| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
|
Data corrente: |
05/02/2019 |
|
Data da última atualização: |
21/01/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. |
|
Afiliação: |
MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; MARCELA MARIA DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, Esalq/USP; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA, Bolsista CPPSE; ANDRESSA OLIVEIRA DE LIMA, UFSCar; JULIANA AFONSO, UFSCar; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; CARLOS EDUARDO BUSS, UFSCar; LUIZ LEHMANN COUTINHO, Esalq/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE. |
|
Título: |
LDHB gene has allele-specific expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. |
|
Ano de publicação: |
2017 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. |
|
Páginas: |
p. 25. |
|
Série: |
(Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125). |
|
ISSN: |
1980-6841 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, Luciana C. de A. Regitano, Gerson Barreto Mourão, Aline Silva Mello Cesar, Bárbara Silva Vignato, Mirele Daiana Poleti, Wellison Jarles da Silva Diniz. |
|
Conteúdo: |
Feed efficiency is a multi-factorial trait of a large economic importance for cattle. Although previous studies reported gene expression differences associated with this trait the contribution of allele-specific expression (ASE) remains largely unknown. In this study, we analyzed ASE in liver samples of 30 Nelore cattle steers in two genetically divergent groups for residual feed intake (RFI) searching for genes with ASE linked to feed efficiency. Based on genotype data obtained using the Illumina BovineHD BeadChip, we computed the frequency of reads from RNA-seq data mapped to each allele of heterozygous individuals and applied a binomial test to identify loci of ASE. We detected significant differences in expression among alleles for seven SNPs (single nucleotide polymorphisms) that were tested significantly in >90% of the samples. Amid them, we selected the LDHB gene that has been previously associated with feed efficiency in chickens. The LDHB gene carries out functions in carbohydrate, carboxylic acid and oxidation-reduction metabolic processes important for glycolysis. These biological processes were associated with feed efficiency and cell energy balance in previous studies. Since the SNP found on LDHB is located at 3?UTR, we studied whether a putative microRNA binding site near or at the SNP site could
exist and account for the regulation of gene expression. We found that the Bta-miR-139 binds at the SNP site of LDHB. This miRNA was also identified by the group in a previous study with expressed microRNA in the liver. Thus, we theorized that the BtamiR-139 miRNA affects the expression of the LDHB gene and may contribute to ASE. Therefore, these results complement our understanding of the ASE profile of the LDHB gene and contribute to explain more accurately the differences in gene expression identified in Nelore steers genetically divergent for RFI. MenosFeed efficiency is a multi-factorial trait of a large economic importance for cattle. Although previous studies reported gene expression differences associated with this trait the contribution of allele-specific expression (ASE) remains largely unknown. In this study, we analyzed ASE in liver samples of 30 Nelore cattle steers in two genetically divergent groups for residual feed intake (RFI) searching for genes with ASE linked to feed efficiency. Based on genotype data obtained using the Illumina BovineHD BeadChip, we computed the frequency of reads from RNA-seq data mapped to each allele of heterozygous individuals and applied a binomial test to identify loci of ASE. We detected significant differences in expression among alleles for seven SNPs (single nucleotide polymorphisms) that were tested significantly in >90% of the samples. Amid them, we selected the LDHB gene that has been previously associated with feed efficiency in chickens. The LDHB gene carries out functions in carbohydrate, carboxylic acid and oxidation-reduction metabolic processes important for glycolysis. These biological processes were associated with feed efficiency and cell energy balance in previous studies. Since the SNP found on LDHB is located at 3?UTR, we studied whether a putative microRNA binding site near or at the SNP site could
exist and account for the regulation of gene expression. We found that the Bta-miR-139 binds at the SNP site of LDHB. This miRNA was also identified by the group in a ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Differential expression; Residual feed intake. |
|
Thesagro: |
Gado de Corte. |
|
Thesaurus Nal: |
cattle; microRNA. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
Marc: |
LEADER 03197nam a2200349 a 4500
001 2105559
005 2020-01-21
008 2017 bl uuuu u01u1 u #d
022 $a1980-6841
100 1 $aROCHA, M. I. P.
245 $aLDHB gene has allele-specific expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency.$h[electronic resource]
260 $aIn: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste$c2017
300 $ap. 25.
490 $a(Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125).
500 $aEditores: Luiz Lehmann Coutinho, Luciana C. de A. Regitano, Gerson Barreto Mourão, Aline Silva Mello Cesar, Bárbara Silva Vignato, Mirele Daiana Poleti, Wellison Jarles da Silva Diniz.
520 $aFeed efficiency is a multi-factorial trait of a large economic importance for cattle. Although previous studies reported gene expression differences associated with this trait the contribution of allele-specific expression (ASE) remains largely unknown. In this study, we analyzed ASE in liver samples of 30 Nelore cattle steers in two genetically divergent groups for residual feed intake (RFI) searching for genes with ASE linked to feed efficiency. Based on genotype data obtained using the Illumina BovineHD BeadChip, we computed the frequency of reads from RNA-seq data mapped to each allele of heterozygous individuals and applied a binomial test to identify loci of ASE. We detected significant differences in expression among alleles for seven SNPs (single nucleotide polymorphisms) that were tested significantly in >90% of the samples. Amid them, we selected the LDHB gene that has been previously associated with feed efficiency in chickens. The LDHB gene carries out functions in carbohydrate, carboxylic acid and oxidation-reduction metabolic processes important for glycolysis. These biological processes were associated with feed efficiency and cell energy balance in previous studies. Since the SNP found on LDHB is located at 3?UTR, we studied whether a putative microRNA binding site near or at the SNP site could exist and account for the regulation of gene expression. We found that the Bta-miR-139 binds at the SNP site of LDHB. This miRNA was also identified by the group in a previous study with expressed microRNA in the liver. Thus, we theorized that the BtamiR-139 miRNA affects the expression of the LDHB gene and may contribute to ASE. Therefore, these results complement our understanding of the ASE profile of the LDHB gene and contribute to explain more accurately the differences in gene expression identified in Nelore steers genetically divergent for RFI.
650 $acattle
650 $amicroRNA
650 $aGado de Corte
653 $aDifferential expression
653 $aResidual feed intake
700 1 $aSOUZA, M. M. de
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aTIZIOTO, P. C.
700 1 $aOLIVEIRA, P. S. N. de
700 1 $aLIMA, A. O. de
700 1 $aAFONSO, J.
700 1 $aDINIZ, W. J. da S.
700 1 $aBUSS, C. E.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
700 1 $aNICIURA, S. C. M.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 153 | |
| 141. |  | SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta. In: SILVA, W. T. L. da et al. (Ed.). Anais da 8ª Jornada Científica Embrapa São Carlos. Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2016. p. 35. (Embrapa Instrumentação; Documentos, 61)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
|    |
| 142. | | TIZIOTO, P. L.; COUTINHO, L. L.; OLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; LIMA, A. O.; ROCHA, M. I.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; ZERLOTINI NETO, A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Gene expression differences in Longissimus muscle of Nelore steers genetically divergent for residual feed intake. Scientific Reports, v. 6, p. 1-12, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 143. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MALHEIROS, J. M.; ROCHA, M. I. P.; ZERLOTINI NETO, A.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. EEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
|  |
| 144. | | DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; ROSA, K. de O. da; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. de; LIMA, A. O. de; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Perfil transcriptômico do músculo Longissimus dorsi de bovinos Nelore extremos para conteúdo de ferro. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA PARA O PROGRESSO DA CIÊNCIA, 67., 2015, São Carlos, SP. Resumos....São Paulo: SBPC, 2015 C. 3-2| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 145. | | CARDOSO, T. F.; COUTINHO, L. L.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; POLETI, M. D.; CESAR, A. S. M.; SILVEIRA, J. C. DA; CHIARATTI, M. R.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Multi-omics approach reveals miR-SNPs affecting muscle fatty acids profile in Nelore cattle. Genes, v. 12, n. 1, p. 1-18, Jan. 2021. Article 67. Na publicação: Adhemar Zerlotini.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 146. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. de A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOK PRODUCTION, 10; . 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of animal Science, 2014| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 147. | | ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; WALSH, P.; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; REGITANO, L. C. de A. The structure of microbial populations in Nelore GIT reveals inter-dependency of methanogens in feces and rumen. Journal of Animal Science and Biotechnology, v.11, n. 6, 2020. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 148. | | OLIVEIRA, P. S.; CHAVES, V. C.; SOARES, M. S. P.; BONA, N. P.; MENDONÇA, L. T.; CARVALHO, F. B.; GUTIERRES, J. M.; VASCONCELLOS, F. A.; VIZZOTTO, M.; VIEIRA, A.; SPANEVELLO, R. M.; REGINATTO, F. H.; LENCINA, C. L.; STEFANELLO, F. M. Southern Brazilian native fruit shows neurochemical, metabolic and behavioral benefits in an animal model of metabolic syndrome. Metabolic Brain Disease, v. 33, n. 132, p. Publicado em: < https://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2Fs11011-018-0262-y.pdf > Acesso em 28 08 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 149. | | ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R.; CARDOSO, T. F.; MALHEIROS, J. M.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; ZERLOTINI NETO, A.; MEDEIROS, S. R. de; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; AFLI, H.; REGITANO, L. C. de A. Stool and ruminal microbiome components associated with methane emission and feed efficiency in Nelore beef cattle. Frontiers in Genetics, v. 13, 812828, may, 2022. 12 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 150. | | TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; DECKER, J. E.; GROMBONI, C. F.; MUDADU, M. de A.; SCHNABEL, R. D.; COUTINHO, L. L.; MOURAO, G. B.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M.; REECY, J. M.; NASSU, R. T.; DONATONI, F. A. B.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A. Detection of quantitative trait loci for mineral content of Nelore longissimus dorsi muscle. Genetics Selection Evolution, v. 47, n. 15, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 151. | | MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A. Erratum to: 'Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle'. BMC Genomics, v. 17, n. 492, p. 1-2, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 152. | | MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A. Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle. BMC Genomics, v. 17, n. 235, p. 1-16, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 153. | | MUDADU, M. de A.; PORTO-NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P.; NASCIMENTO, M. L.; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A. Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of Brazilian Nelore beef cattle. BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-16, Mar. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
| |
| Registros recuperados : 153 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
