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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
06/04/2020 |
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Data da última atualização: |
20/04/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, F. A. de; VIGNA, B. B. Z.; SILVA, C. C. da; FAVERO, A. P.; MATTA, F. de P.; AZEVEDO, A. L. S.; SOUZA, A. P. de. |
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Afiliação: |
Fernanda A. de Oliveira, UNICAMP; BIANCA BACCILI ZANOTTO VIGNA, CPPSE; Carla C. da Silva, UNICAMP; ALESSANDRA PEREIRA FAVERO, CPPSE; FREDERICO DE PINA MATTA, CPPSE; ANA LUISA SOUSA AZEVEDO, CNPGL; Anete P. de Souza, UNICAMP. |
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Título: |
Coexpression and transcriptome analyses identify active apomixis-related genes in Paspalum notatum leaves. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 21, n. 78, 2020. |
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Páginas: |
15 p. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-020-6518-z |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background - Paspalum notatum exhibits both sexual and apomictic cytotypes and, thus, is considered a good model for studies of apomixis because it facilitates comparative approaches. In this work, transcriptome sequencing was used to compare contrasting P. notatum cytotypes to identify differential expression patterns and candidate genes involved in the regulation of expression of this trait. Results - We built a comprehensive transcriptome using leaf and inflorescence from apomictic tetraploids and sexual diploids/tetraploids and a coexpression network based on pairwise correlations between transcript expression profiles. We identified genes exclusively expressed in each cytotype and genes differentially expressed between pairs of cytotypes. Gene Ontology enrichment analyses were performed to better interpret the data. We de novo assembled 114,306 reference transcripts. In total, 536 candidate genes possibly associated with apomixis were detected through statistical analyses of the differential expression data, and several interacting genes potentially linked to the apomixis-controlling region, genes that have already been reported in the literature, and their neighbors were transcriptionally related in the coexpression network. Conclusions - Apomixis is a highly desirable trait in modern agriculture due to the maintenance of the characteristics of the mother plant in the progeny. The reference transcriptome, candidate genes and their coexpression network identified in this work represent rich resources for future grass breeding programs. MenosBackground - Paspalum notatum exhibits both sexual and apomictic cytotypes and, thus, is considered a good model for studies of apomixis because it facilitates comparative approaches. In this work, transcriptome sequencing was used to compare contrasting P. notatum cytotypes to identify differential expression patterns and candidate genes involved in the regulation of expression of this trait. Results - We built a comprehensive transcriptome using leaf and inflorescence from apomictic tetraploids and sexual diploids/tetraploids and a coexpression network based on pairwise correlations between transcript expression profiles. We identified genes exclusively expressed in each cytotype and genes differentially expressed between pairs of cytotypes. Gene Ontology enrichment analyses were performed to better interpret the data. We de novo assembled 114,306 reference transcripts. In total, 536 candidate genes possibly associated with apomixis were detected through statistical analyses of the differential expression data, and several interacting genes potentially linked to the apomixis-controlling region, genes that have already been reported in the literature, and their neighbors were transcriptionally related in the coexpression network. Conclusions - Apomixis is a highly desirable trait in modern agriculture due to the maintenance of the characteristics of the mother plant in the progeny. The reference transcriptome, candidate genes and their coexpression network identified in thi... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Differential expression; Gene coexpression network; RNA sequencing. |
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Thesaurus Nal: |
Apomixis; Paspalum. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/212171/1/CoexpressionTranscriptomeAnalyses.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1129868/1/Coexpression-and-transcriptome-analyses-identify-active-apomixis-related-genes-in-Paspalum.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 25 | |
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| 8. | | SILVA, M. A. V.; COSTA, J. M. N. da; ANDRADE, V. M. S. de; FERREIRA, W. P. M.; OLIVEIRA, E. C. de. Semeadura do milho para a região de Barreiras, BA, baseada na probabilidade de ocorrência de periódos secos e chuvosos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 15., 2008, São Paulo. A meteorologia e a cidade: [anais]. São Paulo: SBMET, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 9. | | SILVA, M. A. V.; COSTA, J. M. N. da; ANDRADE, V. M. S. de; FERREIRA, W. P. M.; SANS, L. M. A.; OLIVEIRA, E. C. de. Eficiência de conversão da radiação fotossinteticamente ativa para a produção de fitomassa no milho BR 106. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 15., 2008, São Paulo. A meteorologia e a cidade: [anais]. São Paulo: SBMET, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | OLIVEIRA, P. S.; SANTANA JÚNIOR, M. L.; PEDROSA, V. B.; OLIVEIRA, E. C. de M.; ELER, J. P.; FERRAZ, J. B. S. Estrutura populacional de rebanho fechado da raça Nelore da linhagem Lemgruber. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 6, p. 639-647, jun. 2011 Título em inglês: Population structure of a closed herd of Nellore cattle of the Lemgruber line.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 11. | | NEVES, L. de O.; COSTA, J. M. N. da; COSTA, A. C. L. da; FERREIRA, W. P. M.; ANDRADE, V. M.; OLIVEIRA, F. A.; OLIVEIRA, E. C. de. Partição dos componentes do balanço de energia na cultura do fejião caupi (Vigna uniguiculata (L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 15., 2007, Aracaju. Efeito das mudanças climáticas na agricultura: anais... Aracaju: Sociedade Brasileira de Agrometeorologia: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 12. | | SILVA, M. A. V. da; ANDRADE, V. M. S. de; FERREIRA, W. P. M.; OLIVEIRA, E. C. de; COSTA, J. M. N. da; GONÇALVES, P. H. L. Influência da temperatura do ar e da radiação fotossinteticamente ativa no crescimento e desenvolvimento do milho BR 106 cultivado sob plantio direto. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 16., 2010, Belém. A Amazônia e o clima global: anais. Belém: SBMET, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | SILVA, M. A. V.; COSTA, J. M. N. da; ANDRADE, V. M. S. de; FERREIRA, W. P. M.; SANS, L. M. A.; OLIVEIRA, E. C. de. Desempenho do método de Penman-Monteith para estimativa do fluxo de vapor, em base horária, para a fase reprodutiva em uma cultura de milho. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 15., 2008, São Paulo. A meteorologia e a cidade: [anais]. São Paulo: SBMET. 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 14. | | SILVA, M. A. V.; FERREIRA, W. P. M.; ANDRADE, V. M. S. de; COSTA, J. M. N. da; SANS, L. M. A.; OLIVEIRA, E. C. de. Desempenho do método de Penman-Monteith para estimativa do fluxo de vapor, em base horária, para a fase reprodutiva em uma cultura de milho. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 27.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 3.; WORKSHOP SOBRE MANEJO E ETIOLOGIA DA MANCHA BRANCA DO MILHO, 2008, Londrina. Agroenergia, produção de alimentos e mudanças climáticas: desafios para milho e sorgo: trabalhos e palestras. [Londrina]: IAPAR; [Sete Lagoas]: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 15. | | OLIVEIRA, E. C. de; COSTA, J. M. N. da; PAULA JÚNIOR, T. J. de; FERREIRA, W. P. M.; NEVES, L. O. Uso do modelo CROPGRO-Drybean na determinação das melhores datas de semeadura da "seca" para a região de Viçosa, MG. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 17., 2011, Guarapari. Riscos climáticos e cenários agrícolas futuros: anais... Guarapari: Incaper, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 17. | | ROQUE, N.; OLIVEIRA, E. C. de; MOURA, L.; QUARESMA, A. S.; OGASAWARA, H. A.; ALVES, M.; SANTANA, F. A.; HEIDEN, G.; CAIRES, T. A.; BASTOS, N. G.; LIMA, G. M.; BAUTISTA, H. P. Asteraceae no Município de Mucugê, Chapada Diamantina, Bahia, Brasil¹. Rodriguésia, v. 67, n. 1, p. 125-202, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
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