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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
08/03/2016 |
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Data da última atualização: |
10/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
YUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. |
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Afiliação: |
PRISCILA MARY YUYAMA, UEL; OSVALDO REIS JÚNIOR, UNICAMP; SUZANA TIEMI IVAMOTO, UEL/IAPAR; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR/UNESP; MARCELO FALSARELLA CARAZZOLLE, UNICAMP; GONÇALO AMARANTE GUIMARÃES PEREIRA, UNICAMP; PIERRE CHARMETANT, CIRAD; THIERRY LEROY, CIRAD; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
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Título: |
Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 1, p. 323-336. 2016 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Studies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthermore, this work will open new avenues for studies into specific genes and pathways in this species, especially related to fruit, and our data have potential value in assisted breeding applications. MenosStudies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthe... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Differentially expressed genes; Gene annotation; Homeologous; RNA-seq. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140757/1/Transcriptome-analysis-in-coffea.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 171 | |
| 121. |  | LANNES, S. D.; BOUCHET, S.; FERREIRA, L. P.; LEROY, T.; IVAMOTO, S. T.; MARRACINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G.; POT, D. Polimorfismos nucleotidicos de genes envolvidos nas características químicas do grão de café. Complementaridade das estratégias in silico e in vivo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 122. | | LANNES, S. D.; BOUCHET, S.; FERREIRA, L. P.; LEROY, T.; IVAMOTO, S. T.; MARRACCINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G.; POT, D. Polimorfismos nucleotpidicos de genes envolvidos nas características químicas do grão de café. Complementaridade das estratégias in silico e in vivo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007. Biotecnologia aplicada à cadeia agroindustrial do café.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 123. | | CHARMETANT, P.; PERTHUIS, B.; BEDIMO, J. M.; MANGA, A. M.; GUERRA, A. F.; BARTHOLO, G. F.; ROCHA, O. C.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. Adaptação de acessos de Coffea arabica provenientes de Camarões em várias condições edafoclimáticas. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Consórcio pesquisa café: oportunidades e novos desafios: anais. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 124. | | CHARMETANT, P.; PERTHUIS, B.; BEDIMO, J. M.; MANGA, A. M.; GUERRA, A. F.; BARTHOLO, G. F.; ROCHA, O. C.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. Adaptação de acessos de Coffea arabica provenientes de Camarões em várias condições edafoclimáticas. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Consórcio pesquisa café: oportunidades e novos desafios: anais. Brasília, DF: Embrapa Café, 2015. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 125. | | ALVES, G. S. C.; SARAIVA, M. A. P.; PEREIRA, L. F. P.; CAÇÃO, S. M. B.; SILVA, N. V.; DINIZ, L. E. C.; VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C. Construção de filtros de alta densidade a partir de uma biblioteca genômica de cromossomo artificial de bactéria de Coffea arábica L. In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 61.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 126. | | CACAO, S. M. B.; SILVA, N. V.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; DINIZ, L. E. C.; VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; ANDRADE, A. C.; CARPENTIERI PIPOLO, V.; PEREIRA, L. F. P. Construction and characterization of a BAC library from the Coffea arabica genotype Timor Hybrid CIFC 832/2. Genetica, v. 141, n. 1-3, p. 217-226, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 127. | | CACAO, S. M. B.; SILVA, N. V.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; DINIZ, L. E. C.; VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; ANDRADE, A. C.; CARPENTIERI PIPOLO, V. Construction and characterization of a BAC library from the Coffea arabica genotype Timor Hybrid CIFC 832/2. Genetica, v. 141, n. 1-3, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 128. | | BABA, V. Y.; POWEL, A. F.; PEREIRA, L. F. P.; VANZELA, A. L. L.; GIACOMIN, R. M.; STRICKLER, S. R.; MUELLER, L. A.; RODRIGUES, R.; GONÇALVES, L. S. A. Capsidiol-related genes are highly expressed in response to Colletotrichum scovillei during Capsicum annuum fruit development stages. Scientific Reports, v. 10, 12048, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 129. | | OLIVEIRA, F. F. de; TOMAZ, J. P.; SILVA, B. S. R. da; SANTOS, T. B. dos; IVAMOTO-SUZUKI, S. T.; SCHOLZE, M. B. dos S.; PEREIRA, L. F. P. Coffea arabica L. genes from isoprenoid metabolic pathways are more expressed in full sun cultivation systems than in agroforestry systems. Plant Gene, 26, 100287, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
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| 131. | | ANGELO, P. C. da S.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, A. G.; PONCE, T. P.; ARIYOSHI, C.; SHIGUEOKA, L. H.; ARANTES, T.; GASPARINI, A. K.; SERA, G. H.; PEREIRA, L. F. P.; CAIXETA, E. T. Could genes allocated to SH3 loci contribute to other resistance factors? In: ASIC CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 29., 2023, Hanoi, Vietnam. Books of abstracts... Montpellier: ASIC, 2023. p. 167. ASIC 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 132. | | IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, MARIA B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Plant Physiology and Biochemistry, v. 111, p. 340-347, Dec. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 135. | | SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S. Concentração de nutrientes minerais em acessos da Etiópia de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 137. | | IVAMOTO, S. T.; REIS JÚNIOR, O.; DOMINGUES, D. S.; SANTOS, T. B. dos; OLIVEIRA, F. F. de; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome Analysis of Leaves, Flowers and Fruits Perisperm of Coffea arabica L. Reveals the Differential Expression of Genes Involved in Raffinose Biosynthesis. PLOS ONE, January 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 138. | | SILVA, B. S. R. da; CAÇÃO, S. B.; FERREIRA, R. V.; SANTOS, M. A.; IVAMOTO, S. T.; SILVA, J. C.; ANDROCIOLI, L. G.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; CHARMETANT, P.; SERA, G.; PEREIRA, L. F. P. Validação de marcadores microssatélites e diversidade genética de genótipos de Coffea arabica provenientes da Etiópia. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 140. | | LEROY, T.; DE BELLIS, F.; LEGNATE, H.; KANANURA, E.; GONZALES, G.; PEREIRA, L. F. P.; ANDRADE, A. C.; CHARMETANT, P.; MONTAGNON, C.; CUBRY, P.; MARRACCINI, P.; POT, D.; KOCHKO, A. de. Improving the quality of African robustas: QTLs for yield- and quality-related traits in Coffea canephora. Tree Genetics & Genomes, v. 7, n. 4, p. 781-798, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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