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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
11/11/2015 |
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Data da última atualização: |
18/05/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, G. A. F.; DANTAS, J. L. L.; OLIVEIRA, E. J. de. |
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Afiliação: |
G. A. F. OLIVEIRA, UFRB; JORGE LUIZ LOYOLA DANTAS, CNPMF; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
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Título: |
Development and validation of minisatellite markers for Carica papaya. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Biologia Plantarum, v. 59, n.4, p 686-694, 2015. |
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DOI: |
10.1007/s10535-015-0551-9686 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Whereas microsatellite markers are well described, there are few studies investigating minisatellites. Therefore, this study aimed to identify, characterize, and validate minisatellite loci for papaya (Carica papaya L.). The entire papaya genome, which covers 330 Mb, was used to mine minisatellites with motifs ranging from 6 to 500 bp, and at least six replicates and 82 loci were validated in a set of 24 accessions. A total of 1 730 minisatellite loci were identified, located in 695 sequences, with an average of one minisatellite every 156 kb. Variation in GC content ranged from 0.00 to 83.84 % with an average of 28.84 % indicating that these papaya minisatellites are AT rich. Motifs of up to 20 bases represented 71.45 % of the markers. In addition, the observed variation in the number of motif repeats was from 6 to 186 with an average of 9.27 per minisatellite. Independent of the classification, the frequency of minisatellites decreased with an increase in the number of repeating units. Among the validated loci, 48.78 % were found to be polymorphic, and the number of alleles (NA) ranged from two to seven with a mean of 3.10. The average polymorphic information content (PIC), expected heterozygosity (He), and observed heterozygosity (Ho) were 0.38, 0.43, and 0.11, respectively. According to genetic diversity parameters, such as NA, He, and PIC, no significant correlations were found among the size of motifs, the number of repeats, and the GC content of these minisatellites. This study clearly demonstrates the polymorphism of minisatellites and their potential use in detection of intraspecific genetic variations in C. papaya. The results will be useful when managing genetic resources and plant breeding. MenosWhereas microsatellite markers are well described, there are few studies investigating minisatellites. Therefore, this study aimed to identify, characterize, and validate minisatellite loci for papaya (Carica papaya L.). The entire papaya genome, which covers 330 Mb, was used to mine minisatellites with motifs ranging from 6 to 500 bp, and at least six replicates and 82 loci were validated in a set of 24 accessions. A total of 1 730 minisatellite loci were identified, located in 695 sequences, with an average of one minisatellite every 156 kb. Variation in GC content ranged from 0.00 to 83.84 % with an average of 28.84 % indicating that these papaya minisatellites are AT rich. Motifs of up to 20 bases represented 71.45 % of the markers. In addition, the observed variation in the number of motif repeats was from 6 to 186 with an average of 9.27 per minisatellite. Independent of the classification, the frequency of minisatellites decreased with an increase in the number of repeating units. Among the validated loci, 48.78 % were found to be polymorphic, and the number of alleles (NA) ranged from two to seven with a mean of 3.10. The average polymorphic information content (PIC), expected heterozygosity (He), and observed heterozygosity (Ho) were 0.38, 0.43, and 0.11, respectively. According to genetic diversity parameters, such as NA, He, and PIC, no significant correlations were found among the size of motifs, the number of repeats, and the GC content of these minisatellites. ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Carica Papaya; Mamão; Variação genética. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic variation. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
10/04/2018 |
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Data da última atualização: |
02/05/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 2 |
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Autoria: |
MARSARO, C. B.; NAKAJIMA, N. Y.; MACHADO, S. do A.; MELO, L. O.; RUSCHEL, A. R.; CASTRO, L. C. de; DOMINGUES, L.; SILVA, S. A. |
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Afiliação: |
Cristiane Boscaro Marsaro, UFPR; Nelson Yoshihiro Nakajima, UFPR; Sebastião do Amaral Machado, UFPR; Lia Oliveira Melo, UFOPA; ADEMIR ROBERTO RUSCHEL, CPATU; Luana Casusa de Castro, UFPR; Leticia Domingues, UFPR; Samuel Alves Silva, UFPR. |
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Título: |
Eficiência relativa de duas configurações de parcelas de área fixa para inventário do potencial madeireiro na Amazônia Oriental. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Nativa, Sinop, v. 5, n. esp., p. 574-580, dez. 2017. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O objetivo desta pesquisa foi comparar a eficiência relativa quanto a estimativa das variáveis diâmetro médio a 1,30 m do solo ( ), número de árvores, área basal e volume com casca por hectare, de duas configurações do método de amostragem de área fixa em parcelas de 2000 m². A primeira com dimensões de 20m x 100m não estratificada e outra com dimensões de 10m x 200m estratificada. Ambas instaladas em uma área de Floresta Ombrófila Densa de Terra Firme não explorada localizada na Floresta Nacional de Tapajós, estado do Pará. Utilizou-se o delineamento inteiramente casualizado com quatro repetições para comparação das configurações de parcela. Foram sorteadas quatro unidades amostrais nas quais foram medidos os DAPs de todos os indivíduos acima de 10 cm, bem como cronometrado o tempo desde a alocação das parcelas até o fim das mensurações. Os resultados obtidos com base na eficiência relativa mostraram que o melhor método para estimativa das variáveis estudadas foi o da parcela sem estratificação. Entretanto, não houve diferença estatística significativa entre as estimativas das duas configurações, assim, devido ao menor tempo consumido na medição e alocação das parcelas, pode-se concluir que a configuração com estratificação apresentou o melhor custo-benefício. |
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Palavras-Chave: |
Floresta Nacional do Tapajós; Forma de parcelas; Método de amostragem. |
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Thesagro: |
Floresta; Inventário florestal. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/175219/1/5230-19888-1-PB.pdf
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Marc: |
LEADER 02164naa a2200265 a 4500
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245 $aEficiência relativa de duas configurações de parcelas de área fixa para inventário do potencial madeireiro na Amazônia Oriental.$h[electronic resource]
260 $c2017
520 $aO objetivo desta pesquisa foi comparar a eficiência relativa quanto a estimativa das variáveis diâmetro médio a 1,30 m do solo ( ), número de árvores, área basal e volume com casca por hectare, de duas configurações do método de amostragem de área fixa em parcelas de 2000 m². A primeira com dimensões de 20m x 100m não estratificada e outra com dimensões de 10m x 200m estratificada. Ambas instaladas em uma área de Floresta Ombrófila Densa de Terra Firme não explorada localizada na Floresta Nacional de Tapajós, estado do Pará. Utilizou-se o delineamento inteiramente casualizado com quatro repetições para comparação das configurações de parcela. Foram sorteadas quatro unidades amostrais nas quais foram medidos os DAPs de todos os indivíduos acima de 10 cm, bem como cronometrado o tempo desde a alocação das parcelas até o fim das mensurações. Os resultados obtidos com base na eficiência relativa mostraram que o melhor método para estimativa das variáveis estudadas foi o da parcela sem estratificação. Entretanto, não houve diferença estatística significativa entre as estimativas das duas configurações, assim, devido ao menor tempo consumido na medição e alocação das parcelas, pode-se concluir que a configuração com estratificação apresentou o melhor custo-benefício.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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