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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
09/11/2021 |
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Data da última atualização: |
09/11/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOARES, I. C.; PACHECO, R. S.; SILVA, C. G. N. da; SANTOS, R. S.; BALDANI, J. I.; URQUIAGA, S.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de. |
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Afiliação: |
ISIS CAPELLA SOARES, UFRRJ; RAFAEL SANCHES PACHECO, UFRRJ; CLEUDISON GABRIEL NASCIMENTO DA SILVA, UFLA; RAFAEL SALAZAR SANTOS, UFRRJ; JOSE IVO BALDANI, CNPAB; SEGUNDO SACRAMENTO U CABALLERO, CNPAB; MARCIA SOARES VIDAL, CNPAB; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB. |
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Título: |
Real-time PCR method to quantify Sp245 strain of Azospirillum baldaniorum on Brachiaria grasses under field conditions. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant and Soil, 06 September 2021 |
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ISSN: |
0032-079X |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11104-021-05137-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Bacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find potential application in field experiments. MenosBacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find pot... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Azospirillum baldanioru; Plant growth promoting bacteria; Quantification; Signal grass. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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520 $aBacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find potential application in field experiments.
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700 1 $aVIDAL, M. S.
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773 $tPlant and Soil, 06 September 2021
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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| 41. |  | BRITO, L. F. de; PACHECO, R. S.; FERREIRA, E. P. de B.; ARAÚJO, A. P.; STRALIOTTO, R. Resposta de cultivo de feijoeiro inoculado com rizóbio ao enriquecimento das sementes com fósforo e molibdênio. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa: SBCS, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 42. | | BRITO, L. F. de; PACHECO, R. S.; FERREIRA, E. P. de B.; ARAÚJO, A. P.; STRALIOTTO, R. Resposta de cultivo de feijoeiro inoculado com rizóbio ao enriquecimento das sementes com fósforo e molibdênio. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2010. FertBio 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 43. | | DIAS, A.; PACHECO, R. S.; SANTOS, S. G. dos; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G.; DUARTE, R. de L. R. Screening of fluorescent rhizobacteria for the biocontrol of soilborne plant pathogenic fungi. Revista Caatinga, v. 27, n. 2, p. 1-9, abr./jun., 2014| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 45. | | PACHECO, R. S.; BRITO, L. F. de; CARVALHO, R. H. de; SOUZA FILHO, B. F. de; ARAUJO, A. P. de; STRALIOTTO, R. Aplicação de nitrogênio em feijoeiro inoculado com Rizhobium em área com cultivos sucessivos de feijão. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 34., 2013, Florianópolis. Ciência do solo: para quê e para quem? Anais... Florianópolis: SBCS, 2013. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 46. | | ALMEIDA, J. C. de; PACHECO, R. S.; FERREIRA, N. dos S.; MORAES, C.; MESSIAS, M.; JANTALIA, C. P.; ZILLI, J. E. Desempenho produtivo de quatro cultivares de grão-de-bico nas condições edafoclimáticas do Rio de Janeiro. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 22., 2022, Seropédica. Bicentenário da Independência: 200 anos de ciência, tecnologia e inovação no Brasil: caderno de resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2022.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 47. | | OLIVEIRA, F. F. de; GUERRA, J. G. M.; JUNQUEIRA, R. M.; PACHECO, R. S.; ALMEIDA, D. L. de; RIBEIRO, R. de L. D.; RICCI, M. dos S. F. Eficiência de fontes vegetais de cobertura morta na supressão de espécies de ocorrência espontânea e desempenho agronômico de alface (Lactuca sativa L.) sob manejo orgânico. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 30., 2005, Recife. Solos: sustentabilidade e qualidade ambiental. Recife: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2005. 4 p. CD ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 48. | | SILVA, M. V. B.; DIAS, A.; PACHECO, R. S.; CARVALHO, J. F.; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G.; RIBEIRO, R. de L. D. Diversidade de rizobactérias com capacidade antagonística in vitro contra fungos fitopatogênicos. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 7., 2007, Seropédica, RJ. Resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2007. 1 CD-ROM. Parceria: UFRJ; UFRRJ| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 51. | | SILVA, M. V. B.; DIAS, A.; PACHECO, R. S.; CARVALHO, J. F.; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G.; RIBEIRO, R. de L. D. Gêneros e espécies de rizobactérias isoladas de um sistema orgânico de produção de hortaliças apresentando antagonismo contra Rhizoctonia solani e Sclerotium rolfsii in vitro. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2007. 4 p. Parceria: UFRRJ.
Trabalho apresentado no IX Reunião Brasileira sobre Controle Biológico de Doenças de Plantas, Campinas/SP, 05 a 09 de novembro de 2007.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 52. | | GUARESCHI, R. F.; BATISTA, J. N.; PACHECO, R. S.; SILVA, E. P. da; ALVES, B. J. R.; JANTALIA, C. P.; URQUIAGA, S.; ZILLI, J. E. Desempenho de genótipos de soja nas condições edafoclimáticas da região Norte do estado do Rio de Janeiro. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 20., 2020, Seropédica. Inteligência artificial: a nova fronteira da ciência brasileira: impactos para a agricultura sustentável. Resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2020.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 53. | | DIAS, A.; PINTON, R.; PACHECO, R. S.; PASSOS, S. R.; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R.; RIBEIRO, R. de L. D. Formação de biofilme por estirpes de rizobactérias isoladas de hortaliças. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2006. 4 p. Trabalho apresentado na XXVII Reunião Brasileira de Fertilidade do Solo e Nutrição de Plantas, XI Reunião Brasileira sobre Micorrizas, IX Simpósio Brasileiro de Microbiologia do Solo; VI Reunião Brasileira de Biologia do Solo, Bonito/MS,...| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 55. | | BRITO, L. F. de; PACHECO, R. S.; SOUZA FILHO, B. F. de; FERREIRA, E. P. de B.; STRALIOTTO, R.; ARAÚJO, A. P. Resposta do feijoeiro comum à inoculação com rizóbio e suplementação com nitrogênio mineral em dois biomas brasileiros. Revista Brasileira de Ciência do Solo, Viçosa, MG, v. 39, n. 4, p. 981-992, jul./ago. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Solos. |
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| 56. | | BRITO, L. F. de; PACHECO, R. S.; MOREIRA, L. L. Q.; FERREIRA, E. P. de B.; ARAÚJO, A. P.; STRALIOTTO, R. Produção de grãos e de biomassa de duas cultivares de feijoeiro inoculadas com diferentes estirpes de rizóbio In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa: SBCS, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 57. | | BRITO, L. F. de; PACHECO, R. S.; MOREIRA, L. L. Q.; FERREIRA, E. P. de B.; ARAÚJO, A. P.; STRALIOTTO, R. Produção de grãos e de biomassa de duas cultivares de feijoeiro inoculadas com diferentes estirpes de rizóbio. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2010. 1 CD-ROM. FertBio 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 58. | | PACHECO, R. S.; DIAS, A.; SILVA, M. V. B.; CARVALHO, J. F.; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G.; RIBEIRO, R. de L. D. Pseudomonas fluorescens e Pseudomonas putida antagonística à fungos fitopatógenos habitantes do solo. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 7., 2007, Seropédica, RJ. Resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2007. 1 CD-ROM. Parceria: UFRRJ; UFRJ| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 59. | | CARVALHO, J. F.; DIAS, A.; PACHECO, R. S.; SILVA, M. V. B.; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G.; RIBEIRO, R. de L. D. Pseudomonas fluorescens e Pseudomonas putida antagonísticas à Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2007. 4 p. Parceria: UFRRJ.
Trabalho apresentado no IX Reunião Brasileira sobre Controle Biológico de Doenças de Plantas, Campinas/SP, 05 a 09 de novembro de 2007.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 60. | | CARVALHO, J. F.; DIAS, A.; PACHECO, R. S.; SILVA, M. V. B.; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G.; RIBEIRO, R. de L. D. Pseudomonas fluorescens e Pseudomonas putida antagonísticas à Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 7., 2007, Seropédica, RJ. Resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2007. 1 CD-ROM. Parceria: UFRJ; UFRRJ| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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