| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
|
Data corrente: |
10/02/2015 |
|
Data da última atualização: |
08/01/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Capítulo em Livro Técnico-Científico |
|
Autoria: |
NESHICH, G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F.; SALIM, J. A.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; ROCCHIA, W. |
|
Afiliação: |
GORAN NESHICH, CNPTIA; IZABELLA AGOSTINHO PENA NESHICH, Unicamp; FABIO MORAES, Unesp, São José do Rio Preto; JOSE AUGUSTO SALIM, Unicamp; LUIZ BORRO, Unicamp; INACIO HENRIQUE YANO, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; WALTER ROCCHIA, CONCEPT Lab-CompuNet, Istituto Italiano di Tecnologia, Genova. |
|
Título: |
Using structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential. |
|
Ano de publicação: |
2015 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015. |
|
Volume: |
Chapter 12. |
|
Páginas: |
p. 227-254. |
|
DOI: |
10.1007/978-3-319-12211-3_12 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
In this chapter, we will overview the role of the local protein structure environment (which we will call here: nano-environment) in maintaining the functional purpose of different protein districts (defined as protein structure sites delimited by their functional objectives). |
|
Palavras-Chave: |
Base de dados Sting; Catalytic site residues; Efeito hidrofóbico; Electrostatic potential; Estrutura de proteínas; Hydrophobic effect; Interface de proteínas; Physical-chemical properties; Potencial eletrostático; Propriedades físico-químicas; Protein interfaces; Superfície de proteínas. |
|
Thesaurus Nal: |
Protein structure. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 01759naa a2200409 a 4500
001 2008227
005 2020-01-08
008 2015 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1007/978-3-319-12211-3_12$2DOI
100 1 $aNESHICH, G.
245 $aUsing structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential.$h[electronic resource]
260 $c2015
300 $ap. 227-254. Chapter 12.
490 $vChapter 12.
520 $aIn this chapter, we will overview the role of the local protein structure environment (which we will call here: nano-environment) in maintaining the functional purpose of different protein districts (defined as protein structure sites delimited by their functional objectives).
650 $aProtein structure
653 $aBase de dados Sting
653 $aCatalytic site residues
653 $aEfeito hidrofóbico
653 $aElectrostatic potential
653 $aEstrutura de proteínas
653 $aHydrophobic effect
653 $aInterface de proteínas
653 $aPhysical-chemical properties
653 $aPotencial eletrostático
653 $aPropriedades físico-químicas
653 $aProtein interfaces
653 $aSuperfície de proteínas
700 1 $aNESHICH, I. A. P.
700 1 $aMORAES, F.
700 1 $aSALIM, J. A.
700 1 $aBORRO, L.
700 1 $aYANO, I. H.
700 1 $aMAZONI, I.
700 1 $aJARDINE, J. G.
700 1 $aROCCHIA, W.
773 $tIn: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 186 | |
| 141. |  | JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, I. P. A.; SALIM, J. A; DE MORAES, F. R. Molecular modeling and structural analysis of the protein twitching motility of Xylella fastidiosa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA E RODADA E FEIRA DE NEGÓCIOS, 4., 2012, Guarujá. [Resumos]... [S.l.: s.n.], 2012. Não paginado. Brasil Biotec 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
|    |
| 142. | | SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; VON ZUBEN, F.; NESHICH, G. A pattern recognition approach for catalytic site residues prediction using STING structural protein descriptors. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 41., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... [S.l]: SBBq, 2012. Não paginado. 1 pôster.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 143. | | DUARTE, F.; SEPULVEDA, R.; ARAYA, R.; FLORES, S.; PEREZ-ACLE, T.; GONZALES, W.; GONZALES, D.; NESHICH, G.; NESHICH, I.; MAZONI, I.; HOLMES, D. S. Mechanisms of protein stabilization at very low pH. In: INTERNATIONAL BIOHYDROMETALLURGY SYMPOSIUM, 19.; 2011, Changsha, China. Biohydrometallurgy: biotech key to unlock mineral resources value: proceedings. Changsha: Central South University Press, 2011. v. 1. IBS 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 144. | | BRANDÃO, M. M.; ARRUDA, L. H.; MOURA, D. S.; NESHICH, G.; PEREIRA, J. G. C.; MALAGÓ, W. Jr; SILVA-FILHO, M. C. A pipeline to study structural interactions among Spodoptera frugiperda serine proteinases and plant proteinase inhibitors. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Anais... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010. p. 320. GA 330.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
|  |
| 145. | | BRANDÃO, M. M.; ARRUDA, L. H.; NESHICH, G.; NESHICH, I. P.; PEREIRA, J. G. C.; MALAGÓ JÚNIOR, W.; SILVA-FILHO, M. C. Structural and phylogenetic analysis of Spodoptera frugiperda chymotrypsins involved on insect chemical protective barrier against plant Proteinase Inhibitors (PIs). In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 146. | | MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECILIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. Structure descriptors of chameleon sequences. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Chile. Program and abstracts... Santiago: Pontificia Universidad Católica de Chile, 2008. Não paginado. RIB 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 147. | | MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, A.; DOMINIQUINI, F.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, G. Sting contacts: a web-based application for identification and analysis of amino acid contacts within protein structure and across protein interfaces. Bioinformatics, v. 20, n. 13, p. 2145-2147, 2004. Na publicação: P. R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 149. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; MARANGONI, S.; MARTINS, D.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A.; NESHICH, G.; JARDINE, J. G. Xylella fastidiosa hexameric pilus retraction motor PILT interfaces are maintained by non-hydrophobic contacts. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 150. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. Analysing protein-protein interface using JPIV. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-14. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 151. | | RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G. Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. BMC Structural Biology, London, v. 10, n. 36, p. 1-16, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 152. | | HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 127-137, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 153. | | NESHICH, I. A. P.; NISHIMURA, L.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; VILLALTA-ROMERO, F.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; TASIC, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Computational Biology tools for identifying specific ligand binding residues for novel agrochemical and drug design. Current Protein and Peptide Science, v. 16, n. 8, p. 701-717, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 154. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 6 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 76).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 155. | | SANTOS, M. T.; FERRAZ, L. F. C.; REIS, F. de C.; FELÍCIO, A. P.; FALCAO, P. R. K.; MARQUES NOVO, M. T.; NESHICH, G.; GARCIA JUNIOR, O.; OTTOBONI, L. M. M. Sequence analysis of the riboflavin biosynthesis genes from acidithiobacillus ferrooxidans. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster H-76. Na publicação: Paula Falcão.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 156. | | SOARES, F. X. S.; SILVA, C. M. da; ROCHA, T. L.; MARCELINO, L. H.; CARNEIRO, M.; GANDER, E. S.; SAMPAIO, M. J. A. M.; CASTRO, L. A. B. de; NESHICH, G. Theoretical model of the secondary and tertiary structure of Brazil nut 2s storage albumins. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON CRYSTALLOGRAPHY AND MOLECULAR BIOLOGY, 1990, GUARUJA, SP. Abstracts.[S.l.]: Institute of Advanced Studies, Sao Carlos: Universidade Federal de Sao Carlos, 1990. PS1-02.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 157. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 18 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 14).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 158. | | NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 149. Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 159. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2005. 4 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 67).| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 160. | | CARDOSO, C. M. Y.; MORAES, F. R. de; NESHICH, G.; MOREIRA, E. C. de O.; COSTA, C. de N. M.; SANTOS, R. C. dos; SOUZA, C. R. B. de. Identification of cDNA sequences coding for bZIP regulatory proteins predicted to interact with putative cis-acting elements from Be2S1 gene. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Forlaleza. Programas e resumos... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2010. p. 212-213. Congresso da SBBiotec 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| Registros recuperados : 186 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
