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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
18/01/2023 |
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Data da última atualização: |
11/04/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; GLATZL JUNIOR, L. A.; ROCHA, R. de F. B.; SANTOS, M. G. dos; OLIVEIRA, D. A. de; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
ARIELLY OLIVEIRA GARCIA, Universidade Federal de Viçosa; PAMELA ITAJARA OTTO, Universidade Federal de Santa Maria; LUIZ AFONSO GLATZL JUNIOR, Universidade Federal de Juiz de Fora; RENATA DE FÁTIMA BRETANHA ROCHA, Universidade Federal de Viçosa; MATEUS GUIMARÃES DOS SANTOS, Universidade Federal de Viçosa; DANIELE ALVES DE OLIVEIRA, Universidade Federal de Santa Maria; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; SIMONE ELIZA FACIONI GUIMARÃES, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
Pedigree reconstruction and population structure using SNP markers in Gir cattle. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Genetics, v. 64, p. 329-340, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s13353-023-00747-x |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Our objective was to establish a SNPs panel for pedigree reconstruction using microarrays of different densities and evaluate the genomic relationship coefficient of the inferred pedigree, in addition to analyzing the population structure based on genomic analyses in Gir cattle. For parentage analysis and genomic relationship, 16,205 genotyped Gir animals (14,458 females and 1747 males) and 1810 common markers to the four SNP microarrays were used. For population structure analyses, including linkage disequilibrium, effective population size, and runs of homozygosity (ROH), genotypes from 21,656 animals were imputed. Likelihood ratio (LR) approach was used to reconstruct the pedigree, deepening the pedigree and showing it is well established in terms of recent information. Coefficients for each relationship category of the inferred pedigree were adequate. Linkage disequilibrium showed rapid decay. We detected a decrease in the effective population size over the last 50 generations, with the average generation interval around 9.08 years. Higher ROH-based inbreeding coefficient in a class of short ROH segments, with moderate to high values, was also detected, suggesting bottlenecks in the Gir genome. Breeding strategies to minimize inbreeding and avoid massive use of few proven sires with high genetic value are suggested to maintain genetic variability in future generations. In addition, we recommend reducing the generation interval to maximize genetic progress and increase effective population size. MenosOur objective was to establish a SNPs panel for pedigree reconstruction using microarrays of different densities and evaluate the genomic relationship coefficient of the inferred pedigree, in addition to analyzing the population structure based on genomic analyses in Gir cattle. For parentage analysis and genomic relationship, 16,205 genotyped Gir animals (14,458 females and 1747 males) and 1810 common markers to the four SNP microarrays were used. For population structure analyses, including linkage disequilibrium, effective population size, and runs of homozygosity (ROH), genotypes from 21,656 animals were imputed. Likelihood ratio (LR) approach was used to reconstruct the pedigree, deepening the pedigree and showing it is well established in terms of recent information. Coefficients for each relationship category of the inferred pedigree were adequate. Linkage disequilibrium showed rapid decay. We detected a decrease in the effective population size over the last 50 generations, with the average generation interval around 9.08 years. Higher ROH-based inbreeding coefficient in a class of short ROH segments, with moderate to high values, was also detected, suggesting bottlenecks in the Gir genome. Breeding strategies to minimize inbreeding and avoid massive use of few proven sires with high genetic value are suggested to maintain genetic variability in future generations. In addition, we recommend reducing the generation interval to maximize genetic progress and increase ef... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Bovino; DNA; Endogamia; Gado Gir; Marcador Genético. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/248991/1/Pedigree-reconstruction-and-population-structure-using-SNP-markers-in-Gir-cattle.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 32 | |
| 22. |  | OLIVEIRA, D. A. de; LOBATO, A. T.; BASTOS, A. J. R.; FERNANDES, J. R. Q.; RODRIGUES, J. D. B.; ALVES, R. M. Avaliação de produção e ocorrência de vassoura de bruxa em progênies de cupuaçu (Theobroma grandiflorum (Wild. ex Spring) Schumann) no município de Terra Alta - PA. In: SIMPÓSIO DE FRUTICULTURA SUSTENTÁVEL NO NORDESTE PARAENSE, 2., 2016, Tomé-Açu. Anais... Tomé-Açu: UFRA, 2016. p. 23-25.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 23. | | TEIXEIRA, A. L.; BASTOS, A. J. R.; OLIVEIRA, D. A. de; FERNANDES, J. R. Q.; RODRIGUES, J. D. B.; ALVES, R. M. Seleção de progênies experimentais de Theobroma grandiflorum possivelmente tolerantes à Moniliophthora perniciosa. In: SIMPÓSIO DE FRUTICULTURA SUSTENTÁVEL NO NORDESTE PARAENSE, 2., 2016, Tomé-Açu. Anais... Tomé-Açu: UFRA, 2016. p. 26-28.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 24. | | OLIVEIRA, D. A. de; PEREIRA, A. C. da C.; ALMEIDA, U. V. de; OLIVEIRA, E. D. de; MOURA, P. de M.; SILVA, M. S. L. da; SILVA, A. F.; GOMES, T. C. de A.; BEZERRA, B. R. Caracterização de solos adensados e/ou compactados sob cultivo de uva de mesa no Nordeste do Brasil. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 15., 2004, Santa Maria. Anais... Santa Maria: UFSM: SBCS, 2004. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 25. | | SILVA, M. S. L. da; KLAMT, E.; SANTOS, M. C. dos; ALMEIDA, B. G. de; CAVALCANTI, A. C.; OLIVEIRA, D. A. de; OLIVEIRA, E. D. de; GOMES, T. C. de A. Caracterização micromorfológica de solos dos tabuleiros sertanejos da região Nordeste do Brasil. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 15., 2004, Santa Maria. Anais... Santa Maria: UFSM: SBCS, 2004. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 26. | | OLIVEIRA, D. A. de; OLIVEIRA, E. D. de; MOURA, P. de M.; COSTA, D. M. S.; SILVA, M. S. L. da; MACHADO, J. de C.; GOMES, T. C. de A.; SILVA, A. F. Produção de fitomassa e distribuição radicular de leguminosas cultivadas no Vale do Submédio São Francisco na região Nordeste do Brasil. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 26.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 10.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 8.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO - FERTIBIO 2004, 5., 2004, Lages, SC. [Anais...]. Lages: SBCS, 2004. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 27. | | FERREIRA, S. da C.; NAKASONE, A. K.; NASCIMENTO, S. M. C. do; OLIVEIRA, D. A. de; SIQUEIRA, A. S.; CUNHA, E. F. M.; CASTRO, G. L. S. de; SOUZA, C. R. B. de. Isolation and characterization of cassava root endophytic bacteria with the ability to promote plant growth and control the in vitro and in vivo growth of Phytopythium sp. Physiological and Molecular Plant Pathology, v. 116, Article 101709, Dec. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 28. | | MACHADO, J. de C.; OLIVEIRA, D. A. de; OLIVEIRA, E. D. de; MOURA, P. M. de; ALTINO, L. R. da S.; SILVA, M. S. L. da; GOMES, T. C. de A.; SILVA, A. F. Desenvolvimento do sistema radicular de espécies vegetais para cobertura do solo. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 15., 2004, Santa Maria. Anais... Santa Maria: UFSM: SBCS, 2004. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 29. | | MOURA, P. M. de; GAVA, C. A. T.; OLIVEIRA, D. A. de; SILVA, E. dos S.; OLIVEIRA, E. D. de; SILVA, M. S. L. da; GOMES, T. C. de A.; SILVA, A. F. Efeito da fitomassa vegetal sobre a germinação de sementes e crescimento inicial do melão. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 15., 2004, Santa Maria. Anais... Santa Maria: UFSM: SBCS, 2004. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 30. | | SILVA, M. S. L. da; SILVA, F. H. B. B. da; CAVALCANTI, A. C.; OLIVEIRA, E. D. de; MOURA, P. de M.; OLIVEIRA, D. A. de; GOMES, T. C. de A.; BEZERRA, B. R. Química e mineralogia das principais classes de solos dos tabuleiros sertanejos da região Nordeste do Brasil. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 26.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 10.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 8.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO - FERTIBIO 2004, 5., 2004, Lages, SC. Anais... Lages: SBCS, 2004. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 31. | | GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; GLATZL JUNIOR, L. A.; ROCHA, R. de F. B.; SANTOS, M. G. dos; OLIVEIRA, D. A. de; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, S. E. F. Pedigree reconstruction and population structure using SNP markers in Gir cattle. Journal of Applied Genetics, v. 64, p. 329-340, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
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| 32. | | ABRAHÃO, A. A.; MACHADO, A. M. R.; FRASSONI, A.; SHEILA, B.; CARVALHO, C. H.; MIRANDA, C. A.; OLIVEIRA, D. A. de; ROMERO, F. C.; WERNECK, G.; SOUZA, G. dos S.; COUTO, H. A. R. do; ERVILHA, I. C.; VILLARDI, J. W.; DOBRE, L. G.; AMORIM, M.; NAKASHIMA, M. M.; MATTOS, P. P. de; CONNERTON, P. J.; MELO, P.; CLEMENTE, R. F.; COELHO, S. M. S. da C.; BRAZ, S. N.; CAVENDISH, T.; SILVA, T. H. da; FERREIRA, V. de P.; BARROCAS, P. R. G. Ambiente urbano. In: IBAMA. Relatório de qualidade do meio ambiente: RQMA: Brasil 2020. Brasília, DF, 2022. Cap. 7, p. 424-492. Selo ODS: ODS-1; ODS-3; ODS-4; ODS-6; ODS-8; ODS-9; ODS-11; ODS-12.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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