLER, R. N. G.; GLASZMANN, J. C.; TOWN, C. D. Insights into the Musa genome: syntenic relationships to rice and between Musa species. BMC Genomics, London, v. 9, 2007. il.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 12. | | LESCOT, M.; PIFFANELLI, P.; CIAMPI, A. Y.; RUIZ, M.; BLANC, G.; LEEBENS MACK, J.; SILVA, F. R. da; SANTOS, C. M. R.; D'HONT, A.; GARSMEUR, O.; VILARINHOS, A. D.; KANAMORI, H.; MATSUMOTO, T.; RONNING, C. M.; CHEUNG, F.; HAAS, B. J.; ALTHOFF, R.; ARBOGAST, T.; HIRE, E.; PAPPAS JUNIOR, G.; SASAKI, T.; SOUZA JUNIOR, M. T.; MILLER, R. N. G.; GLASZMANN, J. C.; TOWN, C. D. Insights into the Musa genome: syntenic relationships to rice and between Musa species. BMC Genomics, London, v.9, n.58, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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