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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
18/06/2013 |
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Data da última atualização: |
08/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. O. de; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. C. de; AZEVEDO, V. C. R.; BRASILEIRO, A. C. M.; AMORIM, E. P.; FERREIRA, C. F.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; SILVA JUNIOR, O. B. da; MILLER, R. T N. G. |
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Afiliação: |
MARCO A N PASSOS, UNB; VIVIANE OLIVEIRA DE CRUZ, UNB; FLAVIA L EMEDIATO, UNB; CRISTIANE CAMARGO DE TEIXEIRA, UCB; VANIA CRISTINA RENNO AZEVEDO, CENARGEN; ANA CRISTINA MIRANDA BRASILEIRO, CENARGEN; EDSON PERITO AMORIM, CNPMF; CLAUDIA FORTES FERREIRA, CNPMF; NATALIA FLORENCIO MARTINS, CENARGEN; ROBERTO COITI TOGAWA, CENARGEN; GEORGIOS J PAPPAS JÚNIOR, UNB; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, CENARGEN; ROBERT N. G. MILLER, UNB. |
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Título: |
Analysis of the leaf transcriptome of Musa acuminata during interaction with Mycosphaerella musicola: gene assembly, annotation and marker development. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v.14, n.78, 2013. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Although banana (Musa sp.) is an important edible crop, contributing towards poverty alleviation and food security, limited transcriptome datasets are available for use in accelerated molecular-based breeding in this genus. 454 GS-FLX Titanium technology was employed to determine the sequence of gene transcripts in genotypes of Musa acuminata ssp. burmannicoides Calcutta 4 and M. acuminata subgroup Cavendish cv. Grande Naine, contrasting in resistance to the fungal pathogen Mycosphaerella musicola, causal organism of Sigatoka leaf spot disease. To enrich for transcripts under biotic stress responses, full length-enriched cDNA libraries were prepared from whole plant leaf materials, both uninfected and artificially challenged with pathogen conidiospores. Results: The study generated 846,762 high quality sequence reads, with an average length of 334 bp and totaling 283 Mbp. De novo assembly generated 36,384 and 35,269 unigene sequences for M. acuminata Calcutta 4 and Cavendish Grande Naine, respectively. A total of 64.4% of the unigenes were annotated through Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) similarity analyses against public databases. Assembled sequences were functionally mapped to Gene Ontology (GO) terms, with unigene functions covering a diverse range of molecular functions, biological processes and cellular components. Genes from a number of defense-related pathways were observed in transcripts from each cDNA library. Over 99% of contig unigenes mapped to exon regions in the reference M. acuminata DH Pahang whole genome sequence. A total of 4068 genic-SSR loci were identified in Calcutta 4 and 4095 in Cavendish Grande Naine. A subset of 95 potential defense-related gene-derived simple sequence repeat (SSR) loci were validated for specific amplification and polymorphism across M. acuminata accessions. Fourteen loci were polymorphic, with alleles per polymorphic locus ranging from 3 to 8 and polymorphism information content ranging from 0.34 to 0.82. Conclusions: A large set of unigenes were characterized in this study for both M. acuminata Calcutta 4 and Cavendish Grande Naine, increasing the number of public domain Musa ESTs. This transcriptome is an invaluable resource for furthering our understanding of biological processes elicited during biotic stresses in Musa. Gene-based markers will facilitate molecular breeding strategies, forming the basis of genetic linkage mapping and analysis of quantitative trait loci. MenosBackground: Although banana (Musa sp.) is an important edible crop, contributing towards poverty alleviation and food security, limited transcriptome datasets are available for use in accelerated molecular-based breeding in this genus. 454 GS-FLX Titanium technology was employed to determine the sequence of gene transcripts in genotypes of Musa acuminata ssp. burmannicoides Calcutta 4 and M. acuminata subgroup Cavendish cv. Grande Naine, contrasting in resistance to the fungal pathogen Mycosphaerella musicola, causal organism of Sigatoka leaf spot disease. To enrich for transcripts under biotic stress responses, full length-enriched cDNA libraries were prepared from whole plant leaf materials, both uninfected and artificially challenged with pathogen conidiospores. Results: The study generated 846,762 high quality sequence reads, with an average length of 334 bp and totaling 283 Mbp. De novo assembly generated 36,384 and 35,269 unigene sequences for M. acuminata Calcutta 4 and Cavendish Grande Naine, respectively. A total of 64.4% of the unigenes were annotated through Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) similarity analyses against public databases. Assembled sequences were functionally mapped to Gene Ontology (GO) terms, with unigene functions covering a diverse range of molecular functions, biological processes and cellular components. Genes from a number of defense-related pathways were observed in transcripts from each cDNA library. Over 99% of contig unigenes mapp... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Banana; Fungo; Musa Acuminata; Mycosphaerella Musicola. |
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Thesaurus Nal: |
Microsatellite repeats; Transcriptome. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/156239/1/1471-2164-14-78.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| Registros recuperados : 55 | |
| 2. |  | DANTAS, B. F.; PASSOS, M. A. A.; RODRIGUES, R. G. Rede de Sementes Florestais da Caatinga: histórico, ações e perspectivas. Informativo ABRATES, Brasília, DF, v. 24, n. 3, p. 80-83, dez. 2014. Edição das Palestras do V Workshop de Tecnologia e Fisiologia de Sementes e Mudas, Petrolina, dez. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 3. | | DUARTE, O. R.; PASSOS, M. A. B.; GAMA NETO, J. de L. Distribuição geográfica do Tucumã (Astrocaryum tucuma martius) no Estado de Roraima. In: CONGRESSO DA REDE BRASILEIRA DE TECNOLOGIA DE BIODIESEL, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 7., 2010, Belo Horizonte. Biodiesel: inovação tecnológica e qualidade: anais: trabalhos científicos. Lavras: UFLA, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 4. | | PASSOS, M. DA S. C.; SOARES, T. L.; JESUS, O. N. de. Viabilidade polínica e polinização in vivo em cinco espécies de Passiflora. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 8., 2014, Cruz das Almas, Ba. Pesquisa: despertando mentes para a inovação e transformando o futuro: [anais]. Cruz das Almas, BA, Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 6. | | DUARTE, O. R.; PASSOS, M. A. B.; GAMA NETO, J. de L. Ocorrência e distribuição geográfica de babaçu (orbignya phalerata martius) em Roraima. In: CONGRESSO DA REDE BRASILEIRA DE TECNOLOGIA DE BIODIESEL, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 7., 2010, Belo Horizonte. Biodiesel: inovação tecnológica e qualidade: anais: trabalhos científicos. Lavras: UFLA, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 7. | | DUARTE, O. R.; PASSOS, M. A. B.; GAMA NETO, J. de L. Ocorrência e distribuição geográfica de Inajá (Maximiliana maripa aublet drude) no Estado de Roraima. In: CONGRESSO DA REDE BRASILEIRA DE TECNOLOGIA DE BIODIESEL, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 7., 2010, Belo Horizonte. Biodiesel: inovação tecnológica e qualidade: anais: trabalhos científicos. Lavras: UFLA, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 9. | | EMEDIATO, F. L.; PASSOS, M. A. N.; TEIXEIRA, C. de C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; MILLER, R. N. G. Análise de expressão de genes análogos de resistência em musa acuminata durante as interações compatíveis e incompatíveis com Mycosphaerella musicola. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 45., 2012, Manaus. Fito 2012. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 37, 2012. Suplemento. Resumo 708. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | SILVA, M. R. da; DUARTE, O. R.; PASSOS, M. A. B.; CARVALHO, A. dos S.; VALE, H. S. do. Distribuição geográfica de patauá (oenocarpus bataua mart.) Em Roraima. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 13. | | VALE, H. S. do; DUARTE, O. R.; CARVALHO, A. dos S.; SILVA, M. R. da; PASSOS, M. A. B. Floração e frutificação do tachi (melicoccus bijugatus jacq.) Em Boa Vista, Roraima. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 14. | | DRUMOND, M. A.; BARROS, N. F. de; RODRIGUES, B. S. A.; FONTE, A. J. C. da; PASSOS, M. A. A. Efeito dos niveis de fosforo sobre o desenvolvimento do Eucalyptus urophylla na regiao de Itaporange, SE. In: CONGRESSO FLORESTAL PANAMERICANO, 1.; CONGRESSO FLORESTAL BRASILEIRO, 7., 1993, Curitiba. Anais... Curitiba: SBS: SBEF, 1993. v. 1, p. 243-244.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 16. | | CARVALHO, A. dos S.; DUARTE, O. R.; VALE, H. S. do; SILVA, M. R. da; PASSOS, M. A. B. Ocorrência e distribuição geográfica de myrciaria floribunda em Roraima. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 18. | | RIBEIRO, F. C.; OLIVEIRA, A. D. de; MALAQUIAS, J. V.; SOARES, J. P. G.; GATTO, A.; PASSOS, M. C. dos. Nitrato e Amônio em latossolo sob eucalipto e vegetação de Cerrado. In: CONGRESO LATINOAMERICANO DE LA CIENCIA DEL SUELO, 20.; CONGRESO PERUANO DE LA CIENCIA DEL SUELO, 16., 2014, Cusco. Educar para preservar el suelo y conservar la vida en la tierra. Cusco: Centro de Convenciones de la Municipalidad del Cusco, 2014. 1 Pendrive.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 19. | | AMARIZ, A.; LIMA, M. A. C. de; BORGES, R. M. E.; BELÉM, S. F.; PASSOS, M. C. L. M. S.; TRINDADE, D. C. G. da; RIBEIRO, T. P. Caracterização da qualidade comercial e teor de carotenóides em acessos de abóbora. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 27, n. 2, p. S541-S547, ago. 2009. 1 CD-ROM. Suplemento. Edição dos Trabalhos do 49 Congresso Brasileiro de Olericultura, Águas de Lindóia, ago. 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 20. | | EMEDIATO, F. L.; PASSOS, M. A. N.; NUNES, F. A. C.; TEIXEIRA, C. C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; MILLER, R. N. G. Caracterização de genes análogos de resistência em cultivares de Musa acuminata contrastantes em resistência à estresses bióticos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 22.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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