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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
20/12/2018 |
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Data da última atualização: |
19/02/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; REECY, J. M.; POLETI, M. D.; OLIVEIRA, P. S. N. de; OLIVEIRA, G. B. de; MOREIRA, G. C. M.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. L.; KOLTES, J. E.; Fritz-Waters, E.; KRAMER, L.; GARRICK, D.; BEIKI, H.; GEISTLINGER, L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
ALINE S. M. CESAR, USP, Iowa State University; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; JAMES M. REECY, Iowa State University; MIRELE D. POLETI, USP; Priscila Silva Neubern de Oliveira, Bolsista/Embrapa Pecuária Sudeste; GABRIELLA B. DE OLIVEIRA, USP; GABRIEL C. M. MOREIRA, USP; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; POLYANA C. TIZIOTO, USP; JAMES EUGENE KOLTES, Iowa State University; Elyn Fritz-Waters, Iowa State University; LUKE KRAMER, Iowa State University; DORIAN GARRICK, Massey University; HAMID BEIKI, Iowa State University; LUDWIG GEISTLINGER, Bolsista/Embrapa Pecuária Sudeste; GERSON B. MOURÃO, USP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; Luiz Lehmann Coutinho, USP. |
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Título: |
Identification of putative regulatory regions and transcription factors associated with intramuscular fat content traits. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 19, p. 1-20, 2018. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-018-4871-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article number: 499. Na publicação: Luciana C. A. Regitano, Maurício A. Mudadu, Adhemar Zerlotini. |
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Conteúdo: |
Background: Integration of high throughput DNA genotyping and RNA-sequencing data allows for the identification of genomic regions that control gene expression, known as expression quantitative trait loci (eQTL), on a whole genome scale. Intramuscular fat (IMF) content and carcass composition play important roles in metabolic and physiological processes in mammals because they influence insulin sensitivity and consequently prevalence of metabolic diseases such as obesity and type 2 diabetes. However, limited information is available on the genetic variants and mechanisms associated with IMF deposition in mammals. Thus, our hypothesis was that eQTL analyses could identify putative regulatory regions and transcription factors (TFs) associated with intramuscular fat (IMF) content traits. Results: We performed an integrative eQTL study in skeletal muscle to identify putative regulatory regions and factors associated with intramuscular fat content traits. Data obtained from skeletal muscle samples of 192 animals was used for association analysis between 461,466 SNPs and the transcription level of 11,808 genes. This yielded 1268 cis- and 10,334 trans-eQTLs, among which we identified nine hotspot regions that each affected the expression of > 119 genes. These putative regulatory regions overlapped with previously identified QTLs for IMF content. Three of the hotspots respectively harbored the transcription factors USF1, EGR4 and RUNX1T1, which are known to play important roles in lipid metabolism. From co-expression network analysis, we further identified modules significantly correlated with IMF content and associated with relevant processes such as fatty acid metabolism, carbohydrate metabolism and lipid metabolism. Conclusion: This study provides novel insights into the link between genotype and IMF content as evident from the expression level. It thereby identifies genomic regions of particular importance and associated regulatory factors. These new findings provide new knowledge about the biological processes associated with genetic variants and mechanisms associated with IMF deposition in mammals. MenosBackground: Integration of high throughput DNA genotyping and RNA-sequencing data allows for the identification of genomic regions that control gene expression, known as expression quantitative trait loci (eQTL), on a whole genome scale. Intramuscular fat (IMF) content and carcass composition play important roles in metabolic and physiological processes in mammals because they influence insulin sensitivity and consequently prevalence of metabolic diseases such as obesity and type 2 diabetes. However, limited information is available on the genetic variants and mechanisms associated with IMF deposition in mammals. Thus, our hypothesis was that eQTL analyses could identify putative regulatory regions and transcription factors (TFs) associated with intramuscular fat (IMF) content traits. Results: We performed an integrative eQTL study in skeletal muscle to identify putative regulatory regions and factors associated with intramuscular fat content traits. Data obtained from skeletal muscle samples of 192 animals was used for association analysis between 461,466 SNPs and the transcription level of 11,808 genes. This yielded 1268 cis- and 10,334 trans-eQTLs, among which we identified nine hotspot regions that each affected the expression of > 119 genes. These putative regulatory regions overlapped with previously identified QTLs for IMF content. Three of the hotspots respectively harbored the transcription factors USF1, EGR4 and RUNX1T1, which are known to play important roles in l... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Ácidos graxos; Doenças metabólicas; EQTL; Expressão gênica; Expression quantitative trait loci. |
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Thesaurus Nal: |
Fatty acids; Gene expression; Mammals; Metabolic diseases. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/189052/1/AP-Identification-Cesar-etal.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Solos. |
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Data corrente: |
20/12/2022 |
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Data da última atualização: |
05/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Documentos |
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Autoria: |
PEIXOTO, R. T. dos G.; SILVA, K. da; FERREIRA, T.; PARRON, L. M.; CAMPOS, I. B. de; GIAROLA, N. F. A.; FOGAÇA, A. M.; PAULA, A. L. de; PEPE, K. B. F.; DEMETRIO, W. C.; BECKER, R. K.; BRUZ, L. dos S. M.; SANTOS, A.; SÁTIRO, J. N. de O.; BROWN, G. G.; LACERDA, A. E. B. de. |
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Afiliação: |
RICARDO TRIPPIA DOS G PEIXOTO, CNPS; KRISLE DA SILVA, CNPF; TALITA FERREIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARANÁ; LUCILIA MARIA PARRON VARGAS, CNPF; ISABELLA BLAGIEM DE CAMPOS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARANÁ; NEYDE FABIOLA ALAREZO GIAROLA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE PONTA GROSSA; ALISSON MARCOS FOGAÇA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE PONTA GROSSA; ARIANE LENTICE DE PAULA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE PONTA GROSSA; KAUANNA BROCK FERREIRA PEPE, LANTANA ASSESSORIA AMBIENTAL E AGRONÔMICA, CURITIBA, PR.; WILIAN CARLO DEMETRIO, INSTITUTO NACIONAL DE PESQUISAS ESPACIAIS - INPE; REGIANE KAZMIERCZAK BECKER, UNIVERSIDADE ANHANGUERA, PONTA GROSSA, PR; LILIANNE DOS SANTOS MAIA BRUZ, UNIVERSIDADE FEDERAL DO CEARÁ; ALESSANDRA SANTOS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARANÁ; JOSÉ NIVALDO DE OLIVEIRA SÁTIRO, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARANÁ; GEORGE GARDNER BROWN, CNPF; ANDRE EDUARDO BISCAIA DE LACERDA, CNPF. |
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Título: |
Indicadores de qualidade do solo em sistemas de produção de erva-mate sombreado, integrado e sob pleno sol: estudo de caso em Bituruna, PR. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Colombo: Embrapa Florestas, 2022. |
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Páginas: |
56 p. |
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Série: |
(Embrapa Florestas. Documentos, 383). |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Selo ODS 1, 2, 6, 12, 13 e 15. |
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Conteúdo: |
O Brasil é um dos maiores produtores de commodities do mundo (OECD/FAO, 2021). Contudo, conciliar a produção agrícola, incluindo a silvicultura e a pecuária, com a conservação e valorização do capital natural e social na paisagem rural ainda é um desafio. Assim, é função da pesquisa avaliar os impactos de sistemas de produção agrícola, incluindo os sistemas integrados e os sistemas agroflorestais, no sentido de mensurar a provisão e manutenção dos serviços ecossistêmicos relacionados ao solo e à água na paisagem rural, bem como seu potencial de agregação de valor e contribuição para a melhoria da qualidade de vida da sociedade. Sobretudo, os resultados da pesquisa visam a proposição de métodos e tecnologias, incluindo a definição de indicadores, capazes de certificar a produção agrícola, assim como avançar no uso de instrumentos político- econômicos de incentivo a práticas de manejo de recursos naturais com foco na provisão e manutenção desses serviços. A agricultura também é um elemento fundamental para o alcance de diversos Objetivos do Desenvolvimento Sustentável (ODS) estabelecidos pela Agenda 2030 da Organização das Nações Unidas (ONU), como a erradicação da pobreza (ODS1), fome zero e agricultura sustentável (ODS2), água limpa e saneamento (ODS6), trabalho decente e crescimento econômico (ODS8), consumo e produção responsáveis (ODS12), mitigação e adaptação às mudanças climáticas (ODS13) e vida terrestre, incluindo a proteção da biodiversidade (ODS15). O protagonismo da agenda brasileira na implementação dos ODS inclui gerar resultados e soluções inovadoras na conservação e restauração dos biomas nacionais e manutenção das populações locais. Os sistemas de produção de erva-mate sombreado, integrados a fragmentos da Floresta Ombrófila Mista Montana têm sido reconhecidos pela sua contribuição na provisão de serviços ecossistêmicos, principalmente na conservação da biodiversidade, conservação do solo e água, mitigação e adaptação às mudanças climáticas pelo sequestro de gases de efeito estufa associados ao uso sustentável da terra e diversificação da produção de alimentos. Nesse contexto, esse documento apresenta um estudo de caso na região de Bituruna, no sudoeste do Estado do Paraná, desenvolvido em propriedades de agricultores familiares, onde foram avaliados vários atributos de solos. Com os resultados obtidos foi possível definir quais atributos foram os mais eficientes como indicadores para avaliar a qualidade daqueles solos. Na perspectiva dos ODS, o documento contribui especialmente para os objetivos 2, 6, 13 e 15. O estudo destaca a importância de modelos de agricultura sustentável (ODS2), e de ações de manejo e conservação do solo e da água (ODS6) e de conservação e proteção de biodiversidade (ODS15). Como consequência, o documento contribui para os esforços de mitigação e adaptação da agricultura às mudanças climáticas e de capacitação de pequenos agricultores para se adaptarem a essas mudanças (ODS13). O documento contribui também para os objetivos 8, 12 e 17, no que se refere ao crescimento econômico dos agricultores familiares pela produção de erva-mate num modelo sustentável (ODS8), à produção responsável, que assegura o consumo de produtos naturais saudáveis e de qualidade (ODS12) e às parcerias entre a pesquisa, extensão, agricultores e suas organizações por meio da circulação do conhecimento propiciado pela pesquisa participativa (ODS17). MenosO Brasil é um dos maiores produtores de commodities do mundo (OECD/FAO, 2021). Contudo, conciliar a produção agrícola, incluindo a silvicultura e a pecuária, com a conservação e valorização do capital natural e social na paisagem rural ainda é um desafio. Assim, é função da pesquisa avaliar os impactos de sistemas de produção agrícola, incluindo os sistemas integrados e os sistemas agroflorestais, no sentido de mensurar a provisão e manutenção dos serviços ecossistêmicos relacionados ao solo e à água na paisagem rural, bem como seu potencial de agregação de valor e contribuição para a melhoria da qualidade de vida da sociedade. Sobretudo, os resultados da pesquisa visam a proposição de métodos e tecnologias, incluindo a definição de indicadores, capazes de certificar a produção agrícola, assim como avançar no uso de instrumentos político- econômicos de incentivo a práticas de manejo de recursos naturais com foco na provisão e manutenção desses serviços. A agricultura também é um elemento fundamental para o alcance de diversos Objetivos do Desenvolvimento Sustentável (ODS) estabelecidos pela Agenda 2030 da Organização das Nações Unidas (ONU), como a erradicação da pobreza (ODS1), fome zero e agricultura sustentável (ODS2), água limpa e saneamento (ODS6), trabalho decente e crescimento econômico (ODS8), consumo e produção responsáveis (ODS12), mitigação e adaptação às mudanças climáticas (ODS13) e vida terrestre, incluindo a proteção da biodiversidade (ODS15). O protagonismo d... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Agenda 2030; Erva-mate; Objetivo de desenvolvimento sustentável; Sustentabilidade. |
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Thesagro: |
Ilex Paraguariensis; Manejo do Solo; Sistema de Produção. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/244354/1/Doc383-21-12-2022.pdf
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Marc: |
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700 1 $aSÁTIRO, J. N. de O.
700 1 $aBROWN, G. G.
700 1 $aLACERDA, A. E. B. de
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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