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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
18/01/2023 |
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Data da última atualização: |
11/04/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; GLATZL JUNIOR, L. A.; ROCHA, R. de F. B.; SANTOS, M. G. dos; OLIVEIRA, D. A. de; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
ARIELLY OLIVEIRA GARCIA, Universidade Federal de Viçosa; PAMELA ITAJARA OTTO, Universidade Federal de Santa Maria; LUIZ AFONSO GLATZL JUNIOR, Universidade Federal de Juiz de Fora; RENATA DE FÁTIMA BRETANHA ROCHA, Universidade Federal de Viçosa; MATEUS GUIMARÃES DOS SANTOS, Universidade Federal de Viçosa; DANIELE ALVES DE OLIVEIRA, Universidade Federal de Santa Maria; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; SIMONE ELIZA FACIONI GUIMARÃES, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
Pedigree reconstruction and population structure using SNP markers in Gir cattle. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Genetics, v. 64, p. 329-340, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s13353-023-00747-x |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Our objective was to establish a SNPs panel for pedigree reconstruction using microarrays of different densities and evaluate the genomic relationship coefficient of the inferred pedigree, in addition to analyzing the population structure based on genomic analyses in Gir cattle. For parentage analysis and genomic relationship, 16,205 genotyped Gir animals (14,458 females and 1747 males) and 1810 common markers to the four SNP microarrays were used. For population structure analyses, including linkage disequilibrium, effective population size, and runs of homozygosity (ROH), genotypes from 21,656 animals were imputed. Likelihood ratio (LR) approach was used to reconstruct the pedigree, deepening the pedigree and showing it is well established in terms of recent information. Coefficients for each relationship category of the inferred pedigree were adequate. Linkage disequilibrium showed rapid decay. We detected a decrease in the effective population size over the last 50 generations, with the average generation interval around 9.08 years. Higher ROH-based inbreeding coefficient in a class of short ROH segments, with moderate to high values, was also detected, suggesting bottlenecks in the Gir genome. Breeding strategies to minimize inbreeding and avoid massive use of few proven sires with high genetic value are suggested to maintain genetic variability in future generations. In addition, we recommend reducing the generation interval to maximize genetic progress and increase effective population size. MenosOur objective was to establish a SNPs panel for pedigree reconstruction using microarrays of different densities and evaluate the genomic relationship coefficient of the inferred pedigree, in addition to analyzing the population structure based on genomic analyses in Gir cattle. For parentage analysis and genomic relationship, 16,205 genotyped Gir animals (14,458 females and 1747 males) and 1810 common markers to the four SNP microarrays were used. For population structure analyses, including linkage disequilibrium, effective population size, and runs of homozygosity (ROH), genotypes from 21,656 animals were imputed. Likelihood ratio (LR) approach was used to reconstruct the pedigree, deepening the pedigree and showing it is well established in terms of recent information. Coefficients for each relationship category of the inferred pedigree were adequate. Linkage disequilibrium showed rapid decay. We detected a decrease in the effective population size over the last 50 generations, with the average generation interval around 9.08 years. Higher ROH-based inbreeding coefficient in a class of short ROH segments, with moderate to high values, was also detected, suggesting bottlenecks in the Gir genome. Breeding strategies to minimize inbreeding and avoid massive use of few proven sires with high genetic value are suggested to maintain genetic variability in future generations. In addition, we recommend reducing the generation interval to maximize genetic progress and increase ef... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Bovino; DNA; Endogamia; Gado Gir; Marcador Genético. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/248991/1/Pedigree-reconstruction-and-population-structure-using-SNP-markers-in-Gir-cattle.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 29 | |
| 1. |  | OTTO, P. I.; OLIVEIRA, R. A. de; NEGRI, R.; MELLO, F. C. B.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B. Avaliação do período gestacional para a facilidade de partos em bovinos Girolando. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BOVINOCULTURA LEITEIRA, 9., 2023, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2023. p. 447-450. IX SIMLEITE.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 2. | | BÖCK, M. J.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MARTINS, M. F.; NEGRI, R.; OTTO, P. I. Diversidade genética das raças Holandesa, Pardo-Suíça e Jersey no Brasil. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BOVINOCULTURA LEITEIRA, 9., 2023, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2023. p. 454-456.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 3. | | BÖCK, M. J.; OLIVEIRA, A. A. de; GODO, D. O. R.; SILVA, M. V. G. B.; MELO, T. P. de; MELLO, F. C. B.; OTTO, P. I. Melhoramento genético: da base mendeliana para produção animal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 32., 2023, Natal. Anais... Brasília, DF: Associação Brasileira de Zootecnistas; Natal: Universidade Federal Rural do Semi-Árido, 2023. Zootec 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 4. | | BÖCK, M. J.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MARTINS, M. F.; NEGRI, R.; OTTO, P. I. Padrão de ancestralidade nas raças Holandesa, Jersey e Pardo-Suiça. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BOVINOCULTURA LEITEIRA, 9., 2023, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2023. p. 476-478.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 5. | | CARVALHO, B. C. de; BRANDÃO, F. Z.; SANTOS, G. B.; VARAGO, F. C.; OTTO, P. I.; VARGAS, M. W.; GRÁZIA, J. G. V.; CAMARGO, L. S. de A. Oocyte quality in post-partum of 3/4 and 7/8 Holstein x Zebu primiparous crossbred cows. Animal Reproduction, v. 10, n. 3, p. 559, Jul./Sept. 2013. Suplemento. Edição dos abstracts do 27º Annual Meeting of the Brazilian Embryo Technology Society, 2013, Praia do Forte, BA.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 6. | | OLIVEIRA, L. A. da S.; TEMP, L. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; OTTO, P. I. Impacto da inclusão de informações genômicas na avaliação genética para produção de leite na raça Girolando. In: SIMPÓSIO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 6., 2021, Diamantina. Zootecnia em tempos de pandemia: oportunidades e desafios. Diamantina: Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2021.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 7. | | TEMP, L. B.; OLIVEIRA, L. A. da S.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; OTTO, P. I. Seleção genômica para predição do mérito genético para características reprodutivas na raça Girolando. In: SIMPÓSIO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 6., 2021, Diamantina. Zootecnia em tempos de pandemia: oportunidades e desafios. Diamantina: Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2021.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 8. | | OTTO, P. I.; GUIMARÃES, S. E. F.; CALUS, M. P. L.; VANDENPLAS, J.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B. Single-step genome-wide association studies (GWAS) and post-GWAS analyses to identify genomic regions and candidate genes for milk yield in Brazilian Girolando cattle. Journal of Dairy Science, v. 103, n. 11, p. 10347-10360, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | MACHADO, T. F.; MICHELOTTI, V. T.; BARBEIRO, L. W.; MELO, T. P. de; OTTO, P. I.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; MELLO, F. C. B.; RORATO, P. R. N. Análises de componentes principais e correlação de Spearman para a determinação de características a serem utilizadas em programas de melhoramento de poedeiras. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL ON-LINE, 14., 2021. Anais.... Chapecó: UDESC: Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2022.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 10. | | ROCHA, R. de F. B.; OTTO, P. I.; GARCIA, A. O.; SANTOS, M. G. dos; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; CALUS, M. P. L.; GUIMARÃES, S. E. F. A genética envolvida na produção de oócitos e embriões em Gir leiteiro. Balde Branco, ano 59, n. 703, p. 56-59, 2024.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
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| 11. | | NEGRI, R.; DALTRO, D.; KLUSKA, S.; OTTO, P. I.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; MARTINS, M. F.; OLIVEIRA, H. R. de; COBUCI, J. A.; SILVA, M. V. G. B. Genomic-enhanced breeding values for heat stress tolerance in Girolando cattle in Brazil. Livestock Science, v. 278, 105360, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 12. | | VERARDO, L. L.; OTTO, P. I.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; REIS, D. R. de L.; EGITO, A. A. do; VITORINO, A. S. M.; CAROLINO, M. I. C. M.; CAROLINO, N. P.; SILVA, M. V. G. B. Exploring the genetic origin of Brazilian locally adapted breeds: admixture, population history and relationship with Portuguese and indicine cattle. Livestock Science, v. 282, 105455, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 13. | | SANTOS, G. B.; CARVALHO, B. C. de; BRANDÃO, F. Z.; VARAGO, F. C.; VARGAS, M. W.; MACHADO, F. S.; CAMPOS, M. M.; CAMARGO, L. S. de A.; OTTO, P. I. Effect of diet energy on the relationship of follicular fluid estrogen and progesterone concentration in postpartum crossbred Holstein x Gir cows. Animal Reproduction, v. 11, n. 3, p. 459, 2014. Edição dos proceedings do 28º Annual Meeting of the Brazilian Embryo Technology Society, 2014, Natal.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 14. | | FACO, O.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; OTTO, P. I.; LOBO, A. M. B. O.; FONSECA, J. F. da; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Programa de Melhoramento Genético de Caprinos Leiteiros - Capragene, 3º Sumário de Avaliação Genética, 2º Sumário de Avaliação Genética Genômica, Ano 2020 - Raça Saanen. Sobral: Embrapa Caprinos e Ovinos, 2020. 52 p.| Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 15. | | ROCHA, R. de F. B.; OTTO, P. I.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; VERONEZE, R.; LEANDRO, F. D.; PEREIRA, S. M.; GUIMARÃES, S. E. F.; PANETTO, J. C. do C. Repeatability and random regression models to estimate genetic parameters for oocyte and embryo production in the Gir breed. Animal Production Science, v. 62, n. 17, p. 1661-1670, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 16. | | BARBEIRO, L. W.; MICHELOTTI, V. T.; MACHADO, T. F.; MELO, T. P. de; OTTO, P. I.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; MELLO, F. C. B.; RORATO, P. R. N. Herdabilidade para características produtivas, reprodutivas e de qualidade do ovo em três linhagens poedeiras. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL ON-LINE, 14., 2021. Anais.... Chapecó: UDESC: Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2022.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 17. | | OLIVEIRA, C. S.; SILVA, M. V. G. B.; QUINTAO, C. C. R.; OTTO, P. I.; ALONSO, R. V.; FERES, L. F.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; CAMARGO, L. S. de A. Imputation accuracy for genomic selection using embryo biopsy samples in Gir. Reproductive Biology, v. 23, 100765, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 18. | | ROCHA, R. de F. B.; GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; SANTOS, M. G. dos; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GUIMARÃES, S. E. F. Single-step genome-wide association studies and post-GWAS analyses for the number of oocytes and embryos in Gir cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 497-508, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
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| 19. | | ROCHA, R. de F. B.; GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GUIMARÃES, S. E. F. Runs of homozygosity and signatures of selection for number of oocytes and embryos in the Gir Indicine cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 482-496, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
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| 20. | | FACO, O.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; OTTO, P. I.; LOBO, A. M. B. O.; FONSECA, J. F. da; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sumário Capragene. Sobral: Embrapa Caprinos e Ovinos, 2020. 52 p.| Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros |
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