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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
05/02/2019 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. |
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Afiliação: |
MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; MARCELA MARIA DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, Esalq/USP; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA, Bolsista CPPSE; ANDRESSA OLIVEIRA DE LIMA, UFSCar; JULIANA AFONSO, UFSCar; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; CARLOS EDUARDO BUSS, UFSCar; LUIZ LEHMANN COUTINHO, Esalq/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE. |
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Título: |
LDHB gene has allele-specific expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. |
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Páginas: |
p. 25. |
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Série: |
(Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125). |
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ISSN: |
1980-6841 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, Luciana C. de A. Regitano, Gerson Barreto Mourão, Aline Silva Mello Cesar, Bárbara Silva Vignato, Mirele Daiana Poleti, Wellison Jarles da Silva Diniz. |
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Conteúdo: |
Feed efficiency is a multi-factorial trait of a large economic importance for cattle. Although previous studies reported gene expression differences associated with this trait the contribution of allele-specific expression (ASE) remains largely unknown. In this study, we analyzed ASE in liver samples of 30 Nelore cattle steers in two genetically divergent groups for residual feed intake (RFI) searching for genes with ASE linked to feed efficiency. Based on genotype data obtained using the Illumina BovineHD BeadChip, we computed the frequency of reads from RNA-seq data mapped to each allele of heterozygous individuals and applied a binomial test to identify loci of ASE. We detected significant differences in expression among alleles for seven SNPs (single nucleotide polymorphisms) that were tested significantly in >90% of the samples. Amid them, we selected the LDHB gene that has been previously associated with feed efficiency in chickens. The LDHB gene carries out functions in carbohydrate, carboxylic acid and oxidation-reduction metabolic processes important for glycolysis. These biological processes were associated with feed efficiency and cell energy balance in previous studies. Since the SNP found on LDHB is located at 3?UTR, we studied whether a putative microRNA binding site near or at the SNP site could
exist and account for the regulation of gene expression. We found that the Bta-miR-139 binds at the SNP site of LDHB. This miRNA was also identified by the group in a previous study with expressed microRNA in the liver. Thus, we theorized that the BtamiR-139 miRNA affects the expression of the LDHB gene and may contribute to ASE. Therefore, these results complement our understanding of the ASE profile of the LDHB gene and contribute to explain more accurately the differences in gene expression identified in Nelore steers genetically divergent for RFI. MenosFeed efficiency is a multi-factorial trait of a large economic importance for cattle. Although previous studies reported gene expression differences associated with this trait the contribution of allele-specific expression (ASE) remains largely unknown. In this study, we analyzed ASE in liver samples of 30 Nelore cattle steers in two genetically divergent groups for residual feed intake (RFI) searching for genes with ASE linked to feed efficiency. Based on genotype data obtained using the Illumina BovineHD BeadChip, we computed the frequency of reads from RNA-seq data mapped to each allele of heterozygous individuals and applied a binomial test to identify loci of ASE. We detected significant differences in expression among alleles for seven SNPs (single nucleotide polymorphisms) that were tested significantly in >90% of the samples. Amid them, we selected the LDHB gene that has been previously associated with feed efficiency in chickens. The LDHB gene carries out functions in carbohydrate, carboxylic acid and oxidation-reduction metabolic processes important for glycolysis. These biological processes were associated with feed efficiency and cell energy balance in previous studies. Since the SNP found on LDHB is located at 3?UTR, we studied whether a putative microRNA binding site near or at the SNP site could
exist and account for the regulation of gene expression. We found that the Bta-miR-139 binds at the SNP site of LDHB. This miRNA was also identified by the group in a ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Differential expression; Residual feed intake. |
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Thesagro: |
Gado de Corte. |
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Thesaurus Nal: |
cattle; microRNA. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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500 $aEditores: Luiz Lehmann Coutinho, Luciana C. de A. Regitano, Gerson Barreto Mourão, Aline Silva Mello Cesar, Bárbara Silva Vignato, Mirele Daiana Poleti, Wellison Jarles da Silva Diniz.
520 $aFeed efficiency is a multi-factorial trait of a large economic importance for cattle. Although previous studies reported gene expression differences associated with this trait the contribution of allele-specific expression (ASE) remains largely unknown. In this study, we analyzed ASE in liver samples of 30 Nelore cattle steers in two genetically divergent groups for residual feed intake (RFI) searching for genes with ASE linked to feed efficiency. Based on genotype data obtained using the Illumina BovineHD BeadChip, we computed the frequency of reads from RNA-seq data mapped to each allele of heterozygous individuals and applied a binomial test to identify loci of ASE. We detected significant differences in expression among alleles for seven SNPs (single nucleotide polymorphisms) that were tested significantly in >90% of the samples. Amid them, we selected the LDHB gene that has been previously associated with feed efficiency in chickens. The LDHB gene carries out functions in carbohydrate, carboxylic acid and oxidation-reduction metabolic processes important for glycolysis. These biological processes were associated with feed efficiency and cell energy balance in previous studies. Since the SNP found on LDHB is located at 3?UTR, we studied whether a putative microRNA binding site near or at the SNP site could exist and account for the regulation of gene expression. We found that the Bta-miR-139 binds at the SNP site of LDHB. This miRNA was also identified by the group in a previous study with expressed microRNA in the liver. Thus, we theorized that the BtamiR-139 miRNA affects the expression of the LDHB gene and may contribute to ASE. Therefore, these results complement our understanding of the ASE profile of the LDHB gene and contribute to explain more accurately the differences in gene expression identified in Nelore steers genetically divergent for RFI.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 199 | |
| 123. |  | OLIVEIRA, T. C. de; COLLADO, A. C.; TAVARES, E. D.; CURADO, F. F.; SANTOS, A. da S. dos. Estratégias agroecológicas e a influência do acesso às políticas públicas na tragetória de agroecossistema familiar, no Estado de Sergipe, Brasil. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE AGROECOLOGIA, 7., 2018, Córdoba. Agroecologia y soberania alimentaria (re)politizando los sistemas agroalimentarios: livro de actas. Córdoba: Unioversidad de Córdoba, 2018.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 124. | | AMORIM, L. O. do; SANTOS, A. da S. dos; CURADO, F. F.; GUIMARÃES, R. M.; PINHEIRO, R. C. dos S. Planejamento participativo de unidades de experimentação em assentamentos rurais de Sergipe. In: Cadernos de Agroecologia, v. 8, n. 2, nov. 2013. 5 p. ref. 14194. Edição dos Resumos do VIII Congresso Brasileiro de Agroecologia, Porto Alegre, nov. 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 126. | | CURADO, F. F.; SANTOS, A. da S. dos; RODRIGUES, R. F. de A.; ARAUJO, E. F.; DANTAS, T. L. Pesquisa agroecológica e participação social no assentamento José Felix de Sá, Sergipe, Brasil. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE SISTEMAS DE PRODUÇÃO, 9., 2012, Luziânia. Ciência, tecnologia e inovação para o desenvolvimento rural sustentável: anais. Brasília, DF: Embrapa; Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2012. 1 CD-ROM. Artigo em anais.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 129. | | GOMES, F. L.; CURADO, F. F.; SANTANA, J. U. R. A.; BENATTO, L.; GOMES, J. E. DA S. Premissas metodológicas para tecer um sistema participativo de garantia da qualidade orgânica (SPG) camponês: da teoria à prática. Cadernos de Agroecologia, v. 19, n. 1, 2024. Edição dos Anais do XII Congresso Brasileiro de Agroecologia, Rio de Janeiro, 2023. 6 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Alimentos e Territórios; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 130. | | SANTOS, H. S.; SANTOS, J. C. da S.; TAVARES, E. D.; DONADIO, C. M.; CURADO, F. F.; BORGES, S. C. Produção de biogás de cozinha por biodigestor na escola Família Agrícola de Ladeirinhas, Japoatã, SE. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 7., 2017, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 134. | | OLIVEIRA, L. C. L. de; SANTOS, A. da S. dos; CURADO, F. F.; SEGUNDO, W. T. B. Os quintais e os saberes ambientais na ilha Mem de Sá, Itapiranga D'Ajuda, Sergipe. In: CONGRESSO LATINOAMERICANO DE ETNOBIOLOGIA, 2.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ENTOBIOLOGIA E ETNOECOLOGIA, 8.; ENCONTRO PERNAMBUCANO DE ETNOBIOLOGIA E ETNOECOLOGIA, 3., 2010, Recife. Anais... Recife: SBEE; SOLAE, 2010. Resumo em anais.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 136. | | SOUZA, S. F. de; MOTA, P. S. S. da; MEDEIROS, S. dos S.; CURADO, F. F.; MANOS, M. G. L. Sistemas agropecuários sustentáveis (SAS): uma proposta metodológica para transferência de tecnologias agropecuária. In: REUNIÓN ALPA, 22., 2011, Montevideu. Memorias..., Montevideu: ALPA, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
| |
| 138. | | TOMICH, T. R.; TOMICH, R. G. P.; PELLEGRIN, A. O.; CURADO, F. F.; STANCIOLI, E. F. B. Sistemas produtivos de assentamentos rurais do Município de Corumbá, MS. In: SIMPÓSIO SOBRE RECURSOS NATURAIS E SÓCIO-ECONÔMICOS DO PANTANAL, 4., 2004, Corumbá, MS. Sustentabilidade regional: anais. Corumbá: Embrapa Pantanal: UCDB: UFMS: SEBRAE-MS, 2004. (CD-ROM).| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 139. | | OLIVEIRA, T. C. de; TAVARES, E. D.; SOUZA, F. A.; CURADO, F. F.; FREITAS NETO, J. A. de. Unidade de Aprendizagem: espaço de trocas e de construção do conhecimento agroecológico no âmbito do plano Brasil Sem Miséria, no território alto sertão sergipano. In: CONGRESSO LATINO AMERICANO DE AGROECOLOGIA, 6.; CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROECOLOGIA, 10.; SEMINÁRIO DE AGROECOLOGIA DO DISTRITO FEDERAL E ENTORNO, 5., 2017, Brasília. Agroecologia na transformação dos sistemas agroalimentares na América Latina: memórias, saberes e caminhos para o bem viver: anais. Brasília, DF: ABA, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 140. | | OLIVEIRA, T. C. de; TAVARES, E. D.; SOUZA, F. A.; CURADO, F. F.; FREITAS NETO, J. A. de. Unidade de aprendizagem: espaço de trocas e de construção do conhecimento agroecológico no âmbito do Plano Brasil Sem Miséria, no Território Alto Sertão Sergipano. Learning unit: space for exchanges and construction of agroecological knowledge within the scope of the Brazil Without Poverty Plan, in the Alto Sertão Sergipano Territory. Cadernos de Agroecologia, v. 13, n. 1, 2018. ANAIS CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE AGROECOLOGIA, 6.; CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROECOLOGIA, 10.; SEMINÁRIO DE AGROECOLOGIA DO DISTRITO FEDERAL E ENTORNO, 5., 2017, Brasília, DF. Agroecologia na transformação dos sistemas agroalimentares...| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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