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Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  27/02/2004
Data da última atualização:  24/04/2023
Autoria:  HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.
Afiliação:  Embrapa Informática Agropecuária.
Título:  Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida.
Ano de publicação:  2003
Fonte/Imprenta:  Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2003.
Páginas:  7 p.
Série:  (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado Técnico, 48).
Idioma:  Português
Conteúdo:  O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.
Palavras-Chave:  Processo para construção de alinhamento múltiplo.
Categoria do assunto:  --
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/CNPTIA/10041/1/comtec48.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
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21.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; VIART, B. EPI-Peptide Designer. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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22.Imagem marcado/desmarcadoJESUS, K. R. E. de; KUSER, P.; NESHICH, G. The Cry 1Ac protein from Bacillus thuringiensis and its structure stability centers. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14., 2006, Fortaleza, CE. [Anais...]. Fortaleza, CE: ISMB, 2006.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente.
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23.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; GUELFI, A.; MOLINA, S. M. G. Determinação da estrutura e estudo da função da metalotioneí­na de Synechococcus com ferramentas da bioinformática. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2002. 6 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 43).
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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24.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; NESHICH, G.; YANO, I. H.; BORRO, L. C. PS3A. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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25.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, G.; BORRO, L. C. PS3DV. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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26.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; BORRO, L. C. PSAS. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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27.Imagem marcado/desmarcadoRIBEIRO, C.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; SANTORO, M. Serine proteases analysis based on phylogenetic trees constructed from the sequence and structure alignments. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-48. Na publicação: Paula Kuser.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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28.Imagem marcado/desmarcadoBRANDÃO, M. M.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Structural parameters to filter crucial catalytic site aminoacids from fructose 1,6-bisphosphate aldolase. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-21. Na publicação: Paula R. Kuser.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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29.Imagem marcado/desmarcadoHERNANDEZ FERNANDEZ, J.; NESHICH, G.; CAMARGO, A. C. M. Using bradykinin-potentiating peptide structures to develop new antihypertensive drugs. Genetics and Molecular Research, v. 3, n. 4, p. 554-563, 2004.
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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30.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; HAYASHI, M.; NESHICH, G. Structural characterization of MK-801 binding site on glutamate receptors (why there are no unemployed computational biologists). In: CONGRESSO ABERTO AOS ESTUDANTES DE BIOLOGIA, 10., 2011, Campinas. [Resumos...]. Campinas: Unicamp, 2011. Não paginado. X CAEB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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31.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, E. H. dos; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. VPRO - um identificador de padrões de seqüências. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 6 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 81). Na publicação: Goran Neshich.
Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas
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32.Imagem marcado/desmarcadoNARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINALIA, T.; BEZERRA, G. B. P.; NESHICH, G. 2D maps of protein interface surfaces. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 1. X-meeting 2005. Presented posters.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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33.Imagem marcado/desmarcadoNARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. 2D maps of protein surface. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-63.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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34.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2003. 7 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado Técnico, 48).
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35.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2002. 5 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 37). Na publicação: Paula Kuser Falcão.
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36.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; BAUDET, C.; FALCAO, P. R. K.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2002. 9 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 40).
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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37.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2002. 4 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 36). Na publicação: Paula Kuser Falcão.
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38.Imagem marcado/desmarcadoMANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G. Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2003. 8 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado Técnico, 59).
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39.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; BORRO, L.; NESHICH, G. A comparison between internal protein nanoenvironments of α-helices and beta-sheets. Plos One, v. 15, n. 12, p. 1-13, Dec. 2020. Artigo e0244315.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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40.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, R. V. dos; VILLALTA-ROMERO, F.; STANISIC, D.; BORRO, L.; NESHICH, G.; TASIC, L. Citrus bioflavonoid, hesperetin, as inhibitor of two thrombin-like snake venom serine proteases isolated from Crotalus simus. Toxicon, v. 143, p. 36-43, Mar. 2018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
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