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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
05/02/2019 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
M. M. SOUZA, CPPSE; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; WELLISON JARLES DINIZ, UFSCar; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, Esalq/USP; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA, Bolsista/CPPSE; A.O. LIMA, UFSCar; J. AFONSO, UFSCar; A. S. M. CESAR, CNPTIA; L. L. COUTINHO, CNPTIA; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.: s.n.], 2018. |
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Páginas: |
5 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: A. Zerlotini, L. C. A. Regitano. WCGALP 2018. |
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Conteúdo: |
Summary. The difference between the allelic expression of a gene is known as allele-specific expression (ASE), and it is a common event in mammal?s transcriptome. ASE is named genomic imprinting when guided by epigenetics mechanisms regarding the allele parental origin. Although these events are an important sources of phenotypic variation, knowledge thereof regarding cattle and effects on economically important traits are still incipient. Therefore, analysis and characterization of ASE profile in the muscle of adult Nelore animals were performed, and besides that, the ASE pattern and gene imprinting occurrence were checked in genes previously associated with meat tenderness. For this, RNA sequencing data of 146 Nelore steer muscles were used, and these animals were also genotyped for approximately 770,000 SNPs using Illumina BovineHD BeadChip. For each animal, a diploid genome was built based on their genotypes, and afterward, RNA-Seq reads were mapped to this genome. After counting the reads considering each SNP allele, a binomial test was applied to identify whether the allele contribution to total expression significantly diverged from 50%, followed by false discovery rate (FDR) test (0.05). Among 519 analyzed SNPs, 402 showed at least one sample with ASE, and they were spread among all autosomal chromosomes. SNPs showing ASE in more than five samples were tested regarding ASE extension, and most presented an incomplete pattern. Four ASE genes were previously identified in a Genome-Wide Association Study (GWAS) and five were found differentially expressed between extreme phenotype animals for meat tenderness. Therefore, the results will complement the bovine imprinted genes database, further they can provide new information to genetic effects prediction in animal breeding increasing the accuracy of meat tenderness selection. MenosSummary. The difference between the allelic expression of a gene is known as allele-specific expression (ASE), and it is a common event in mammal?s transcriptome. ASE is named genomic imprinting when guided by epigenetics mechanisms regarding the allele parental origin. Although these events are an important sources of phenotypic variation, knowledge thereof regarding cattle and effects on economically important traits are still incipient. Therefore, analysis and characterization of ASE profile in the muscle of adult Nelore animals were performed, and besides that, the ASE pattern and gene imprinting occurrence were checked in genes previously associated with meat tenderness. For this, RNA sequencing data of 146 Nelore steer muscles were used, and these animals were also genotyped for approximately 770,000 SNPs using Illumina BovineHD BeadChip. For each animal, a diploid genome was built based on their genotypes, and afterward, RNA-Seq reads were mapped to this genome. After counting the reads considering each SNP allele, a binomial test was applied to identify whether the allele contribution to total expression significantly diverged from 50%, followed by false discovery rate (FDR) test (0.05). Among 519 analyzed SNPs, 402 showed at least one sample with ASE, and they were spread among all autosomal chromosomes. SNPs showing ASE in more than five samples were tested regarding ASE extension, and most presented an incomplete pattern. Four ASE genes were previously identified ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Expressão gênica; Sequenciamento; Sequencing; Transcriptoma. |
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Thesagro: |
Gado Nelore; Melhoramento Genético Animal; Polimorfismo Genético. |
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Thesaurus Nal: |
Gene expression; Transcriptome. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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520 $aSummary. The difference between the allelic expression of a gene is known as allele-specific expression (ASE), and it is a common event in mammal?s transcriptome. ASE is named genomic imprinting when guided by epigenetics mechanisms regarding the allele parental origin. Although these events are an important sources of phenotypic variation, knowledge thereof regarding cattle and effects on economically important traits are still incipient. Therefore, analysis and characterization of ASE profile in the muscle of adult Nelore animals were performed, and besides that, the ASE pattern and gene imprinting occurrence were checked in genes previously associated with meat tenderness. For this, RNA sequencing data of 146 Nelore steer muscles were used, and these animals were also genotyped for approximately 770,000 SNPs using Illumina BovineHD BeadChip. For each animal, a diploid genome was built based on their genotypes, and afterward, RNA-Seq reads were mapped to this genome. After counting the reads considering each SNP allele, a binomial test was applied to identify whether the allele contribution to total expression significantly diverged from 50%, followed by false discovery rate (FDR) test (0.05). Among 519 analyzed SNPs, 402 showed at least one sample with ASE, and they were spread among all autosomal chromosomes. SNPs showing ASE in more than five samples were tested regarding ASE extension, and most presented an incomplete pattern. Four ASE genes were previously identified in a Genome-Wide Association Study (GWAS) and five were found differentially expressed between extreme phenotype animals for meat tenderness. Therefore, the results will complement the bovine imprinted genes database, further they can provide new information to genetic effects prediction in animal breeding increasing the accuracy of meat tenderness selection.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 153 | |
| 141. |  | SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta. In: SILVA, W. T. L. da et al. (Ed.). Anais da 8ª Jornada Científica Embrapa São Carlos. Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2016. p. 35. (Embrapa Instrumentação; Documentos, 61)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 142. | | TIZIOTO, P. L.; COUTINHO, L. L.; OLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; LIMA, A. O.; ROCHA, M. I.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; ZERLOTINI NETO, A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Gene expression differences in Longissimus muscle of Nelore steers genetically divergent for residual feed intake. Scientific Reports, v. 6, p. 1-12, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 143. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MALHEIROS, J. M.; ROCHA, M. I. P.; ZERLOTINI NETO, A.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. EEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 144. | | DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; ROSA, K. de O. da; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. de; LIMA, A. O. de; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Perfil transcriptômico do músculo Longissimus dorsi de bovinos Nelore extremos para conteúdo de ferro. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA PARA O PROGRESSO DA CIÊNCIA, 67., 2015, São Carlos, SP. Resumos....São Paulo: SBPC, 2015 C. 3-2| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 145. | | CARDOSO, T. F.; COUTINHO, L. L.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; POLETI, M. D.; CESAR, A. S. M.; SILVEIRA, J. C. DA; CHIARATTI, M. R.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Multi-omics approach reveals miR-SNPs affecting muscle fatty acids profile in Nelore cattle. Genes, v. 12, n. 1, p. 1-18, Jan. 2021. Article 67. Na publicação: Adhemar Zerlotini.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 146. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. de A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOK PRODUCTION, 10; . 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of animal Science, 2014| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 147. | | ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; WALSH, P.; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; REGITANO, L. C. de A. The structure of microbial populations in Nelore GIT reveals inter-dependency of methanogens in feces and rumen. Journal of Animal Science and Biotechnology, v.11, n. 6, 2020. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 148. | | OLIVEIRA, P. S.; CHAVES, V. C.; SOARES, M. S. P.; BONA, N. P.; MENDONÇA, L. T.; CARVALHO, F. B.; GUTIERRES, J. M.; VASCONCELLOS, F. A.; VIZZOTTO, M.; VIEIRA, A.; SPANEVELLO, R. M.; REGINATTO, F. H.; LENCINA, C. L.; STEFANELLO, F. M. Southern Brazilian native fruit shows neurochemical, metabolic and behavioral benefits in an animal model of metabolic syndrome. Metabolic Brain Disease, v. 33, n. 132, p. Publicado em: < https://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2Fs11011-018-0262-y.pdf > Acesso em 28 08 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 149. | | ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R.; CARDOSO, T. F.; MALHEIROS, J. M.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; ZERLOTINI NETO, A.; MEDEIROS, S. R. de; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; AFLI, H.; REGITANO, L. C. de A. Stool and ruminal microbiome components associated with methane emission and feed efficiency in Nelore beef cattle. Frontiers in Genetics, v. 13, 812828, may, 2022. 12 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 150. | | TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; DECKER, J. E.; GROMBONI, C. F.; MUDADU, M. de A.; SCHNABEL, R. D.; COUTINHO, L. L.; MOURAO, G. B.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M.; REECY, J. M.; NASSU, R. T.; DONATONI, F. A. B.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A. Detection of quantitative trait loci for mineral content of Nelore longissimus dorsi muscle. Genetics Selection Evolution, v. 47, n. 15, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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