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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
Data corrente: |
24/10/2012 |
Data da última atualização: |
16/02/2018 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; MISSIAGGIA, A. A.; AGUIAR, A. M.; ABAD, J. M.; TAKAHASHI, E. K.; ROSADO, A. M.; FARIA, D. A.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; KILIAN, A.; GRATTAPAGLIA, D. |
Afiliação: |
MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; MÁRCIO F. R. RESENDE, UFV; CAROLINA P. SANSALONI, UnB; CESAR D. PETROLI, UnB; Alexandre A. Missiaggia, 5 FIBRIA Celulose; Aurelio M. Aguiar, FIBRIA Celulose; JUPITER M. ABAD, FIBRIA CELULOSE S. A.; ELIZABETE K. TAKAHASHI, CENIBRA CELULOSE NIPO BRASILEIRA S. A.; ANTONIO M. ROSADO, CENIBRA CELULOSE NIPO BRASILEIRA S. A.; DANIELLE A. FARIA, CENARGEN; GEORGIOS JOANNIS PAPPAS JUNIOR, CENARGEN; ANDRZEJ KILIAN, DIVERSITY ARRAYS TECHNOLOGY; DARIO GRATTAPAGLIA, CENARGEN. |
Título: |
Genomic selection for growth and wood quality in Eucalyptus: capturing the missing heritability and accelerating breeding for complex traits in forest trees. |
Ano de publicação: |
2012 |
Fonte/Imprenta: |
New Phytologist, v. 194, p. 116-128, 2012. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Genomic selection (GS) is expected to cause a paradigm shift in tree breeding by improving its speed and efficiency. By fitting all the genome-wide markers concurrently, GS can capture most of the ?missing heritability? of complex traits that quantitative trait locus (QTL) and association mapping classically fail to explain. Experimental support of GS is now required. The effectiveness of GS was assessed in two unrelated Eucalyptus breeding populations with contrasting effective population sizes (Ne = 11 and 51) genotyped with > 3000 DArT markers. Prediction models were developed for tree circumference and height growth, wood specific gravity and pulp yield using random regression best linear unbiased predictor (BLUP). Accuracies of GS varied between 0.55 and 0.88, matching the accuracies achieved by conventional phenotypic selection. Substantial proportions (74?97%) of trait heritability were captured by fitting all genome-wide markers simultaneously. Genomic regions explaining trait variation largely coincided between populations, although GS models predicted poorly across populations, likely as a result of variable patterns of linkage disequilibrium, inconsistent allelic effects and genotype environment interaction. GS brings a new perspective to the understanding of quantitative trait variation in forest trees and provides a revolutionary tool for applied tree improvement. Nevertheless population- specific predictive models will likely drive the initial applications of GS in forest tree breeding. MenosGenomic selection (GS) is expected to cause a paradigm shift in tree breeding by improving its speed and efficiency. By fitting all the genome-wide markers concurrently, GS can capture most of the ?missing heritability? of complex traits that quantitative trait locus (QTL) and association mapping classically fail to explain. Experimental support of GS is now required. The effectiveness of GS was assessed in two unrelated Eucalyptus breeding populations with contrasting effective population sizes (Ne = 11 and 51) genotyped with > 3000 DArT markers. Prediction models were developed for tree circumference and height growth, wood specific gravity and pulp yield using random regression best linear unbiased predictor (BLUP). Accuracies of GS varied between 0.55 and 0.88, matching the accuracies achieved by conventional phenotypic selection. Substantial proportions (74?97%) of trait heritability were captured by fitting all genome-wide markers simultaneously. Genomic regions explaining trait variation largely coincided between populations, although GS models predicted poorly across populations, likely as a result of variable patterns of linkage disequilibrium, inconsistent allelic effects and genotype environment interaction. GS brings a new perspective to the understanding of quantitative trait variation in forest trees and provides a revolutionary tool for applied tree improvement. Nevertheless population- specific predictive models will likely drive the initial applications of G... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Qualidade da madeira. |
Thesagro: |
Eucalipto; Seleção Genética. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02465naa a2200301 a 4500 001 1937744 005 2018-02-16 008 2012 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aRESENDE, M. D. V. de 245 $aGenomic selection for growth and wood quality in Eucalyptus$bcapturing the missing heritability and accelerating breeding for complex traits in forest trees.$h[electronic resource] 260 $c2012 520 $aGenomic selection (GS) is expected to cause a paradigm shift in tree breeding by improving its speed and efficiency. By fitting all the genome-wide markers concurrently, GS can capture most of the ?missing heritability? of complex traits that quantitative trait locus (QTL) and association mapping classically fail to explain. Experimental support of GS is now required. The effectiveness of GS was assessed in two unrelated Eucalyptus breeding populations with contrasting effective population sizes (Ne = 11 and 51) genotyped with > 3000 DArT markers. Prediction models were developed for tree circumference and height growth, wood specific gravity and pulp yield using random regression best linear unbiased predictor (BLUP). Accuracies of GS varied between 0.55 and 0.88, matching the accuracies achieved by conventional phenotypic selection. Substantial proportions (74?97%) of trait heritability were captured by fitting all genome-wide markers simultaneously. Genomic regions explaining trait variation largely coincided between populations, although GS models predicted poorly across populations, likely as a result of variable patterns of linkage disequilibrium, inconsistent allelic effects and genotype environment interaction. GS brings a new perspective to the understanding of quantitative trait variation in forest trees and provides a revolutionary tool for applied tree improvement. Nevertheless population- specific predictive models will likely drive the initial applications of GS in forest tree breeding. 650 $aEucalipto 650 $aSeleção Genética 653 $aQualidade da madeira 700 1 $aRESENDE JUNIOR, M. F. R. 700 1 $aSANSALONI, C. P. 700 1 $aPETROLI, C. D. 700 1 $aMISSIAGGIA, A. A. 700 1 $aAGUIAR, A. M. 700 1 $aABAD, J. M. 700 1 $aTAKAHASHI, E. K. 700 1 $aROSADO, A. M. 700 1 $aFARIA, D. A. 700 1 $aPAPPAS JUNIOR, G. J. 700 1 $aKILIAN, A. 700 1 $aGRATTAPAGLIA, D. 773 $tNew Phytologist$gv. 194, p. 116-128, 2012.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Registros recuperados : 28 | |
21. | | GRANATO, I. S. C.; MARINHO, C. D.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Seleção de marcadores para os métodos RR-BLUP e BLASSO na seleção genômica ampla. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 285-288.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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22. | | GRANATO, I. S. C.; MARINHO, C. D.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Seleção de marcadores para os métodos RR-BLUP e BLASSO na seleção genômica ampla. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 285-288.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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23. | | GRATTAPAGLIA, D.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; FARIA, D. A. de; MISSIAGGIA, A. A.; TAKAHASHI, E. K.; ROSSE, L. N.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; RESENDE, M. D. V. de. Quantitative genetics and breeding: from phenotype dissection to genomic selection in Eucalyptus breeding. In: IUFRO TREE BIOTECHNOLOGY CONFERENCE, 2009, Whislter. Abstracts. [S.l.]: IUFRO, 2009. p. 13Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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24. | | HUDSON, C. J.; FREEMAN, J. S.; KULLAN, A. R. K.; PETROLI, C. D.; SANSALONI, C. P.; KILIAN, A.; DETERING, F.; GRATTAPAGLIA, D.; POTTS, B. M.; MYBURG, A. A.; VAILLANCOURT, R. E. A reference linkage map for Eucalyptus. BMC Genomics, 13:240, 2012. (Open access).Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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25. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; AZEVEDO, C. F.; MARINHO, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Parametrizações em marcadores dominantes para seleção genômica ampla em eucalipto. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 13-16.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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26. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; AZEVEDO, C. F.; MARINHO, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Parametrizações em marcadores dominantes para seleção genômica ampla em eucalipto. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 13-16.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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27. | | RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; MISSIAGGIA, A. A.; AGUIAR, A. M.; ABAD, J. M.; TAKAHASHI, E. K.; ROSADO, A. M.; FARIA, D. A.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; KILIAN, A.; GRATTAPAGLIA, D. Genomic selection for growth and wood quality in Eucalyptus: capturing the missing heritability and accelerating breeding for complex traits in forest trees. New Phytologist, v. 194, p. 116-128, 2012.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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28. | | MYBURG, A. A.; GRATTAPAGLIA, D.; TUSKAN, G. A.; HELLSTEN, U.; HAYES, R. D.; GRIMWOOD, J.; JENKINS, J.; LINDQUIST, E.; BAUER, D.; GOODSTEIN, D. M.; DUBCHAK, I.; POLIAKOV, A.; MIZRACHI, E.; KULLAN, A. R. K.; HUSSEY, S. G.; PINARD, D.; MERWE, K. van der; SINGH, P.; JAARSVELD, I. van; SILVA JUNIOR, O. B.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS, M. R.; FARIA, D. A.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; YANG, X.; RANJAN, P.; TSCHAPLINSKI, T. J.; YE, C.-Y.; LI, T.; STERCK, L.; VANNESTE, K.; MURAT, F.; SOLER, M.; SAN CLEMENTE, H.; SAIDI, N.; CASSAN-WANG, H.; DUNAND, C.; HEFER, C. A.; BORNBERG-BAUER, E.; KERSTING, A. R.; VINING, K.; AMARASINGHE, V.; RANIK, M.; NAITHANI, S.; ELSER, J.; BOYD, A. E.; LISTON, A.; SPATAFORA, J. W.; DHARMWARDHANA, P.; RAJA, R.; SULLIVAN, C.; ROMANEL, E.; ALVES-FERREIRA, M.; KULHEIM, C.; FOLEY, W.; CAROCHA, V.; PAIVA, J.; KUDRNA, D.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PASQUALI, G.; BYRNE, M.; RIGAULT, P.; SPOKEVICIUS, A.; JONES, R. C.; STEANE, D. A.; VAILLANCOURT, R. E.; POTTS, B. M.; JOUBERT, F.; BARRY, K.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; STRAUSS, S. H.; JAISWAL, P.; GRIMA-PETTENATI, J.; SALSE, J.; PEER, Y. van de; ROKHSAR, D. S.; SCHMUTZ, J. The genome of Eucalyptus grandis. Nature (London), v. 510, p. 356-362, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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