| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
|
Data corrente: |
03/05/2021 |
|
Data da última atualização: |
12/08/2021 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. DE; OLIVEIRA, K. S. DE; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. |
|
Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCAR; MARCELA MARIA DE SOUZA, Iowa State University; KARINA SANTOS DE OLIVEIRA, UFSCAR; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCAR; JULIANA AFONSO, USP ESALQ; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO, FAPESP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ LEHMANN COUTINHO, USP ESALQ; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
|
Título: |
Muscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus. |
|
Ano de publicação: |
2021 |
|
Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v.11, p.1-14, 2021. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-021-86782-2 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
Article number: 7321. |
|
Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and epigenetic mechanisms can afect multiple variants to modulate the allelic expression. Some of the potential regulatory variants described here were associated with the expression pattern of genes related to interesting phenotypes for livestock. Thus, these variants might be useful for the comprehension of the genetic control of these phenotypes. MenosSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Animal biotechnology; Functional genomics; Gene regulation. |
|
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Gene expression; Genetic markers; Genetics; Genome; Genomics; Genotype. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225126/1/Muscle-Allele-Specifc.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02915naa a2200373 a 4500
001 2131644
005 2021-08-12
008 2021 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1038/s41598-021-86782-2$2DOI
100 1 $aBRUSCADIN, J. J.
245 $aMuscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus.$h[electronic resource]
260 $c2021
500 $aArticle number: 7321.
520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and epigenetic mechanisms can afect multiple variants to modulate the allelic expression. Some of the potential regulatory variants described here were associated with the expression pattern of genes related to interesting phenotypes for livestock. Thus, these variants might be useful for the comprehension of the genetic control of these phenotypes.
650 $aAnimal breeding
650 $aGene expression
650 $aGenetic markers
650 $aGenetics
650 $aGenome
650 $aGenomics
650 $aGenotype
653 $aAnimal biotechnology
653 $aFunctional genomics
653 $aGene regulation
700 1 $aSOUZA, M. M. DE
700 1 $aOLIVEIRA, K. S. DE
700 1 $aROCHA, M. I. P.
700 1 $aAFONSO, J.
700 1 $aCARDOSO, T. F.
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
700 1 $aNICIURA, S. C. M.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tScientific Reports$gv.11, p.1-14, 2021.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 360 | |
| 81. |  | FIDALGO, E. C. C.; PRADO, R. B.; FERRAZ, R. P. D.; GONCALVES, A. O.; DANTAS, M. E.; MANSUR, K. L.; MARTINS, A. M.; HISSA, H. R.; CALDEIRA, N. Diagnóstico do meio físico das bacias hidrográficas do entorno da Mata do Carvão (BHMC), Noroeste do Estado do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro: Embrapa Solos, 2005. 82 p. il. color. (Embrapa Solos. Documentos, 78). Na publicação: Helga Restum Hissa Manzatto.| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
|    |
| 82. | | GONCALVES, A. O.; PALMIERI, F.; MARTORANO, L. G.; MOTTA, P. E. F. da; SAID, U. P.; LIGARRETA, C.; SOUZA, D. M. de; SANTOS, L. C. de O. Boletim agrometeorológico: Município de Miracema, 2002. Rio de Janeiro: Embrapa Solos, 2003. 31 p. (Embrapa Solos. Documentos, 54).| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 83. | | BATISTA, A. P.; SCHULER, A. E.; PRADO, R. B.; CARVALHO JUNIOR, W. de; GONCALVES, A. O.; MACEDO, J. R. de; ARAÚJO, R. S. de. Metodologia de análise do risco erosivo e sua relação com Áreas de Preservação Permanente: aplicação à microbacia do Rio Santa Maria, Estado do Rio de Janeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios. [Viçosa, MG]: SBCS; Fortaleza: UFC, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 84. | | VIANNA, L. L.; PRADIEÉ, J.; ANGHINONI, L. B.; SANTOS, E. C.; GONÇALVES, A. O.; CORRÊA, M. N.; PEGORARO, L. M. C. Utilização de mini gradientes na seleção espermática para a produção in vitro de embriões bovinos. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 86. | | CALDERANO FILHO, B.; ANDRADE, A. G. de; RAMALHO FILHO, A.; PRADO, R. B.; GONCALVES, A. O.; SOUZA, J. S. de; LUZ, L. D. Uso e cobertura das terras da área do entorno do reservatório da Usina Hidrelétrica de Tombos, no Estado de Minas Gerais. Rio de Janeiro: Embrapa Solos, 2005. 31 p. il. color. (Embrapa Solos. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 89).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 87. | | GONÇALVES, A. O.; SILVA, E. H. F. M. da; GASPAROTTO, L. G.; ROSA, J. M.; CARMO, S. do; FATTORI JÚNIOR, I. M.; MARIN, F. R. Improving indirect measurements of the leaf area index using canopy height. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 55, e01894, 2020. Título em português: Melhoria das medições indiretas do índice de área foliar com uso da altura do dossel.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos; Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 88. | | BHERING, S. B.; CHAGAS, C. da S.; CARVALHO JUNIOR, W.; PEREIRA, N. R.; AMARAL, F. C. S.; ZARONI, M. J.; GONCALVES, A. O. Geotecnologias aplicadas ao zoneamento agroecológico do estado do Mato Grosso do Sul. Sociedade & Natureza, Uberlândia, v. 26, n. 1, p. 171-187, jan./abr. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 89. | | GONÇALVES, A. O.; CARDOSO, T. F.; SILVA, E. F.; PRADIEÉ, J.; MADEIRA, E. M.; SANTOS, E. C. D S.; LAZZARI, J. C.; PEGORARO, L. M. C.; DINIZ, A. Influence of speerm processing on IVP of bovine embryos. Animal Reproduction, v. 9. n. 3. p. 569, jul/set, 2012. Publicado no: Proceedings of the 26th Annual Meeting of the Brazilian Embryo Technology Society (SBTE), August 30th to September 2nd, 2012, Foz do Iguaçu, PR, Brazil.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 90. | | CALDERANO FILHO, B.; CHAGAS, C. da S.; PRADO, R. B.; PEREZ, D. V.; BENITES, V. de M.; FREITAS, P. L. de; GONCALVES, A. O.; SILVA, J. de S. Levantamento semidetalhado dos solos da microbacia do Barro Branco, município de São José do Ubá, Estado do Rio de Janeiro. Rio de janeiro: Embrapa Solos, 2005. 113 p. il. color. (Embrapa Solos. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 81). Contém 1 mapa. Escala 1:10.000.| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 91. | | SOBENKO, L. R.; SOUZA, T. T.; GONÇALVES, A. O.; BIANCHINI, V. J. M.; SILVA, E. H. F. M.; SOUZA, L. T.; MARIN, F. R. Irrigation requirements are lower than those usually prescribed for a maize crop in Southern Brazil. Experimental Agriculture, v. 55, n. 4, p. 662-671, Aug. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
|  |
| 92. | | COUTINHO, H. L. da C.; PRADO, R. B.; DONAGEMMA, G. K.; GONÇALVES, A. O.; POLIDORO, J. C.; MIRANDA, J. P.; FERNANDES; CAMPOS, T. M. P. Integrated analytical framework to assess environmental services in a watershed under a shifting cultivation system in the atlantic forest of southeastern Brazil. In: GLOBAL ENVIRONMENTAL CHANGE: REGIONAL CHALLENGES, 2006, Beijing. Abstracts [...] Beijing: ESSP, 2006. Earth System Science Partnership (ESSP) Open Science Conference.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 94. | | SILVA, E. H. F. M. da; PEREIRA, R. A. de A.; GONCALVES, A. O.; BORDIGNON, A. J. Z.; MARIN, F. R. Simulação de produtividade futura de soja em Piracicaba-SP com base em projeções de mudanças climáticas. Agrometeoros, Passo Fundo, v. 25, n. 1, p. 9-17, 2017. Edição do XX Congresso Brasileiro de Agrometeorologia e V Simpósio de Mudanças Climáticas e Desertificação do Semiárido Brasileiro, Ago. 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 95. | | SANTOS, E. C. da S.; PRADIEÉ, J.; GONÇALVES, A. O.; MONDADORI, R. G.; LUCIA JUNIOR, T.; VIEIRA, A. D.; PEGORARO, L. M. C. Novo meio para utilização do Brilliant Cresyl Blue na seleção de oócitos para produção in vitro de embriões suínos: dados preliminares. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE TECNOLOGIA DE EMBRIÕES, 25., 2011, Cumbuco. Anais... Cumbuco: SBTE, 2011. p. 427.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 96. | | SCHULER, A. E.; GONCALVES, A. O.; PRADO, R. B.; KÜNNE, A.; PENEDO-JULIEN, S.; FIDALGO, E. C. C.; TURETTA, A. P. D. Monitoramento hidrometeorológico em bacias rurais do Bioma Mata Atlântica. In: SEMINÁRIO DA REDE AGROHIDRO, 2., 2014, Campinas. Impactos da agricultura e das mudanças climáticas nos recursos hídricos: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 69-76.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 98. | | DIAS, N. H. de L.; SCHULER, A. E.; SCORZA JUNIOR, R. P.; PRADO, R. B.; DONAGEMMA, G. K.; GONCALVES, A. O. Parâmetros de solo em simuladores da dinâmica de poluentes na bacia Pito Aceso, RJ. In: SEMINÁRIO DA REDE AGROHIDRO, 3.; WORKSHOP DO PROJETO OS IMPACTOS DA AGRICULTURA E DAS MUDANÇAS CLIMÁTICAS NOS RECURSOS HÍDRICOS, 1., 2015, Corumbá. Água na agricultura: desafios frente às mudanças climáticas e de uso da terra: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2015. p. 51.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| 100. | | PEREIRA, R. A. A.; SILVA, H. F. M.; GONÇALVES, A. O.; VIANNA, M. S.; SILVA, T. J. A.; FENNER, W.; VIEIRA, P. V. D.; MARIN, F. R. Winter wheat evapotranspiration and irrigation requirements across tropical and sub-tropical producing regions in Brazil. Theoretical and Applied Climatology, v. 151, n. 1/2, p. 375-388, Jan. 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
| |
| Registros recuperados : 360 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
