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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Rondônia; Embrapa Roraima; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
24/04/2012 |
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Data da última atualização: |
16/09/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BUENO, L. G.; VIANELLO, R. P.; RANGEL, P. H. N.; UTUMI, M. M.; CORDEIRO, A. C. C.; PEREIRA, J. A.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F.; MENDONÇA, J. A.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; BRONDANI, C. |
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Afiliação: |
LUÍCE GOMES BUENO, bolsista CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO BRONDANI, CNPAF; PAULO HIDEO NAKANO RANGEL, CNPAF; MARLEY MARICO UTUMI, CPAF-RO; ANTONIO CARLOS CENTENO CORDEIRO, CPAF-RR; JOSE ALMEIDA PEREIRA, CPAMN; DANIEL FERNANDEZ FRANCO, CPACT; FRANCISCO PEREIRA MOURA NETO, CNPAF; JOAO ANTONIO MENDONCA, CNPAF; ALEXANDRE SIQUEIRA GUEDES COELHO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE GOIÁS; JAISON PEREIRA DE OLIVEIRA, CNPAF; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF. |
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Título: |
Adaptabilidade e estabilidade de acessos de uma coleção nuclear de arroz. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 47, n. 2, p. 216-226, fev. 2012. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi determinar o potencial produtivo e a interação entre genótipos e ambientes em 550 acessos da Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa. O desempenho, a adaptação e a estabilidade produtiva de cada genótipo foram avaliados por meio da metodologia de análise dos efeitos principais aditivos e interações multiplicativas (AMMI), em nove experimentos de campo, realizados em seis Estados, em condição de sequeiro e irrigada, durante três anos agrícolas. Foi realizada a análise por meio de modelos lineares mistos, e as estimativas de componentes de variância foram obtidas pelo método de máxima verossimilhança residual (REML), com aplicação do procedimento de melhor predição linear não viesada (BLUP) para a predição dos valores genéticos dos efeitos aleatórios (EBLUP) associados a cada um dos acessos. O grupo de acessos com melhor desempenho foi o de linhagens e cultivares brasileiras (LCB), conforme o esperado. No entanto, foram identificadas variedades tradicionais (VT) entre os genótipos mais produtivos, o que mostra o potencial deste grupo de germoplasma em contribuir com novas fontes de variabilidade genética para programas de melhoramento. Foram identificados acessos superiores quanto à estabilidade, adaptabilidade e produtividade de grãos, entre os quais destacam-se CA880078, CA840182 e CNA00091. |
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Palavras-Chave: |
Agronomic characterization; Caracterização agronômica; Coleção nuclear; Mixed linear model; Modelo linear misto; Variedade tradicional. |
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Thesagro: |
Arroz; Genótipo; Oryza sativa; Recurso Genético; Variedade. |
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Thesaurus Nal: |
AMMI; Genetic resources; Heirloom varieties. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/58220/1/oab.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/58355/1/oab.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/69400/1/LuiceCNAE-PAB-2012.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/58440/1/PABv47n2a10.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/162705/1/Adaptabilidade-e-estabilidade-de-acessos.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
06/02/2017 |
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Data da última atualização: |
30/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
CHEN, Z.; HAGEN, D. E.; WANG, J.; ELSIK, C. G.; JI, T.; SIQUEIRA, L. G. B.; HANSEN, P. J.; RIVERA, R. M. |
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Afiliação: |
Zhiyuan Chen, University of Missouri, Columbia, MO, USA; Darren E. Hagen, University of Missouri, Columbia, MO, USA; Juanbin Wang, University of Missouri, Columbia, MO, USA; Christine G. Elsik, University of Missouri, Columbia, MO, USA; Tieming Ji, University of Missouri, Columbia, MO, USA; LUIZ GUSTAVO BRUNO SIQUEIRA, CNPGL; Peter J. Hansen, University of Florida, Gainesville, FL, USA; Rocio M. Rivera, University of Missouri, Columbia, MO. |
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Título: |
Global assessment of imprinted gene expression in the bovine conceptus by next generation sequencing. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Epigenetics, v. 11, n. 7, p. 501-516, 2016. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Abstract Genomic imprinting is an epigenetic mechanism that leads to parental-allele-specific gene expression. Approximately 150 imprinted genes have been identified in humans and mice but less than 30 have been described as imprinted in cattle. For the purpose of de novo identification of imprinted genes in bovine, we determined global monoallelic gene expression in brain, skeletal muscle, liver, kidney and placenta of day ∼105 Bos taurus indicus × Bos taurus taurus F1 conceptuses using RNA sequencing. To accomplish this, we developed a bioinformatics pipeline to identify parent-specific single nucleotide polymorphism alleles after filtering adenosine to inosine (A-to-I) RNA editing sites. We identified 53 genes subject to monoallelic expression. Twenty three are genes known to be imprinted in the cow and an additional 7 have previously been characterized as imprinted in human and/or mouse that have not been reported as imprinted in cattle. Of the remaining 23 genes, we found that 10 are uncharacterized or unannotated transcripts located in known imprinted clusters, whereas the other 13 genes are distributed throughout the bovine genome and are not close to any known imprinted clusters. To exclude potential cis-eQTL effects on allele expression, we corroborated the parental specificity of monoallelic expression in day 86 Bos taurus taurus × Bos taurus taurus conceptuses and identified 8 novel bovine imprinted genes. Further, we identified 671 candidate A-to-I RNA editing sites and describe random X-inactivation in day 15 bovine extraembryonic membranes. Our results expand the imprinted gene list in bovine and demonstrate that monoallelic gene expression can be the result of cis-eQTL effects. MenosAbstract Genomic imprinting is an epigenetic mechanism that leads to parental-allele-specific gene expression. Approximately 150 imprinted genes have been identified in humans and mice but less than 30 have been described as imprinted in cattle. For the purpose of de novo identification of imprinted genes in bovine, we determined global monoallelic gene expression in brain, skeletal muscle, liver, kidney and placenta of day ∼105 Bos taurus indicus × Bos taurus taurus F1 conceptuses using RNA sequencing. To accomplish this, we developed a bioinformatics pipeline to identify parent-specific single nucleotide polymorphism alleles after filtering adenosine to inosine (A-to-I) RNA editing sites. We identified 53 genes subject to monoallelic expression. Twenty three are genes known to be imprinted in the cow and an additional 7 have previously been characterized as imprinted in human and/or mouse that have not been reported as imprinted in cattle. Of the remaining 23 genes, we found that 10 are uncharacterized or unannotated transcripts located in known imprinted clusters, whereas the other 13 genes are distributed throughout the bovine genome and are not close to any known imprinted clusters. To exclude potential cis-eQTL effects on allele expression, we corroborated the parental specificity of monoallelic expression in day 86 Bos taurus taurus × Bos taurus taurus conceptuses and identified 8 novel bovine imprinted genes. Further, we identified 671 candidate A-to-I RNA edit... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
A-to-I RNA editing; Allele-specific gene expression; Next generation sequencing; X chromosome inactivation. |
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Thesaurus NAL: |
genomic imprinting. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/154835/1/Cnpgl-2016-Epigenetics-Global.pdf
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Marc: |
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520 $aAbstract Genomic imprinting is an epigenetic mechanism that leads to parental-allele-specific gene expression. Approximately 150 imprinted genes have been identified in humans and mice but less than 30 have been described as imprinted in cattle. For the purpose of de novo identification of imprinted genes in bovine, we determined global monoallelic gene expression in brain, skeletal muscle, liver, kidney and placenta of day ∼105 Bos taurus indicus × Bos taurus taurus F1 conceptuses using RNA sequencing. To accomplish this, we developed a bioinformatics pipeline to identify parent-specific single nucleotide polymorphism alleles after filtering adenosine to inosine (A-to-I) RNA editing sites. We identified 53 genes subject to monoallelic expression. Twenty three are genes known to be imprinted in the cow and an additional 7 have previously been characterized as imprinted in human and/or mouse that have not been reported as imprinted in cattle. Of the remaining 23 genes, we found that 10 are uncharacterized or unannotated transcripts located in known imprinted clusters, whereas the other 13 genes are distributed throughout the bovine genome and are not close to any known imprinted clusters. To exclude potential cis-eQTL effects on allele expression, we corroborated the parental specificity of monoallelic expression in day 86 Bos taurus taurus × Bos taurus taurus conceptuses and identified 8 novel bovine imprinted genes. Further, we identified 671 candidate A-to-I RNA editing sites and describe random X-inactivation in day 15 bovine extraembryonic membranes. Our results expand the imprinted gene list in bovine and demonstrate that monoallelic gene expression can be the result of cis-eQTL effects.
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653 $aX chromosome inactivation
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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