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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
05/11/2021 |
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Data da última atualização: |
29/12/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MATOSINHO, C. G. R.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S.; OLIVEIRA, F. S. de; SANTOS, F. G. dos; ARAÚJO, F. M. G.; SALIM, A. C. de M.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; PIRES, D. E. V.; CARVALHO, M. R. S. |
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Afiliação: |
CAROLINA GUIMARÃES RAMOS MATOSINHO, Universidade Federal de Minas Gerais; IZINARA CRUZ ROSSE, Universidade Federal de Ouro Preto; PABLO AUGUSTO SOUZA FONSECA, University of Guelph; FRANCISLON SILVA DE OLIVEIRA, Fiocruz; FAUSTO GONÇALVES DOS SANTOS, Fiocruz; FLÁVIO MARCOS GOMES ARAÚJO, Fiocruz; ANNA CHRISTINA DE MATOS SALIM, Fiocruz; BEATRIZ CORDENONSI LOPES, Epamig; WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; GUILHERME OLIVEIRA, Instituto Tecnológico Vale; DOUGLAS EDUARDO VALENTE PIRES, University of Melbourne; MARIA RAQUEL SANTOS CARVALHO, Universidade Federal de Minas Gerais. |
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Título: |
Identifcation and in silico characterization of structural and functional impacts of genetic variants in milk protein genes in the Zebu breeds Guzerat and Gyr. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Tropical Animal Health and Production, v. 53, n. 6, 524, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11250-021-02970-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Whole genome sequencing of bovine breeds has allowed identifcation of genetic variants in milk protein genes. However, functional repercussion of such variants at a molecular level has seldom been investigated. Here, the results of a multistep Bioinformatic analysis for functional characterization of recently identifed genetic variants in Brazilian Gyr and Guzerat breeds is described, including predicted efects on the following: (i) evolutionary conserved nucleotide positions/regions; (ii) protein function, stability, and interactions; (iii) splicing, branching, and miRNA binding sites; (iv) promoters and transcription factor binding sites; and (v) collocation with QTL. Seventy-one genetic variants were identifed in the caseins (CSN1S1, CSN2, CSN1S2, and CSN3), LALBA, LGB, and LTF genes. Eleven potentially regulatory variants and two missense mutations were identifed. LALBA Ile60Val was predicted to afect protein stability and fexibility, by reducing the number the disulfde bonds established. LTF Thr546Asn is predicted to generate steric clashes, which could mildly afect iron coordination. In addition, LALBA Ile60Val and LTF Thr546Asn afect exonic splicing enhancers and silencers. Consequently, both mutations have the potential of afecting immune response at individual level, not only in the mammary gland. Although laborious, this multistep procedure for classifying variants allowed the identifcation of potentially functional variants for milk protein genes. |
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Palavras-Chave: |
In silico variant analysis. |
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Thesagro: |
Bovino; Caseína; Leite; Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Casein; Cattle; Lactoferrin; Milk proteins. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 02787naa a2200433 a 4500
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005 2021-12-29
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520 $aWhole genome sequencing of bovine breeds has allowed identifcation of genetic variants in milk protein genes. However, functional repercussion of such variants at a molecular level has seldom been investigated. Here, the results of a multistep Bioinformatic analysis for functional characterization of recently identifed genetic variants in Brazilian Gyr and Guzerat breeds is described, including predicted efects on the following: (i) evolutionary conserved nucleotide positions/regions; (ii) protein function, stability, and interactions; (iii) splicing, branching, and miRNA binding sites; (iv) promoters and transcription factor binding sites; and (v) collocation with QTL. Seventy-one genetic variants were identifed in the caseins (CSN1S1, CSN2, CSN1S2, and CSN3), LALBA, LGB, and LTF genes. Eleven potentially regulatory variants and two missense mutations were identifed. LALBA Ile60Val was predicted to afect protein stability and fexibility, by reducing the number the disulfde bonds established. LTF Thr546Asn is predicted to generate steric clashes, which could mildly afect iron coordination. In addition, LALBA Ile60Val and LTF Thr546Asn afect exonic splicing enhancers and silencers. Consequently, both mutations have the potential of afecting immune response at individual level, not only in the mammary gland. Although laborious, this multistep procedure for classifying variants allowed the identifcation of potentially functional variants for milk protein genes.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 95 | |
| 81. |  | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American Frehwater fish tambaqui (Colossoma macroponum) by deep sequenciang of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. P0484.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 82. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0484.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 83. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0484.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 84. | | PELÓGIA, M. E. S.; CERQUEIRA, E. S. F.; SILVEIRA, C. P. B.; ROLIM, G. S.; FECHIS, A. D. S.; ROCHA, T. A. S. S.; LAUS, J. L.; OLIVEIRA, F. S. Suture and venous traction test analysis in dogs fixed in alcohol and preserved in saline solution. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 38, n. 9, p. 1834-1837, setembro 2018 Título em português: Análise de sutura e de teste de tração venosa em cães fixados em álcool e conservados em solução salina.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 85. | | ALBUQUERQUE, J. R. T. de; LINS, H. A.; SANTOS, M. G. dos; FREITAS, M. A. M. de; OLIVEIRA, F. S. de; SOUZA, A. R. E. de; SILVEIRA, L. M. da; NUNES, G. H. de S.; BARROS JÚNIOR, A. P.; VIEIRA, P. F. de M. J. Adaptability and stability of soybean (Glycine max L.) genotypes in semiarid conditions. Euphytica, v. 218, n. 61, 2022. 12 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 86. | | ALBUQUERQUE, J. R. T. de; LINS, H. A.; SANTOS, M. G. dos; FREITAS, M. A. M. de; OLIVEIRA, F. S. de; SOUZA, A. R. E. de; SILVEIRA, L. M. da; NUNES, G. H. de S.; BARROS JÚNIOR, A. P.; VIEIRA, P. F. de M. J. Influence of genotype-environment interaction on soybean (Glycine max L.) genetic divergence under semiarid conditions. Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias UNCUYO, v. 54, n. 1, p. 1-12, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 87. | | MATOSINHO, C. G. R.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; ARAUJO, F.; SALIM, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; COIMBRA, R. S.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Identification and functional analysis in silico of polymorphisms in milk protein genes of Guzerá and Gir cattle In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 61., 2015, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 88. | | MATOSINHO, C. G. R.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S.; OLIVEIRA, F. S. de; SANTOS, F. G. dos; ARAÚJO, F. M. G.; SALIM, A. C. de M.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; PIRES, D. E. V.; CARVALHO, M. R. S. Identifcation and in silico characterization of structural and functional impacts of genetic variants in milk protein genes in the Zebu breeds Guzerat and Gyr. Tropical Animal Health and Production, v. 53, n. 6, 524, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 89. | | ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the Guzerá breed identified by whole-genome sequencing. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DE MINAS GERAIS: PESQUISA E PÓS GRADUAÇÃO, 5., 2014, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Genética, 2014. p. 74. Engemig 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 90. | | ROSSE, I. C.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI NETO, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARAES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the guzera breed identified by whole-genome sequencing. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DE MINAS GERAIS: PESQUISA E PÓS GRADUAÇÃO, 5., 2014, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Genética, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 94. | | CRUZ, I. R.; GERALDO, J. A.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAÚJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G. Whole genome sequencing of Guzerá breed revealed SNPS with potentialimplication for milk production. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. Pôster P561.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 95. | | ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI NETO, A.; VOLPINI, A.; DOMINITINI, A. J.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; COIMBRA, R. S.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Whole genome sequencing of Guzera cattle reveals genetic variants in candidate genes for production, disease resistance, and heat tolerance. Mammalian Genome, v. 28, n. 1-2, p. 66-80, 2017. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Rui S. Verneque.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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