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BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






Registro Completo
Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste.
Data corrente:  23/01/2023
Data da última atualização:  23/01/2023
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.
Afiliação:  JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; DIELSON VIEIRA, YALE UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE; JESSICA MORAES MALHEIROS, UNIVERSIDADE FEDERAL DA INTEGRAÇÃO LATINO-AMERICANA; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE.
Título:  Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle.
Ano de publicação:  2022
Fonte/Imprenta:  Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022.
DOI:  https://doi.org/10.3390/ genes13122336
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Abstract: Traditional transcriptomics approaches have been used to identify candidate genes affecting economically important livestock traits. Regulatory variants affecting these traits, however, remain under covered. Genomic regions showing allele-specific expression (ASE) are under the effect of cis-regulatory variants, being useful for improving the accuracy of genomic selection models. Taking advantage of the better of these two methods, we investigated single nucleotide polymorphisms (SNPs) in regions showing differential ASE (DASE SNPs) between contrasting groups for beef quality traits. For these analyses, we used RNA sequencing data, imputed genotypes and genomic estimated breeding values of muscle-related traits from 190 Nelore (Bos indicus) steers. We selected 40 contrasting unrelated samples for the analysis (N = 20 animals per contrasting group) and used a beta-binomial model to identify ASE SNPs in only one group (i.e., DASE SNPs). We found 1479 DASE SNPs (FDR 0.05) associated with 55 beef-quality traits. Most DASE genes were involved with tenderness and muscle homeostasis, presenting a co-expression module enriched for the protein ubiquitination process. The results overlapped with epigenetics and phenotype-associated data, suggesting that DASE SNPs are potentially linked to cis-regulatory variants affecting simultaneously the transcription and phenotype through chromatin state modulation.
Palavras-Chave:  Allele-specific expression; ASE; Cis-regulation; Expressão alelo específica; Expressão gênica; Polimorfismos de nucleotídeo único.
Thesagro:  Fenótipo.
Thesaurus Nal:  Beef; Gene expression; Phenotype; Single nucleotide polymorphism.
Categoria do assunto:  --
G Melhoramento Genético
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1151168/1/DifferentialAlleleSpecific.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA21550 - 1UPCAP - DD
CPPSE25895 - 1UPCAP - DDPROCI-2023.00002BRU2022.00002
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1.Imagem marcado/desmarcadoPETRINI, J. A. Epocas de semeadura e qualidade de sementes de sorgo (Sorghum bicolor (L.) Moench). Pelotas : UFPEL, 1980. 56p. Tese Mestrado.
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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2.Imagem marcado/desmarcadoFERNANDEZ, D.; PETRINI, J. A. Teste colorimetrico: metodo rapido para viabilidade de sementes de soja(Glycine max (L.) Merrill). Pelotas: EMBRAPA-CPATB, 1988. 20p. (EMBRAPA-CPATB. Boletim de Pesquisa, 1).
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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3.Imagem marcado/desmarcadoFRANCO, D. F.; PETRINI, J. A. Análise de semente de arroz. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2001. 4 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 44)
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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4.Imagem marcado/desmarcadoFRANCO, D. F.; PETRINI, J. A. Produção de semente genética de arroz irrigado através do sistema de transplante de mudas. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2002. 3 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 60)
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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5.Imagem marcado/desmarcadoFRANCO, D. F.; PETRINI, J. A. Ponto ideal de colheita em arroz irrigado. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2000. 2 p. (Embrapa Clima Temperado. Recomendação Técnica, 16)
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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6.Imagem marcado/desmarcadoFRANCO, D. F.; PETRINI, J. A. Secagem do arroz. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2006. 4 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 145).
Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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7.Imagem marcado/desmarcadoFRANCO, D. F.; PETRINI, J. A. Testes de vigor em sementes de arroz. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2002. 2 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 68)
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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8.Imagem marcado/desmarcadoMATTOS, M. L. T.; PETRINI, J. A. Sustentabilidade ambiental. In: FAGUNDES, P. R. R.; PETRINI, J. A. (Ed.). Cultivo do arroz pré-germinado no Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 105 p. (Embrapa Clima Temperado. Sistema de produção, 14). p. 99 -105 (Embrapa Clima Temperado. Sistema de produção, 14).
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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9.Imagem marcado/desmarcadoGOMES, A. da S. PAULETTO, E. A. PETRINI, J. A. Arroz irrigado: manejo de agua. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 1999. 16p. (Embrapa Clima Temperado. Circular Tecnica, 16).
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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10.Imagem marcado/desmarcadoFRANCO, D. F.; PETRINI, J. A.; AMARAL, A. dos S. Novo teste de viabilidade em sementes de soja - teste de timerosal. Pelotas : EMBRAPA-UEPAE de Pelotas, 1984. 3p. (EMBRAPA-UEPAE de Pelotas. Pesquisa em Andamento, 10).
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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11.Imagem marcado/desmarcadoMARTINS, J. F. da S.; PETRINI, J. A. Manejo de insetos e caramujos. In: FAGUNDES, P. R. R.; PETRINI, J. A. (Ed.). Cultivo do arroz pré-germinado no Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 105 p. (Embrapa Clima Temperado. Sistema de produção, 14). p. 73- 84
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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12.Imagem marcado/desmarcadoPETRINI, J. A.; AZAMBUJA, I. H. V.; KUHN, R. A. Redução de custos em insumos agrícolas na aplicação de práticas de manejo em arroz irrigado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 10., 2017, Gramado. Intensificação sustentável: anais. Gramado: Sosbai, 2017.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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13.Imagem marcado/desmarcadoPETRINI, J. A.; FERNANDEZ, D.; ZONTA, E. P. Testes de Vigor para Predizer a Emergência de Sorgo Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v.23, n.6, p.593-598, jun. 1988.
Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais.
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14.Imagem marcado/desmarcadoGOMES, A. da S.; SCIVITTARO, W. B.; PETRINI, J. A.; FERREIRA, L. H. G. A água: distribuição, regulamentação e uso na agricultura, com enfase ao arroz irrigado. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 44 p. (Embrapa Clima Temperado. Documentos, 250).
Tipo: Documentos
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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15.Imagem marcado/desmarcadoPETRINI, J. A.; AZAMBUJA, I. H. V.; KUHN, R. A.; BRETANHA, G. Aplicação de práticas de manejo em arroz irrigado com redução de custos em insumos agrícolas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 7., 2011, Balneário Camboriú. Racionalizando recursos e ampliando oportunidades: anais. Itajaí: Epagri, 2011. v. 1. p. 783-785.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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16.Imagem marcado/desmarcadoPETRINI, J. A.; WINKLER, A. S.; OSSANES, L. da S.; CARVALHO, A. A. BRS atlanta e brs querência: densidades de semeadura e sua influência na produtividade de grãos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 6., 2009, Porto Alegre. Estresses e sustentabilidade: desafios para a lavoura arrozeira: anais. Porto Alegre: Palotti, 2009. p. 242-245.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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17.Imagem marcado/desmarcadoCAPELARO, A. L.; SILVA FILHO, A. E. P. da; PETRINI, J. A.; SILVEIRA JUNIOR, P. Influencia do preparo do solo, tamanho de sementes e profundidade de semeadura na emergencia de sorgo sacarino. Pesquisa Agropecuaria Brasileira, Brasilia, v.21, n.8, p.885-893, Ago. 1986.
Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais.
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18.Imagem marcado/desmarcadoPETRINI, J. A.; GOMES, A. da S.; PARFITT, J. M. B. Implantação do sistema, sistematização e preparo do solo. In: FAGUNDES, P. R. R.; PETRINI, J. A. (Ed.). Cultivo do arroz pré-germinado no Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 105 p. (Embrapa Clima Temperado. Sistema de produção, 14). p. 19-34 (Embrapa Clima Temperado. Sistema de produção, 14).
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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19.Imagem marcado/desmarcadoPETRINI, J. A.; RICHINITTI, L. M.; MARTINS, J. F. da S.; TAVARES, W. R. F. Caramujos: praga do arroz pré-germinado. Pelotas: EMBRAPA-CPACT, 1998. 21 p. (EMBRAPA-CPACT. Circular Técnica, 10).
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado.
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20.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, G. K. de; PETRINI, J. A.; AZAMBUJA, I. V.; PASQUALLI, L.; KUHN, R.; SCHOSSLER, D. Desempenho de arroz híbrido Avaxi e Inov submetidos as práticas racionais de manejo do projeto Marca. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 5.; REUNIÃO DA CULTURA DO ARROZ IRRIGADO, 27., 2007, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. v. 1, p. 431-433
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota TécnicaCirculação/Nível: -- - --
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