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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
25/01/2011 |
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Data da última atualização: |
17/06/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. |
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Afiliação: |
L. C. NASCIMENTO, Universidade Estadual de Campinas; G. G. L. COSTA, Universidade Estadual de Campinas; L. MEYER, Universidade Estadual de Campinas; ELISEU BINNECK, CNPSO; F. RODRIGUES; F. R. KULCHESKI, UFRGS; R. MARGIS, UFRGS; E. A. KIDO, Universidade Federal de Pernambuco; FRANCISMAR CORREA MARCELINO, CNPSO; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; G. A. G. PEREIRA, Universidade Estadual de Campinas; M. F. CARAZZOLLE, Universidade Estadual de Campinas. |
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Título: |
A brazilian soybean database. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts book... Ouro Preto: AB3C, 2010. p. 120. X-Meeting 2010. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Soybean is a legume with large economic importance in the international market, with a world production of almost two hundred and ten million tons in the 2008/2009 harvest. Brazil appears as the second largest producer, with about twenty-five percent of the world production. In 2007, the Brazilian Soybean Genome Consortium (GENOSOJA) was established with the goal of integrating several institutions currently working with soybean genomics in Brazil. The project has an initiative to search for new treats to improve the soybean production process, emphasizing in stresses that affect the national production, like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian Rust disease. Among the objectives of GENOSOJA is the creation of a relational database, integrating the results achieved by different methodologies utilized in the project. In the GENOSOJA context, we created a brazilian soybean database, integrating: (1) public data consisting of genome and predicted genes from JGI, an assembly of 1,276,813 of NCBI ESTs from several cultivars and 4,712 full-length cDNA sequences from one japanese cultivar; and (2) private data consisting of (i ) three cDNA libraries explored by SuperSAGE methodology, resulting in 4,373,053 tags of 26 bp, (ii ) 22 cDNA subctrative libraries from several brazilian cultivars under different stresses and (iii ) several libraries of soybean microRNAs under eight conditions and size between 19 and 24 bp. All these data were sequenced using Solexa/Illumina sequencing technology. This database offers to the users some features, including keywords searches, statics comparisons, automatic annotation, gene ontology classification and gene expression of the genes under certain conditions. All data are storage in a Fedora Linux machine, running the MySQL database server. The web interface is based in a combination of CGI scripts using Perl language (including BioPerl module) and the Apache Web Server. MenosSoybean is a legume with large economic importance in the international market, with a world production of almost two hundred and ten million tons in the 2008/2009 harvest. Brazil appears as the second largest producer, with about twenty-five percent of the world production. In 2007, the Brazilian Soybean Genome Consortium (GENOSOJA) was established with the goal of integrating several institutions currently working with soybean genomics in Brazil. The project has an initiative to search for new treats to improve the soybean production process, emphasizing in stresses that affect the national production, like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian Rust disease. Among the objectives of GENOSOJA is the creation of a relational database, integrating the results achieved by different methodologies utilized in the project. In the GENOSOJA context, we created a brazilian soybean database, integrating: (1) public data consisting of genome and predicted genes from JGI, an assembly of 1,276,813 of NCBI ESTs from several cultivars and 4,712 full-length cDNA sequences from one japanese cultivar; and (2) private data consisting of (i ) three cDNA libraries explored by SuperSAGE methodology, resulting in 4,373,053 tags of 26 bp, (ii ) 22 cDNA subctrative libraries from several brazilian cultivars under different stresses and (iii ) several libraries of soybean microRNAs under eight conditions and size between 19 and 24 bp. All these data were sequenced using Solexa/Illum... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Soybean. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/36659/1/Xmeeting-Abstracts-2010.pdf
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Marc: |
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520 $aSoybean is a legume with large economic importance in the international market, with a world production of almost two hundred and ten million tons in the 2008/2009 harvest. Brazil appears as the second largest producer, with about twenty-five percent of the world production. In 2007, the Brazilian Soybean Genome Consortium (GENOSOJA) was established with the goal of integrating several institutions currently working with soybean genomics in Brazil. The project has an initiative to search for new treats to improve the soybean production process, emphasizing in stresses that affect the national production, like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian Rust disease. Among the objectives of GENOSOJA is the creation of a relational database, integrating the results achieved by different methodologies utilized in the project. In the GENOSOJA context, we created a brazilian soybean database, integrating: (1) public data consisting of genome and predicted genes from JGI, an assembly of 1,276,813 of NCBI ESTs from several cultivars and 4,712 full-length cDNA sequences from one japanese cultivar; and (2) private data consisting of (i ) three cDNA libraries explored by SuperSAGE methodology, resulting in 4,373,053 tags of 26 bp, (ii ) 22 cDNA subctrative libraries from several brazilian cultivars under different stresses and (iii ) several libraries of soybean microRNAs under eight conditions and size between 19 and 24 bp. All these data were sequenced using Solexa/Illumina sequencing technology. This database offers to the users some features, including keywords searches, statics comparisons, automatic annotation, gene ontology classification and gene expression of the genes under certain conditions. All data are storage in a Fedora Linux machine, running the MySQL database server. The web interface is based in a combination of CGI scripts using Perl language (including BioPerl module) and the Apache Web Server.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 68 | |
| 1. |  | PEREIRA, G. A.; MARCÍLIO, H. de C.; GASPAROTTO, L.; PETERS, V.; SANTOS, C. C. dos. Avaliação da bananeira cultivar BRS Conquista em Cáceres-MT. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 20.; ANNUAL MEETING OF THE INTERAMERICAN SOCIETY FOR TROPICAL HORTICULTURE, 54., 2008, Vitória. Frutas para todos: estratégias, tecnologias e visão sustentável. Vitória: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2008. 1 DVD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 2. | | LOURENÇO, R. T.; CUNHA, A. F.; TSUKUMO, F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Análise da composição e organização do genoma de Eucalyptus grandis com base em sequenciamento "shotgun" por amostragem ("sample sequencing"). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 7., 2002, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2002. p. 30.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 3. | | PEREIRA, G. A.; MIRANDA, A. R.; PADILHA, L. S.; MUNDIM, R. C.; ALVES, R. B. N. Conservação Ex situ de variedades tradicionais de milho indígena. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 5., 2000, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2000. p. 60.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | LOURENÇO, R. T.; PAPPAS, G. J.; CUNHA, A. F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Estrutura genômica de três megabases de dna genômico "shotgun" de eucalyptus: conteúdo nucleotídico, seouências repetitivas e genes. ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 74| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | ANDRADE, A. C.; VIEIRA, L. G. E.; COLOMBO, C. A.; PEREIRA, G. A. G. Coffee functional genomics in Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 8. | | ANDRADE, A. C.; VIEIRA, L. G. E.; COLOMBO, C. A.; PEREIRA, G. A. G. Coffee functional genomics in Brazil. INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 9. | | MARCÍLIO, H. C.; PEREIRA, G. A.; SOUZA, N. S.; SANTOS, C. C.; GASPAROTTO, L. Reação de nove cultivares de bananeiras à sigatoka-negra, em Rosário Oeste-MT. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 19., 2006, Cabo Frio. Frutas do Brasil: saúde para o mundo: palestras e resumos. Cabo Frio : SBF; UENF; UFRRJ, 2006. p. 232.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 10. | | BATISTA, A. R. S.; LOURENÇO, R. T.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Novos microssatélltes para eucalyptus a partir de clones "shotgun". ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 79| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | ALMEIDA, V. M. de; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; SANTAELLA, M. B.; PEREIRA, G. A.; PEREZ VILLAR, M. L. Avaliação do escurecimento de grãos de linhagens de feijoeiro-comum, no Estado de Mato Grosso. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 11., 2014, Londrina. Tecnologias para a sustentabilidade da cultura do feijão: anais. Londrina: IAPAR, 2014. CONAFE| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 13. | | FERRARI, S.; FURLANI JUNIOR, E.; ROSA, C. E.; PEREIRA, G. A.; LUQUES, A. P. P.; FERRARI, J. V.; ALVES, E. Espécies de plantas de cobertura e doses de N em pré-semeadura sobre a física do solo e desenvolvimento de algodoeiro cultivado no Cerrado. IN: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 8.; COTTON EXPO, 1., 2011, São Paulo. Evolução da cadeia para construção de um setor forte: Anais. Campina Grande, PB: Embrapa Algodão, 2011. p.689-694| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 14. | | NASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA Project: databases and pipelines. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 203-211, May 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 15. | | IVAMOTO, S. T.; REIS JUNIOR, O.; SAKURAY, L. M.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in leaves, flowers and initial fruit development of Coffea arabica L. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE INTERNATIONAL, 23., 2015, San Diego, CA. Poster..., 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 16. | | VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P. Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 17. | | PERAZZO, A. F.; CARVALHO, G. G. P.; SANTOS, E. M.; BEZERRA, H. F. C.; SILVA, T. C.; PEREIRA, G. A.; RAMOS, R. C. S.; RODRIGUES, J. A. S. Agronomic evaluation of sorghum hybrids for silage production cultivated in semiarid conditions. Frontiers in Plant Science, v. 8. p. 1-8, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 18. | | SALAZAR, M. S.; CAMARGO, E. L. O.; DECKMANN, A. C.; CARAZZOLLE, M. F.; LEPIKSON NETO, J.; MEDRANO, F. J.; GRATTAPAGLIA, D.; PEREIRA, G. A. G. Análise do genoma de espécies de eucalipto visando a identificação de genes/metabolismos chave para o incremento da sua produtividade para orientar o seu melhoramento. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 240. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 19. | | FERRARI, S.; FURLANI JUNIOR, E.; FERRARI, J. V.; SANTOS, D. M. A. dos; PEREIRA, G. A.; ROSA, C. E.; SOUZA, W. J. O. de. Análise química do solo e produtividade do algodoeiro em resposta a doses de nitrogênio e plantas de cobertura no período de inverno. IN: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 8.; COTTON EXPO, 1., 2011, São Paulo. Evolução da cadeia para construção de um setor forte: Anais. Campina Grande, PB: Embrapa Algodão, 2011. p.593-598| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 20. | | AGUIAR, A. C. de; PEREIRA, G. A.; RIBEIRO, C. S. da C.; EBERLIN, M. N.; SOARES, L. P.; RUIZ, A. L. T. G.; PASTORE, G. M.; MARTINEZ, J. Capsicum chinense var. BRS Moema: chemical characterization by HPLC-ESI-MS/MS and antiproliferative screening. Food & Function, v. 14, 2023. e6432.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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