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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
18/02/2011 |
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Data da última atualização: |
28/02/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VIDAL, R. O.; MONDEGO, J. M. C.; POT, D.; AMBRÓSIO, A. B.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G. |
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Afiliação: |
RAMON OLIVEIRA VIDAL, UNICAMP/Instituto de Biologia; JORGE MAURÍCIO COSTA MONDEGO, Instituto Agronômico de Campinas; DAVID POT, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement; ALINNE BATISTA AMBRÓSIO, UNICAMP/Instituto de Biologia; ALAN CARVALHO ANDRADE, CENARGEN; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC; CARLOS AUGUSTO COLOMBO, Instituto Agronômico de Campinas; LUIZ GONZAGA ESTEVES VIEIRA, Instituo Agronômico do Pará; MARCELO FALSARELLA CARAZZOLLE, UNICAMP/Instituto de Biologia; GONÇALO AMARANTE GUIMARÃES PEREIRA, UNICAMP/Instituto de Biologia. |
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Título: |
A high-throughput data mining of single nucleotide polymorphisms in Coffea species expresed sequence tags suggests differential homeologous gene expression in the allotetrapoloid Coffea arabica. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
PLANT PHYSIOLOGY, v. 154, p. 1053-1066. 2010. |
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Páginas: |
1053-1066 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Polyploidization constitutes a common mode of evolution in flowering plants. This event provides the raw material for the divergence of function in homeologous genes, leading to phenotypic novelty that can contribute to the success of polyploids in nature or their selection for use in agriculture. Mounting evidence underlined the existence of homeologous expression biases in polyploid genomes; however, strategies to analyze such transcriptome regulation remained scarce. Important factors regarding homeologous expression biases remain to be explored, such as whether this phenomenon influences specific genes, how paralogs are affected by genome doubling, and what is the importance of the variability of homeologous expression bias to genotype differences. This study reports the expressed sequence tag assembly of the allopolyploid Coffea arabica and one of its direct ancestors, Coffea canephora. The assembly was used for the discovery of single nucleotide polymorphisms through the identification of high-quality discrepancies in overlapped expressed sequence tags and for gene expression information indirectly estimated by the transcript redundancy. Sequence diversity profiles were evaluated within C. arabica (Ca) and C. canephora (Cc) and used to deduce the transcript contribution of the Coffea eugenioides (Ce) ancestor. The assignment of the C. arabica haplotypes to the C. canephora (CaCc) or C. eugenioides (CaCe) ancestral genomes allowed us to analyze gene expression contributions of each subgenome in C. arabica. In silico data were validated by the quantitative polymerase chain reaction and allele-specific combination TaqMAMA-based method. The presence of differential expression of C. arabica homeologous genes and its implications in coffee gene expression, ontology, and physiology are discussed. MenosPolyploidization constitutes a common mode of evolution in flowering plants. This event provides the raw material for the divergence of function in homeologous genes, leading to phenotypic novelty that can contribute to the success of polyploids in nature or their selection for use in agriculture. Mounting evidence underlined the existence of homeologous expression biases in polyploid genomes; however, strategies to analyze such transcriptome regulation remained scarce. Important factors regarding homeologous expression biases remain to be explored, such as whether this phenomenon influences specific genes, how paralogs are affected by genome doubling, and what is the importance of the variability of homeologous expression bias to genotype differences. This study reports the expressed sequence tag assembly of the allopolyploid Coffea arabica and one of its direct ancestors, Coffea canephora. The assembly was used for the discovery of single nucleotide polymorphisms through the identification of high-quality discrepancies in overlapped expressed sequence tags and for gene expression information indirectly estimated by the transcript redundancy. Sequence diversity profiles were evaluated within C. arabica (Ca) and C. canephora (Cc) and used to deduce the transcript contribution of the Coffea eugenioides (Ce) ancestor. The assignment of the C. arabica haplotypes to the C. canephora (CaCc) or C. eugenioides (CaCe) ancestral genomes allowed us to analyze gene expression contribut... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Coffea Arábica. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/29342/1/A-high-throughput.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Trigo; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
27/07/1998 |
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Data da última atualização: |
06/11/1998 |
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Autoria: |
BONATO, E. R.; BERTAGNOLLI, P. F.; IGNACZAK, J. C.; TRAGNAGO, J. L.; RUBIN, S. de A. L. |
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Afiliação: |
1-3 EMBRAPA-CNPT; 4 Universidade de Cruz Alta; 5 Centro de Pesquisa de Sementes de Julio de Castilhos, FEPAGRO, Julio de Castilhos. |
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Título: |
Desempenho de cultivares de soja em três épocas de semeadura, no Rio Grande do Sul. |
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Ano de publicação: |
1998 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 33, n. 6, p. 879-884, jun. 1998. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Com o objetivo de avaliar o comportamento das cultivares de soja (Glycine max L. Merrill) recomendadas para o Rio Grande do Sul, em diferentes epocas, foram conduzidos tres experimentos, em semeaduras de meados de outubro, de novembro e de dezembro, em quatro locais, durante tres anos. Utilizou-se o delineamento em blocos ao acaso com parcelas divididas. O rendimento de graos das cultivares, na semeadura de meados de dezembro, foi inferior ao das demais epocas, nos tres ciclos. Os rendimentos obtidos nas semeaduras de meados de outubro e de novembro foram semelhantes no grupo de cultivares de ciclo precoce e semitardio/tardio, enquanto o de meados de novembro foi superior ao de meados de outubro nas de ciclo medio. O desempenho das cultivares dos tres ciclos em uma determinada epoca foi semelhante. A reducao media na semeadura de dezembro, em relacao a de novembro foi de: 17,3% nas precoces; 17/1% nas de ciclo medio; e 19,7% nas de ciclo semitardio/tardio. Comportamentos similares ocorreram quanto ao tamanho de graos, porte das plantas e altura de insercao dos legumes inferiores. Os resultados indicam que ha possibilidade de cultivo das atuais cultivares de ciclo precoce a partir de meados de outubro, e que as cultivares dos tres ciclos expressam potencial produtivo semelhante nas semeaduras de meados de dezembro. |
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Palavras-Chave: |
Cultivares; Yield. |
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Thesagro: |
Época de Semeadura; Glycine Max; Rendimento. |
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Thesaurus NAL: |
cultivars; planting date. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/92356/1/pab249-96.pdf
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Marc: |
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260 $c1998
520 $aCom o objetivo de avaliar o comportamento das cultivares de soja (Glycine max L. Merrill) recomendadas para o Rio Grande do Sul, em diferentes epocas, foram conduzidos tres experimentos, em semeaduras de meados de outubro, de novembro e de dezembro, em quatro locais, durante tres anos. Utilizou-se o delineamento em blocos ao acaso com parcelas divididas. O rendimento de graos das cultivares, na semeadura de meados de dezembro, foi inferior ao das demais epocas, nos tres ciclos. Os rendimentos obtidos nas semeaduras de meados de outubro e de novembro foram semelhantes no grupo de cultivares de ciclo precoce e semitardio/tardio, enquanto o de meados de novembro foi superior ao de meados de outubro nas de ciclo medio. O desempenho das cultivares dos tres ciclos em uma determinada epoca foi semelhante. A reducao media na semeadura de dezembro, em relacao a de novembro foi de: 17,3% nas precoces; 17/1% nas de ciclo medio; e 19,7% nas de ciclo semitardio/tardio. Comportamentos similares ocorreram quanto ao tamanho de graos, porte das plantas e altura de insercao dos legumes inferiores. Os resultados indicam que ha possibilidade de cultivo das atuais cultivares de ciclo precoce a partir de meados de outubro, e que as cultivares dos tres ciclos expressam potencial produtivo semelhante nas semeaduras de meados de dezembro.
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Registro original: |
Embrapa Trigo (CNPT) |
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