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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
06/08/2008 |
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Data da última atualização: |
24/10/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
TOGAWA, R. C.; RIBEIRO, C.; MAZONI, I.; PELLIGRINELLI, T.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
Roberto Coiti Togawa, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Cristina Ribeiro, UFMG; Ivan Mazoni, Embrapa Informação Tecnógica; Thais Vital Pelligrinelli, Embrapa Informação Tecnógica; José Gilberto Jardine, Embrapa Informação Tecnógica; Goran Neshich, Embrapa Informação Tecnógica. |
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Título: |
The table of interface forming residues as the specificity indicator for serine proteases bound to different inhibitors. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008, p. 811-817. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
BIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08 |
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Conteúdo: |
We propose a novel method for defining the exclusive and exhaustive table of serine proteases specificity determining interface forming residues (IFR). The IFR are obtained by "hard body docking" among 73 structurally aligned, sequence wise non redundant, serine protease structures, with 3 inhibitors: ecotine, ovomucoid third domain inhibitor and basic pancreatic trypsin inhibitors. In silico constructed complexes offered a condition for determining which residues are participating, from both enzyme and inhibitor side, in the ensemble of amino acids that upon biding loose contact with a solvent. Our focus is on offering a thorough study on how the specificity is achieved among serine proteases even though they have very little difference in their tertiary structure (specifically if the position of catalytic triad residues is considered). Presented table of serine protease specificity based on IFR position occupation show clear variations among sub families such as: trypsines, chymotrypsines, elastases and thrombines. |
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Palavras-Chave: |
Aminoácidos; Enzyme specificity; Especificidade enzimática; Hard body docking; Interface formando resíduos; Interface forming residues; Proteases de serina. |
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Thesagro: |
Enzima. |
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Thesaurus Nal: |
Enzymes; Serine proteinases. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008, p. 811-817.$c2008
500 $aBIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08
520 $aWe propose a novel method for defining the exclusive and exhaustive table of serine proteases specificity determining interface forming residues (IFR). The IFR are obtained by "hard body docking" among 73 structurally aligned, sequence wise non redundant, serine protease structures, with 3 inhibitors: ecotine, ovomucoid third domain inhibitor and basic pancreatic trypsin inhibitors. In silico constructed complexes offered a condition for determining which residues are participating, from both enzyme and inhibitor side, in the ensemble of amino acids that upon biding loose contact with a solvent. Our focus is on offering a thorough study on how the specificity is achieved among serine proteases even though they have very little difference in their tertiary structure (specifically if the position of catalytic triad residues is considered). Presented table of serine protease specificity based on IFR position occupation show clear variations among sub families such as: trypsines, chymotrypsines, elastases and thrombines.
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653 $aProteases de serina
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700 1 $aPELLIGRINELLI, T.
700 1 $aJARDINE, J. G.
700 1 $aNESHICH, G.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 8 | |
| 3. |  | MENEGATTI, C. R.; MARANGONI, B. S.; NICOLODELLI, G.; FILHO, H. J. I.; XAVIER, A. A. P.; VILLAS BOAS, P. R.; MILORI, D. M. B. P. Aplicação da técnica LIBS para determinação multielementar de elementos potencialmente tóxicos em amostras de percolado líquido. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE INSTRUMENTAÇÃO AGROPECUÁRIA, 4., 2019, São Carlos, SP. Ciência, inovação e mercado: anais. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2019. Editores: Paulino Ribeiro Villas-Boas, Maria Alice Martins, Débora Marcondes Bastos Pereira Milori, Ladislau Martin Neto. SIAGRO 2019. 395-398| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 4. | | NICOLODELLI, G.; VILLAS-BOAS, P. R.; MENEGATTI, C. R.; SENESI, G. S.; MAGALHÃES, D. V.; SOUZA, D. de; MILORI, D. M. B. P.; MARANGONI, B. S. Determination of Pb in soils by double-pulse laser-induced breakdown spectroscopy assisted by continuum wave-diode laser-induced fluorescence. Applied Optics, v. 57, n. 28, p. 8366-8372, out. 2018| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 5. | | MENEGATTI, C. R.; NICOLODELLI, G.; SENESI, G. S.; SILVA, O. A.; IFILHO, H. J.; VILLAS-BOAS, P. R.; MARANGONI, B. S.; MILORI, D. M. B. P. Evaluation of LIBS under controlled atmosphere to quantify cadmium at low concentration in landfill leachates. Applied Physics B, v. 125, a. 74, 2019. 1-6| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 6. | | MENEGATTI, C. R.; NICOLODELLI, G.; SENESI, G. S.; SILVA, O. A.; FILHO, H. J. I.; BOAS, P. R. V.; MARANGONI, B. S.; MILORI, D. M. B. P. Semiquantitative analysis of mercury in landfill leachates using double-pulse laser-induced breakdown spectroscopy. In: APPLIED OPTICS, v. 56, n. 13, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 7. | | MARANGONI, B. S.; NICOLODELLI, G.; SENESI, G. S.; FONSECA, N.; IZARIO FILHO, H. J.; XAVIER, A. A.; VILLAS-BOAS, P. R.; MILORI, D. M. B. P.; MENEGATTI, C. R. Multi-elemental analysis of landfill leachates by single and double pulse laser-induced breakdown spectroscopy. Microchemical Journal, v. 165, 106125, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 8. | | BORGES, F. A.; DRAGO, B. C.; BAGGIO, L. O.; BARROS, N. R. de; BRASIL, G. S. P.; SCONTRI, M.; MUSSAGY, C. U.; RIBEIRO, M. C. S.; MILORI, D. M. B. P.; MORAIS, C. P. de; MARANGONI, B. S.; NICOLODELLI, G.; MECWAN, M.; MANDAL, K.; GUERRA, N. B.; MENEGATTI, C. R.; HERCULANO, R. D. Metronidazole-loaded gold nanoparticles in natural rubber latex as a potential wound dressing. International Journal of Biological Macromolecules, v. 211, 2022. 568?579| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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