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Biblioteca(s):  Embrapa Agrobiologia.
Data corrente:  07/02/2024
Data da última atualização:  07/02/2024
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  SILVA, H. A. da; PESSÔA, D. D. V.; MENESES, C. H. G. de; CAETANTO, V. S.; PACHECO, R. S.; ARAUJO, J. L. S. de.
Afiliação:  HELDER ANDERSON DA SILVA, UFRJ; DANIELLA DUARTE VILLARINHO PESSÔA, UFRJ; CARLOS HENRIQUE GADELHA DE MENESES, UFPB; VANESSA SANTANA CAETANO, UFRJ; RAFAEL SANCHES PACHECO, UFRRJ; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB.
Título:  Unraveling the drought-responsive transcriptomes in nodules of two common bean genotypes during biological nitrogen fixation.
Ano de publicação:  2024
Fonte/Imprenta:  Frontiers in Plant Science, v. 15, 134539, jan. 2024. Sec. Plant Symbiotic Interactions
ISSN:  1664-462X
DOI:  https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1345379
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  ommon bean (Phaseolus vulgaris) can efficiently fix atmospheric nitrogen when associated with Rhizobia. However, drought stress impairs plant metabolic processes, especially the biological nitrogen fixation (BNF). Here, we assessed transcriptional responses in nodules of two common bean genotypes to drought stress under BNF reliance. The RNA-Seq analysis yielded a total of 81,489,262 and 72,497,478 high quality reads for Negro Argel and BAT 477 genotypes, respectively. The reads were mapped to the Phaseolus vulgaris reference genome and expression analysis identified 145 and 1451 differentially expressed genes (DEGs) for Negro Argel and BAT 477 genotypes, respectively. Although BAT 477 had more DEGs, both genotypes shared certain drought-responsive genes, including an up-regulated heat shock protein (HSP) and a down-regulated peroxidase, indicating shared pathways activated during drought in nodule tissue. Functional analysis using MapMan software highlighted the up-regulation of genes involved in abiotic stress responses, such as HSPs and specific transcription factors (TFs), in both genotypes. There was a significant down-regulation in metabolic pathways related to antioxidant protection, hormone signaling, metabolism, and transcriptional regulation. To validate these findings, we conducted RT-qPCR experiments for ten DEGs in nodules from both genotypes, for which the expression profile was confirmed, thus reinforcing their functional relevance in the nodule responses to d... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Nodule; Plant-Bacteria Association; Transcriptome analysis.
Categoria do assunto:  S Ciências Biológicas
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agrobiologia (CNPAB)
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CNPAB42231 - 1UPCAP - DD
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1.Imagem marcado/desmarcadoCRUM, T. E.; SCHNABEL, R. D.; DECKER, J. E.; REGITANO, L. C. de A.; TAYLOR, J. F. CRUMBLER: a tool for the prediction of ancestry in cattle. Plos One, v. 14, n. 8, e0221471, 2019.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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2.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; THALLMAN, R. M.; CONNOR, E. E.; SCHNABEL, R. D.; TASSELL, C. P. V. Characterization of DGAT1 Allelic effects in a sample of north american holstein cattle. Animal Biotechnology, v. 21, p. 88-99, 2010.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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3.Imagem marcado/desmarcadoNOGUEIRA, E.; TIRPÁK, F.; HAMILTON, L.; ZIGO, M.; KERNS, K.; SUTOVSKY, M.; KIM, J.; VOLKMANN, D.; JOVINE, L.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; SUTOVSKY, P. A Non-synonymous point mutation in a WD-40 domain repeat of EML5 leads to decreased bovine sperm quality and fertility. Frontiers in Cell and Developmental Biology, v. 10, 872740, Apr. 2022.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Pantanal.
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4.Imagem marcado/desmarcadoBEHURA, S. K.; TIZIOTO, P. C.; KIM, J.; GRUPIONI, N. V.; SEABURY, C. M.; SCHNABEL, R. D.; GERSHWIN, L. J.; VAN EEnenNAAM, A. L.; TOAF-FROSENSTEIN, R.; NEIBERGS, H. L.; REGITANO, L. C. de A.; TAYLOR, J. F. Tissue tropism in host transcriptional response to members of the bovine respiratory disease complex. Scientific Reports, v.7, n. 17938, p. 1-15, 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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5.Imagem marcado/desmarcadoTIZIOTO, P.; COUTINHO, L. L.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; ROSA, C. O.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOUZA, M. M.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; ZERLOTINI NETO, A.; MUDADU, M. A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. A. Global liver gene expression differences in Nelore steers with divergent residual feed intake phenotypes. BMC Genomics, London, v. 16, p. 1-14, 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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6.Imagem marcado/desmarcadoTIZIOTO, P.; COUTINHO, L. L.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; ROSA, K. O.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOUZA, M. M.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; ZERLOTINI NETO, A.; MUDADU, M. de A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Global liver gene expression differences in Nelore steers with divergent residual feed intake phenotypes. BMC Genomics, v. 16, n. 242, 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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7.Imagem marcado/desmarcadoTIZIOTO, P. L.; COUTINHO, L. L.; OLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; LIMA, A. O.; ROCHA, M. I.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; ZERLOTINI NETO, A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Gene expression differences in Longissimus muscle of Nelore steers genetically divergent for residual feed intake. Scientific Reports, v. 6, p. 1-12, 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste.
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8.Imagem marcado/desmarcadoTIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; DECKER, J. E.; GROMBONI, C. F.; MUDADU, M. de A.; SCHNABEL, R. D.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; NASSU, R. T.; DONATONI, F. A. B.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; REECY, J. M.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A. Effects of quantitative trait loci on iron content of bovine longissimus dorsi muscle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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9.Imagem marcado/desmarcadoDECKER, J. E.; MCKAY, S. D.; ROLF, M. M.; ALCALA, A. M.; SONSTEGARD, T. S.; HANOTTE, O.; GOTHERSTROM, A.; SEABURY, C. M.; PRAHARANI, L.; BABAR, M. E.; REGITANO, L. C. de A.; YILDIZ, M. A.; HEATON, M. P.; LIU, W. S.; LEI, C. Z.; REECY, J. M.; SAIF-UR-REHMAN, M.; SCHNABEL, R. D.; TAYLOR, J. F. Worldwide patterns of ancestry, divergence, and admixture in domesticated cattle. Plos Genetics, v. 10, n. 3, e1004254, 2014. 14 p.
Tipo: Artigo em Periódico Indexado
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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10.Imagem marcado/desmarcadoTIZIOTO, P. C.; DECKER, J. E.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. de A.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R. de; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A. Genome scan for meat quality traits in Nelore beef cattle. Physiological genomics, v. 45, n. 21, p. 1012-1020, 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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11.Imagem marcado/desmarcadoTIZIOTO, P. C.; DECKER, J. E.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. de A.; SILVA, F. L.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R. de; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; TORRES, R. A.; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A. Genome scan for meat quality traits in Nelore beef cattle. Physiological Genomics, v. 45, n. 21, p. 1012-1020, September 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte.
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12.Imagem marcado/desmarcadoTIZIOTO, P. C.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. de A.; SILVA, F. L.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO. L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R.; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Genome scan revealed new pathways related to meat tenderness in Nelore beef cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.08.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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13.Imagem marcado/desmarcadoTIZIOTO, P. L.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. A.; SILVA, F. L.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ROSA, A. N.; ALENCAR, M. M.; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R.; NASSU, R. T.; FEIJÓ, G. L. D.; SILVA, L. O. C.; TORRES, R. A.; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Genome scan revealed new pathways related to meat tenderness in Nelore beef cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 15. ISAFG 2013. AB.08.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte.
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14.Imagem marcado/desmarcadoTIZIOTO, P. L.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. A.; SILVA, F. L.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ROSA, A. N.; ALENCAR, M. M.; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R.; NASSU, R. T.; FEIJÓ, G. L. D.; SILVA, L. O. C.; TORRES, R. A.; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Genome scan revealed new pathways related to meat tenderness in Nelore beef cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 15. ISAFG 2013. AB.08.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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15.Imagem marcado/desmarcadoDECKER, J. E.; PIRES, J. C.; CONANT, G. C.; MCKAY, S. D.; HEATON, M. P.; VILKKI, J.; CHEN, K.; COOPER, A.; SEABURY, C. M.; CAETANO, A. R.; JOHNSON, G. S.; BRENNEMAN, R. A.; HANOTTE, O.; COUTINHO, L. L.; BABAR, M. E.; EGGERT, L. S.; WIENER, P.; KIM, J.-J.; KIM, K. S.; SONSTEGARD, T. S.; TASSELL, C. P. van; NEIBERGS, H. L.; SCHNABEL, R. D.; TAYLOR, J. F. Divergence times and signatures of selection from phylogenomic analysis of Pecoran species. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOMES CONFERENCE, 17., 2009, San Diego, CA. [Proceedings...]. [S. l.: s.n.], 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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16.Imagem marcado/desmarcadoTIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; DECKER, J. E.; GROMBONI, C. F.; MUDADU, M. de A.; SCHNABEL, R. D.; COUTINHO, L. L.; MOURAO, G. B.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M.; REECY, J. M.; NASSU, R. T.; DONATONI, F. A. B.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A. Detection of quantitative trait loci for mineral content of Nelore longissimus dorsi muscle. Genetics Selection Evolution, v. 47, n. 15, 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.
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17.Imagem marcado/desmarcadoMCCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. A.; SOUZA, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; MACHADO, M. A.; SIMPSON, B.; MCEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; MARQUES, E.; TASSELL, C. P. V. Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple bos taurus and bos indicus breeds. In: ANNUAL INTERNATIONAL PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 21., 2013, San Diego. Abstracts... San Diego: [s.n.], 2013.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.
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18.Imagem marcado/desmarcadoMcCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G. R.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. de A.; ALBUQUERQUE, M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; SIMPSON, B.; MARQUES, E.; McEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; WILLIAMS, R.; TASSELL, C. P. V. Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple Bos taurus and Bos indicus breeds. Frontiers in Genetics, v. 4, n. 176, 2013. 11 p.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste.
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19.Imagem marcado/desmarcadoDECKER, J. E.; PIRES, J. C.; CONANT, G. C.; MCKAY, S. D.; HEATON, M. P.; CHEN, K.; COOPER, A.; VIKKI, J.; SEABURY, C. M.; CAETANO, A. R.; JOHNSON, G. D.; BRENNEMAN, R. A.; HANOTTE, O.; EGGERT, L. S.; WIENER, P.; KIM, J.-J.; KIM, K. S.; SONSTEGARD, T. S.; TASSELL, C. P. V.; NEIBERGS, H. L.; MCEWAN, J. C.; BRAUNING, R.; COUTINHO, L. L.; BABAR, M. E.; WILSON, G. A.; MCCLURE, M. C.; ROLF, M. M.; KIM, J. W.; SCHNABEL, R. D.; TAYLOR, J. F. Resolving the evolution of extant and extinct ruminants with hith-throughput phylogenomics. Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 106, n. 44, p. 18644-18649, 2009
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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20.Imagem marcado/desmarcadoGIBBS, R. A.; TAYLOR, J. F.; VAN TASSELL, C. P.; BARENDSE, W.; EVERSOLE, K. A.; GILL, C. A.; GREEN, R. D.; HAMERNIK, D. L.; KAPPES, S. M.; LIEN, S.; MATUKUMALLI, L. K.; MCEWAN, J. C.; NAZARETH, L. V.; SCHNABEL, R. D.; WEINSTOCK, G. M.; WHEELER, D. A.; AJMONE-MARSAN, P.; BOETTCHER, P. J.; CAETANO, A. R.; GARCIA, J. F.; HANOTTE, O.; MARIANI, P.; SKOW, L. C.; SONSTEGARD, T. S.; WILLIAMS, J. L.; DIALLO, B.; HAILEMARIAM, L.; MARTINEZ, M. L.; MORRIS, C. A.; SILVA, L. O. C. da; SPELMAN, R. J.; MULATU, W.; ZHAO, K.; ABBEY, C. A.; AGABA, M.; ARAUJO, F. R.; BUNCH, R. J.; BURTON, J.; GORNI, C.; OLIVIER, H.; HARRISON, B. E.; LUFF, B.; MACHADO, M. A.; MWAKAYA, J.; PLASTOW, G.; SIM, W.; SMITH, T.; THOMAZ, M. B.; VALENTINI, A.; WILLIAMS, P.; WOMACK, J.; WOOLLIAMS, J. A.; LIU, Y.; QIN, X.; WORLEY, K. C.; GAO, C.; JIANG, H.; MOORE, S. S.; REN, Y.; SONG, X.-Z.; BUSTAMANTE, C. D.; HERNANDEZ, R. D.; MUZNY, D. M.; PATIL, S.; SAN LUCAS, A.; FU, Q.; KENT, M. P.; VEGA, R.; MATUKUMALLI, A.; MCWILLIAM, S.; SCLEP, G.; BRYC, K.; CHOI, J.; GAO, H.; GREFENSTETTE, J. J.; MURDOCH, B.; STELLA, A.; VILLA-ANGULO, R.; WRIGHT, M.; AERTS, J.; JANN, O.; NEGRINI, R.; GODDARD, M. E.; HAYES, B. J.; BRADLEY, D. G.; SILVA, M. V. G. B.; LAU, L. P. L.; LIU, G. E.; LYNN, D. J.; PANZITTA, F.; DODDS, K. G. Genome-wide survey of SNP variation uncovers the genetic structure of cattle breeds. Science, v. 324, n. 5926, p. 528-532, 2009.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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