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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
09/10/2020 |
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Data da última atualização: |
09/10/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCELA MARIA DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCar; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ/USP; JULIANA AFONSO, UFSCar; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, UFSCar; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; FABIANA BARICHELLO MOKRY, UFSCar; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, NGS Soluções Genômicas, Piracicaba; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. |
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Conteúdo: |
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Allelic expression; Expressão gênica; Regulação da expressão gênica. |
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Thesagro: |
Bos Indicus. |
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Thesaurus Nal: |
Gene expression regulation. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216548/1/AP-Allele-specific-2020.pdf
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Marc: |
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650 $aBos Indicus
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653 $aExpressão gênica
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 15 | |
| 5. |  | OLIVEIRA, D. E. C. de; OLIVEIRA, C. M. de; FRIZZAS, M. R.; DUARTE, G. C. M. Diversidade de espécies de algumas ordens de insecta em área de Cerrado e agrícola no Distrito Federal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais. Viçosa, MG: UFV, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 7. | | DUARTE, G. C. M.; OLIVEIRA, C. M. de; FRIZZAS, M. R.; TAKADA, S. C. S. Plantas hospedeiras de Poekilloptera phalaenoides L. (Hemiptera: Flatidae) em área de Cerrado no Distrito Federal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais. Viçosa, MG: UFV, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 9. | | FRIZZAS, M. R.; OLIVEIRA, C. M. de; OLIVEIRA, D. E. C. de; DUARTE, G. C. M.; EVANGELISTA NETO, J. Distribuição estacional, abundância e diversidade de insetos em áreas de Cerrado e agrícola no Brasil Central. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 11. | | OLIVEIRA, C. M. de; RESCK, D. V. S.; FRIZZAS, M. R.; TAKADA, S. C. S.; DUARTE, G. C. M.; OLIVEIRA, D. E. C. de; EVANGELISTA NETO, J. E. Artrópodes de solo em sistemas agropastoris no cerrado: influência dos sistemas de preparo do solo e rotação de culturas. In: SIMPÓSIO DE ENTOMOLOGIA, 1.; REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE DE ENTOMOLOGIA DA PARAÍBA, 3., 2007, Campina Grande, PB. Entomologia e biodiversidade: anais. Campina Grande, PB: SEPB, 2007. p. 101.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 12. | | DUARTE, G. C. A.; COSTA, T. A. D.; RIBEIRO, F. N. S.; HÜTHER, C. M.; LAMEIRA, O. A.; PEREIRA, C. R.; AZEREDO, R. B. V.; MACHADO, E. B. Aplicação de ferramentas quimiométricas na avaliação sazonal da produção metabólica de raízes de Ipecacuanha cultivadas no Leste Fluminense. In: SIMPÓSIO DE PLANTAS MEDICINAIS DO BRASIL, 24., 2016, Belo Horizonte. [Anais]. [Belo Horizonte: CEPLAMT], 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 13. | | DUARTE, G. C. A.; COSTA, T. A. D.; RIBEIRO, F. N. S.; HÜTHER, C. M.; LAMEIRA, O. A.; PEREIRA, C. R.; AZEREDO, R. B. V.; MACHADO, T. B. Avaliação sazonal da produção de emetina e cefalina em raízes de Carapichea ipecacuanha (Rubiaceae): uma espécie em erosão genética. In: JORNADA FLUMINENSE DE PRODUTOS NATURAIS, 3., 2016, Niterói. [Anais]. Niterói: UFF, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 14. | | SANTOS, C. M. P. P. dos; HUTHER, C. M.; BORELLA, J.; RIBEIRO, F. N. S.; DUARTE, G. C. A.; CARVALHO, L. F. de; OLIVEIRA, E. de; LAMEIRA, O. A.; PINHO, C. F. de; MACHADO, T. de B.; PEREIRA, C. R. Season and shading affect emetine and cephalin production in Carapichea ipecacuanha plants. Plant Biosystems, v. 156, n. 1, p. 51-60, 2022. Published online: 16 Oct 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 15. | | RIBEIRO, F. N. S.; HUTHER, C. M.; OLIVEIRA, J. R. de; CORREIA, D. M.; RODRIGUES, N. F.; ALMEIDA, R. D. B. de; MORAES, J. B. de; SILVA, M. P.; SANTOS, C. M. P. P. dos; PEREIRA, M. de O.; DUARTE, G. C. A.; FERREIRA, V. F.; MACHADO, T. de B.; LAMEIRA, O. A.; CECCHIN, D.; PEREIRA, C. R. Luminosity levels and soil composition influence the growth of Ipecacuanha. Brazilian Journal of Agriculture, v. 97, n. 1, p. 17-31, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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