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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
19/12/2013 |
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Data da última atualização: |
04/04/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
PAPPAS, M. de C. R. |
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Afiliação: |
MARÍLIA DE CASTRO RODRIGUES PAPPAS. |
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Título: |
Descoberta e análise da variabilidade interespecífica de pequenos RNAs via sequenciamento de nova geração em Eucalyptus. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
2013 |
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Páginas: |
138 f. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Biologia Celular) - Instituto de Ciências Biológicas, Universidade de Brasília, Brasília, DF. Orientador: Dario Grattapaglia. |
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Conteúdo: |
Ha pouco mais de uma decada foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs - miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos com desenvolvimento, estes reguladores já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento cientifico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado o sequenciamento em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero - E. grandis e E. glabulus. Com o objetivo de otimizar 0o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de falha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZl, usada para a geração do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra 0 genoma de E. grandis. A caracterização in silica das sequências obtidas com o sequenciamento obedeceu a uma sequência de passos que, basicamente, se iniciou pela busca, por similaridade de sequência, visando a identificação de sequências de miRNAs de famílias conservadas em outras espécies e já descritas anteriormente. Em seguida, a identificação de potenciais novos miRNAs obedeceu a uma sequência de critérios já descritos. As sequências de pequenos RNAs derivadas do sequenciamento em larga escala foram mapeadas fisicamente no genoma identificando assim os potenciais locos dos genes MIR e permitindo a validação in silica pela análise da estrutura secundaria compatível com os parâmetros de precursores, satisfazendo a primeira premissa para a validação de um novo miRNA. Os números totais obtidos mostram claramente a cautela que deve existir na analise de dados de sequenciamento de pequenos RNAs. Dentre os grandes números obtidos, parte é representada por contaminantes como RNA ribossômico e de cloroplasto. Dentre os pequenos RNAs regulatórios, diferentes classes e subclasses estão representadas e os critérios para declarar uma sequência de pequeno RNA como um miRNA devem ser cuidadosamente observados. A validação experimental das sequências de potenciais novos miRNAs foi, inicialmente, realizada via northern blot de algumas das sequências mais expressas em cada uma das amostras sequenciadas. Uma validação em larga escala foi realizada em seguida utilizando um microarranjo contendo milhares das sequências putativas de miRNAs descobertas no sequenciamento. Além da análise interespecífica, foram utilizadas amostras de tecidos distintos - folha, xilema, ovário e plântulas - visando uma análise da variabilidade de expressão entre tecidos. A predição de alvos para os candidatos a novos miRNAs foi realizada in silica. Foi realizada uma busca por sequências que apresentem complementariedade as sequências dos miRNAs utilizando o banco de transcritos de Eucalyptus disponível publicamente no site que hospeda os genomas sequenciados pelo JGI (phytozome.net). A análise dos dados de sequenciamento em larga escala revelou aspectos interessantes do repertório de pequenos RNAs. Sequências de 21 nucleotídeos altamente expressas nas amostras sequenciadas foram caracterizadas como pequenos RNAs interferentes (siRNAs) secundários, ou trans-acting siRNAs (tasi-RNAs), sintetizados em fase a partir da clivagem de transcritos alvo por miRNAs. A identificação de alvos desses tasiRNAs revelou um mecanismo conservado de regulação da expressão de genes envolvidos na defesa contra patógenos, notadamente, os da família caracterizada pelos domínios protéicos NBS-LRR (NB-ARC - leucine rich repeat), e de genes da família PPR (pentatricopeptide repeat). MenosHa pouco mais de uma decada foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs - miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos com desenvolvimento, estes reguladores já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento cientifico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado o sequenciamento em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero - E. grandis e E. glabulus. Com o objetivo de otimizar 0o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de falha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZl, usada para a geração do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra 0 genoma de E. grandis. 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Eucalyptus Grandis. |
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Categoria do assunto: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| Registros recuperados : 43 | |
| 9. |  | ROSADO-LAVIOLA, T. B.; LAVIOLA, B. G.; GRATTAPAGLIA, D.; BHERING, L. L.; QUIRINO, B. F.; PAPPAS, M. de C. R. Caracterização molecular de acessos de pinhão manso do banco de germoplasma da Embrapa Agroenergia. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 6., 2009, Montes Claros, MG. Biodiesel: inovação tecnológica – anais. Lavras: UFLA, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 11. | | ROSADO-LAVIOLA, T. B.; LAVIOLA, B. G.; BHERING, L. L.; PAPPAS, M. de C. R.; QUIRINO, B. F.; GRATTAPAGLIA, D. Diversidade genética no banco de germoplasma de pinhão manso por marcadores RAPD e SSR. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISA EM PINHÃO MANSO, 1., 2009, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia; São Paulo: ABPPM, 2009. Editores: Bruno Galveas Laviola, Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Júlio César Albrecht.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 12. | | FARIA, D. A. de; CORREIA, L. Q.; PAPPAS, M. de C. R.; PEREIRA, R. W.; GRATTAPAGLIA, D. Variabilidade e estruturação genética em populações naturais e clones elite de Eucalyptus. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia: Fundação de Apoio à Pesquisa Científica e Tecnológica - FUNCREDI, 2008. p.258.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | PAIVA, D. A. de F.; CALDAS, M.; PAPPAS, M. de C. R.; PEREIRA, R. W.; GRATTAPAGLIA, D. Variabilidade haplotípica no genoma do cloroplasto e sua utilização para a caracterização de populações e clones de Eucalyptus. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia: Fundação de Apoio à Pesquisa Científica e Tecnológica - FUNCREDI, 2008. p.268.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 14. | | FARIA, D. A. de; MAMANI, E. M. C.; PAPPAS, M. de C. R.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; GRATTAPAGLIA, D. A selected set of est-derived microsatellites, polymorphic and transferable across 6 species of eucalyptus. Journal of Heredity, v.101, n. 4, p. 512-520, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. | | FARIA, D. A.; PEREIRA, R. W.; PAPPAS, M. de C. R.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; GRATTAPAGLIA, D. Patterns of linkage disequilibrium and tag SNPS in key lignin genes of six eucalyptus species and a group of elite hybrid clones. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOMES CONFERENCE, 17., 2009, San Diego, CA. [Proceedings...]. [S. l.: s.n.], 2009. P452| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | CARES, A. C.; MATA, L. R. da; BUSO, G. S. C.; AMARAL, Z. P. de S.; PADUA, J. G.; AZEVEDO, V. C. R.; PAPPAS, M. de C. R. Banco de DNA de plantas da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia: conservação de material genético e documentação. Revista RG News, v. 4, n. 3, p. 499, 2018. Edição especial com os Anais do V Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos. Na publicação: Gláucia Buso, Vânia C. R. de Azevedo, Marília C. R. Pappas.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 18. | | MARTINS, A. M.; SILVA JUNIOR, O. B. da; NOVAES, E.; PAPPAS, M. de C. R.; FARIA, D. A. de; SCHMUTZ, J.; GRATTAPAGLIA, D.; PAPPAS JUNIOR, G. J. Allelic BAC sequencing in the highly heterozygous Eucalyptus genome reveals microcollinearity with variable patterns of haplotype diversity due to the movement of transposons. In: IUFRO TREE BIOTECHNOLOGY CONFERENCE, 2009, Whislter. Abstracts. [S.l.]: IUFRO, 2009. p. 51| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 19. | | MARTINS, K.; THOMAS, E.; WADT, L. H. de O.; CORVERA-COMRINGER, R. C.; PAPPAS, M. de C. R.; GUEDES, M. C.; COSTA, P. da. Conservação genética e sua importância. In: WADT, L. H. de O.; MAROCCOLO, J. F.; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da (ed.). Castanha-da-amazônia: estudos sobre a espécie e sua cadeia de valor. Brasília, DF: Embrapa, 2023. cap. 1, p. 17-34. V. 4: Melhoramento genético e cultivo. ODS 2, ODS 3, ODS 8, ODS 11, ODS 12, ODS 13, ODS 17.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Rondônia. |
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| 20. | | ROSADO, T. B.; LAVIOLA, B. G.; GRATTAPAGLIA, D.; BHERING, L. L.; QUIRINO, B. F.; PAPPAS, M. de C. R.; FARIA, D. A. de. Diversidade genética entre acessos de pinhão manso por meio de marcadores RAPD e microssatélites. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Vitória. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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