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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
06/11/2023 |
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Data da última atualização: |
07/12/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; MOMEN, M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; MOROTA, G.; NASCIMENTO, M. |
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Afiliação: |
MATHEUS MASSARIOL SUELA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; MEHDI MOMEN, UNIVERSITY OF WISCONSIN-MADISON; ANTONIO CARLOS BAIAO DE OLIVEIRA, CNPCa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; GOTA MOROTA, VIRGINIA POLYTECHNIC INSTITUTE AND STATE UNIVERSITY; MOYSÉS NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA. |
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Título: |
Genome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 3, 2023. |
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Páginas: |
17 p. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11295-023-01597-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Yield is one of the most important traits of arabica coffee. Plant breeders seek to maximize yield directly or indirectly, using other related traits. The standard multi-trait genome-wide association study (MTM-GWAS) does not accommodate the network structure of phenotypes, therefore, does not address how traits are interrelated. We applied structural equation modeling (SEM) to GWAS to explore interrelated dependencies between phenotypes related to morphology (fruit size and number of reproductive nodes), physiology (vegetative vigor), and productivity (yield) traits using 195 Coffea arábica individuals genotyped with 21,211 single-nucleotide polymorphism markers. We inferred the probabilistic phenotypic network by the Hill-Climbing algorithm to estimate the structural coefficients. The integration of multivariate GWAS and SEM (SEM-GWAS) identified a positive interrelationship between vegetative vigor and yield, and vegetative vigor and the number of reproductive nodes. Among those traits, yield and number of reproductive nodes presented indirect SNP effects. There was no evidence of a single quantitative trait locus controlling all the traits jointly. We identified three genes (Stress enhanced protein 1, Abscisic stress-ripening protein 5, and SAR?SNI1) that acted directly on yield. In summary, SEM-GWAS offered new insights into the relationship between the traits linked to coffee yield, providing useful information for arabica coffee breeding programs. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea arabica var. arabica; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Structural equation modeling. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1157822/1/Genome-wide-association.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 30 | |
| 2. |  | NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; CIRILLO, M. A.; FERREIRA, A.; PETERNELLI, L. A.; FERREIRA, R. de P. Association between responses obtained using adaptability and stability methods in alfalfa. Semina: Ciências Agrárias, Londrina, v. 34, n. 6, p. 2545-2554, nov./dez. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 3. | | NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; SAFADI, T.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; CRUZ, C. D. Abordagem bayesiana para avaliação da adaptabilidade e estabilidade de genótipos de alfafa. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 46, n. 1, p. 26-32, jan. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 6. | | NASCIMENTO, N; FERREIRA, A.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; FERREIRA, R. de P.; CRUZ, C. D. Multiple centroid method to evaluate the adaptability of alfalfa genotypes. Revista Ceres, Viçosa, v. 62, n. 1, p. 030-036, jan/fev, 2015| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | NASCIMENTO, M.; ROCHA, G. S. da; PINTO, D. S.; BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; SILVA, F. F. e. Correlação de Spearman aplicada ao estudo de adaptabilidade e estabilidade em genótipos de alfafa. Investigacion Agrária, v. 15, n. 2, p. 83-90, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 8. | | COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. A comparison of regression methods based on dimensional reduction for genomic prediction. Genetics and Molecular Research, v. 20, n. 2, p. 1-15, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 9. | | OLIVEIRA, G. F.; MIRANDA, T. L. R.; NASCIMENTO, A. C. C.; NASCIMENTO, M.; CAIXETA, E. T.; SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; SILVA, F. L. da. Discrimination of varietal groups and hybrids of coffea canephora species using multivariate analysis. Revista Brasileira de Biometria, v. 39, n. 1, p. 194-201, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 10. | | COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. Determination of optimal number of independent components in yield traits in rice. Scientia Agricola, v. 79, n. 6, p. 1-8, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 11. | | BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; FONSECA, F. F. e; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L.; FERREIRA, R. de P. Metodologia para análise de adaptabilidade e estabilidade por meio de regressão quantílica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 50, n. 4, p. 290-297, abr. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 12. | | BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L.; FERREIRA, R. de P. Metodologia para análise de adaptabilidade e estabilidade por meio de regressão quantílica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 50, n. 4, p. 267-290-297, abr. 2015. Título em inglês: Methodology for analysis of adaptability and stability using quantile regression.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 13. | | AZEVEDO, C. F.; FERRÃO, L. F. V.; BENEVENUTO, J.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; MUNOZ, P. R. Using visual scores for genomic prediction of complex traits in breeding programs. Theoretical and Applied Genetics, v. 137, n. 1, 2024. 16 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 14. | | SANTOS, P. M. dos; NASCIMENTO, A. C. C.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S. Use of regularized quantile regression to predict the genetic merit of pigs for asymmetric carcass traits. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 9, p. 1011-1017, Sept. 2018. Título em português: Uso da regressão quantílica regularizada para predição de mérito genético em suínos quanto a características assimétricas de carcaça.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 15. | | CARVALHO, V. P.; SANT'ANNA, I. C.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; CRUZ, C. D.; ARBEX, W. A.; OLIVEIRA, F. C.; SILVA, F. F. Support vector machines applied to the genetic classification problem of hybrid populations with high degrees of similarity. Genetics and Molecular Research, v. 17, n. 4, gmr18122, 2018. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 18. | | SUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; MOMEN, M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; MOROTA, G.; NASCIMENTO, M. Genome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models. Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 3, 2023. 17 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 20. | | AZEVEDO, C. F.; CARVALHO, I. R.; NASCIMENTO, M.; SILVA, J. A. G. da; NASCIMENTO, A, C. C.; CRUZ, C. D.; HUTH, C.; ALMEIDA, H. C. F. de. Informative prior distribution applied to linseed for the estimation of genetic parameters using a small sample size. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 57, e02793, 2022. Título em português: Distribuição a priori informativa aplicada à linhaça para estimação de parâmetros genéticos com uso de tamanho amostral reduzido.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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