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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Solos; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
22/11/2002 |
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Data da última atualização: |
26/09/2022 |
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Autoria: |
JACOMINE, P. K. T.; CAVALCANTI, A. C.; BURGOS, N.; PESSOA, S. C. P.; SILVEIRA, C. O. da. |
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Afiliação: |
PAULO KLINGER TITO JACOMINE, DPP-MA; ANTONIO CABRAL CAVALCANTI, DPP-MA; NIVALDO BURGOS, DPP-MA; SÉRGIO COSTA PINTO PESSOA, DPP-MA; CLOTÁRIO OLIVIER DA SILVEIRA, DPP-MA. |
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Título: |
Levantamento exploratório - reconhecimento de solos do Estado de Pernambuco. |
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Ano de publicação: |
1973 |
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Fonte/Imprenta: |
Recife: Divisão de Pesquisa Pedológica: SUDENE-DRN, 1972-1973. |
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Volume: |
2 v. |
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Série: |
(Brasil. Divisão de Pesquisa Pedológica. Boletim técnico, 26; SUDENE-DRN. Série Pedologia, 14). |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Acompanha 1 mapa, color. Escala 1:600.000. |
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Conteúdo: |
O principal objetivo deste trabalho e o levantamento dos recursos relativos a solos em carater generalizado, visando a confeccao da Carta de Solos do Nordeste e contribuicao para a Carta de Solos do Brasil, conforme as normas seguidas pela Divisao de Pesquisa Pedologica em todo o territorio brasileiro. Esse levantamento objetiva a identificacao e estudo dos varios solos existentes no Estado, compreendendo sua distribuicao geografica, cartografia das areas por eles ocupadas, alem do estudo de suas caracteristicas morfologicas, fisicas, quimicas, mineralogicas e classificacao dos solos. Esses estudos proporcionam elementos basicos essenciais para os planejamentos, particularmente referentes a futuros levantamentos de solos com mais detalhes que possam atenderobjetivos especificos. Proporcionam tambem informacoes basicas para programas de experimentacao agricola e pesquisas em areas representativas dos solos mais importantes do Estado. Levando-se em consideracao que o levantamento executado e de carater generalizado, deve-se alertar os usuarios que o objetivo do presente trabalho nao e fornecer solucoes para problemas de utilizacao dos solos, embora, de maneira generalizada possam ser incluidos entre seus objetivos a solucao de problemas de uso agricola dos solos mapeados, como programas de adubacao, de praticas conservacionistas, de reflorestamento e outros. |
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Palavras-Chave: |
Brasil; Levantamento exploratorio; Pernambuco; Solos. |
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Thesagro: |
Mapa; Reconhecimento; Reconhecimento do solo; Solo. |
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Thesaurus Nal: |
Soil map; Soil surveys. |
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Categoria do assunto: |
--
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/331168/1/DPP-BT-26-1972-1973.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/175683/1/BT-26-Volume-I.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/212420/1/BT-26-Volume-II.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/103425/1/Mapa-Exploratorio-Reconhecimento-de-Solos-Estado-de-Pernambuco.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Solos (CNPS) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
27/12/2019 |
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Data da última atualização: |
27/12/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
MATIAS, F. I.; MEIRELES, K. G. X.; NAGAMATSU, S. T.; BARRIOS, S. C. L.; VALE, C. B. do; CARAZZOLLE, M. F.; FRITSCHE-NETO, R.; ENDELMAN, J. B. |
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Afiliação: |
Filipe Inácio Matias, Universidade de São Paulo - USP/ Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ/Departamento de Genetica; KAREM GUIMARAES XAVIER MEIRELES, CNPGC; Sheila Tiemi Nagamatsu, Universiade Estadual de Campinas - UNICAMP/Departamento Genética e Evolução; SANZIO CARVALHO LIMA BARRIOS, CNPGC; Cacilda Borges do Valle, Colaboradora da Embrapa Gado de Corte; Marcelo Falsarella Carazzolle, Universiade Estadual de Campinas - UNICAMP/Departamento Genética e Evolução; Roberto Fritsche-Neto, Universidade de São Paulo - USP/ Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ/Departamento de Genetica; Jeffrey B. Endelman, University of Wisconsin–Madison/Dep. Horticulture. |
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Título: |
Expected Genotype Quality and Diploidized Marker Data from Genotyping-by-Sequencing of Urocholoa spp. Tetraploids. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
The Plant Genome, v. 12, n. 3, november 2019. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Although genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass Urochloa. When reads were aligned to a mock reference genome created from GBS data of the Urochloa brizantha (Hochst. ex A. Rich.) R. D. Webster cultivar Marandu, 25,678 biallelic single nucleotide polymorphism (SNPs) were discovered, compared with ~3000 SNPs when aligning to the closest true reference genomes, Setaria viridis (L.) P. Beauv. and S. italica (L.) P. Beauv. Crossvalidation revealed that missing genotypes were imputed by the random forest method with a median accuracy of 0.85 regardless of heterozygote frequency. Using the Urochloa spp. hybrids, we illustrated how filtering samples based only on genotype quality (GQ) creates genotype bias; a depth threshold based on EGQ is also needed regardless of whether genotypes are called using a diploidized or allele dosage model. MenosAlthough genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass Urochloa. When reads were aligned to a mock reference genome created from GBS data of the Urochloa brizantha (Hochst. ex A. Rich.) R. D. Webster cultivar Marandu, 25,678 biallelic single nucleotide polymorphism (SNPs) were discovered, compared with ~3000 SNPs when aligning to the closest true reference genomes, Setaria viridis (L.) P. Beauv. and S. italica (L.) P. Beauv. Crossvalidation revealed that missing genotypes were imputed by the random forest method with a median accuracy of 0.85 regardless of heterozygote frequency. Using the Urochloa spp. hybrids, we illustrated how filtering samples based only on genotype quality (GQ) creates genotype bias; a depth threshold based on EGQ is also needed regardless of whether genot... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Although genotyping-by-sequencing; Marker technology. |
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Thesaurus NAL: |
Genotype; Hybrids; Urochloa. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/207884/1/Expected-Genotype-Quality-and-Diploidized.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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