|
|
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
Data corrente: |
19/01/2022 |
Data da última atualização: |
19/01/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e. |
Afiliação: |
LEÍSA PIRES LIMA, UFV; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; MOYSÉS NASCIMENTO, UFV; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV. |
Título: |
Evaluation of Bayesian methods of genomic association via chromosomic regions using simulated data. |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 79, n. 3, p. 1-10, 2022. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered superior. Single?marker analyses identified SNPs associated only in oligogenic inheritance scenarios and was lower than the other criteria. MenosThe development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered ... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Melhoramento Genético Vegetal; Método de Melhoramento. |
Thesaurus Nal: |
Genetic variance; Genomics; Molecular models; Plant breeding. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230380/1/evaluation-of-bayesian-methods.pdf
|
Marc: |
LEADER 02367naa a2200241 a 4500 001 2139182 005 2022-01-19 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aLIMA, L. P. 245 $aEvaluation of Bayesian methods of genomic association via chromosomic regions using simulated data.$h[electronic resource] 260 $c2022 520 $aThe development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered superior. Single?marker analyses identified SNPs associated only in oligogenic inheritance scenarios and was lower than the other criteria. 650 $aGenetic variance 650 $aGenomics 650 $aMolecular models 650 $aPlant breeding 650 $aMelhoramento Genético Vegetal 650 $aMétodo de Melhoramento 700 1 $aAZEVEDO, C. F. 700 1 $aRESENDE, M. D. V. de 700 1 $aNASCIMENTO, M. 700 1 $aSILVA, F. F. e 773 $tScientia Agricola$gv. 79, n. 3, p. 1-10, 2022.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
12/03/2007 |
Data da última atualização: |
07/02/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
ANTUNES, J. F. G.; ESQUERDO, J. C. D. M. |
Afiliação: |
JOÃO FRANCISCO GONÇALVES ANTUNES, CNPTIA; JÚLIO CÉSAR DALLA MORA ESQUERDO, CNPTIA. |
Título: |
Geração automática de produtos derivados de imagem AVHRR-NOAA para monitoramento de áreas inundáveis do Pantanal. |
Ano de publicação: |
2006 |
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE GEOTECNOLOGIAS NO PANTANAL, 1., 2006, Campo Grande, MS. Anais... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária; São José dos Campos: Inpe, 2006. |
Páginas: |
p. 28-37. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Geopantanal 2006. |
Conteúdo: |
Resumo. O monitoramento ambiental do Pantanal Brasileiro pode ser auxiliado com o uso de métodos de sensoriamento remoto por meio de imagens do satélite NOAA. Este artigo aborda o processamento automático de uma série multitemporal de imagens AVHRR-NOAA para monitoramento de grandes áreas inundáveis do Pantanal. Os resultados mostraram que quando as imagens apresentaram baixa cobertura de nuvens, o sistema foi eficaz, gerando produtos geometricamente precisos, com erros abaixo de um pixel. Os dados de reflectância da banda do infravermelho médio possibilitaram o monitoramento de áreas inundáveis no Pantanal durante outubro de 2005 a setembro de 2006. Pode-se concluir que o período das cheias é bastante variável em toda a planície do Pantanal, ocorrendo de leste para oeste e de norte para sul. O sistema desenvolvido para processamento e geração de produtos das imagens AVHRR-NOAA mostrou-se uma ferramenta fundamental de infra-estrutura, por aliar automação e precisão na metodologia apresentada. |
Palavras-Chave: |
Áreas úmidas; Georreferenciamento; Image processing; Precise image navigation; Processamento de imagens. |
Thesagro: |
Sensoriamento remoto. |
Thesaurus NAL: |
Image analysis; Remote sensing; Wetlands. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159721/1/Pl-Geracao-Antunes-Esquerdo-2007.pdf
|
Marc: |
LEADER 01939nam a2200253 a 4500 001 1001356 005 2020-02-07 008 2006 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aANTUNES, J. F. G. 245 $aGeração automática de produtos derivados de imagem AVHRR-NOAA para monitoramento de áreas inundáveis do Pantanal.$h[electronic resource] 260 $aIn: SIMPÓSIO DE GEOTECNOLOGIAS NO PANTANAL, 1., 2006, Campo Grande, MS. Anais... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária; São José dos Campos: Inpe$c2006 300 $ap. 28-37. 500 $aGeopantanal 2006. 520 $aResumo. O monitoramento ambiental do Pantanal Brasileiro pode ser auxiliado com o uso de métodos de sensoriamento remoto por meio de imagens do satélite NOAA. Este artigo aborda o processamento automático de uma série multitemporal de imagens AVHRR-NOAA para monitoramento de grandes áreas inundáveis do Pantanal. Os resultados mostraram que quando as imagens apresentaram baixa cobertura de nuvens, o sistema foi eficaz, gerando produtos geometricamente precisos, com erros abaixo de um pixel. Os dados de reflectância da banda do infravermelho médio possibilitaram o monitoramento de áreas inundáveis no Pantanal durante outubro de 2005 a setembro de 2006. Pode-se concluir que o período das cheias é bastante variável em toda a planície do Pantanal, ocorrendo de leste para oeste e de norte para sul. O sistema desenvolvido para processamento e geração de produtos das imagens AVHRR-NOAA mostrou-se uma ferramenta fundamental de infra-estrutura, por aliar automação e precisão na metodologia apresentada. 650 $aImage analysis 650 $aRemote sensing 650 $aWetlands 650 $aSensoriamento remoto 653 $aÁreas úmidas 653 $aGeorreferenciamento 653 $aImage processing 653 $aPrecise image navigation 653 $aProcessamento de imagens 700 1 $aESQUERDO, J. C. D. M.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|