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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
26/01/2022 |
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Data da última atualização: |
26/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, G. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; NASCIMENTO, M.; SANT'ANNA, I. de C.; ROMERO, J. V.; AZEVEDO, C. F.; BHERING, L. L.; CAIXETA, E. T. |
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Afiliação: |
GABRIELA FRANÇA OLIVEIRA, UFV; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UFV; MOYSÉS NASCIMENTO, UFV; ISABELA DE CASTRO SANT'ANNA, IAC; JUAN VICENTE ROMERO, AGROSAVIA; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UFV; LEONARDO LOPES BHERING, UFV; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa. |
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Título: |
Quantile regression in genomic selection for oligogenic traits in autogamous plants: a simulation study. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 16, n. 1, e0243666, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0243666 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
This study assessed the efficiency of Genomic selection (GS) or genome‐wide selection (GWS), based on Regularized Quantile Regression (RQR), in the selection of genotypes to breed autogamous plant populations with oligogenic traits. To this end, simulated data of an F2 population were used, with traits with different heritability levels (0.10, 0.20 and 0.40), controlled by four genes. The generations were advanced (up to F6) at two selection intensities (10% and 20%). The genomic genetic value was computed by RQR for different quantiles (0.10, 0.50 and 0.90), and by the traditional GWS methods, specifically RR-BLUP and BLASSO. A second objective was to find the statistical methodology that allows the fastest fixation of favorable alleles. In general, the results of the RQR model were better than or equal to those of traditional GWS methodologies, achieving the fixation of favorable alleles in most of the evaluated scenarios. At a heritability level of 0.40 and a selection intensity of 10%, RQR (0.50) was the only methodology that fixed the alleles quickly, i.e., in the fourth generation. Thus, it was concluded that the application of RQR in plant breeding, to simulated autogamous plant populations with oligogenic traits, could reduce time and consequently costs, due to the reduction of selfing generations to fix alleles in the evaluated scenarios. |
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Thesagro: |
Regressão Linear; Seleção Genótipa. |
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Thesaurus Nal: |
Genomics; Plant breeding; Plant selection guides. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230507/1/Quantile-regression-in-genomic.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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URL |
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| Registros recuperados : 30 | |
| 2. |  | NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; SAFADI, T.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; CRUZ, C. D. Abordagem bayesiana para avaliação da adaptabilidade e estabilidade de genótipos de alfafa. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 46, n. 1, p. 26-32, jan. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 3. | | NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; CIRILLO, M. A.; FERREIRA, A.; PETERNELLI, L. A.; FERREIRA, R. de P. Association between responses obtained using adaptability and stability methods in alfalfa. Semina: Ciências Agrárias, Londrina, v. 34, n. 6, p. 2545-2554, nov./dez. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 5. | | NASCIMENTO, N; FERREIRA, A.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; FERREIRA, R. de P.; CRUZ, C. D. Multiple centroid method to evaluate the adaptability of alfalfa genotypes. Revista Ceres, Viçosa, v. 62, n. 1, p. 030-036, jan/fev, 2015| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | AZEVEDO, C. F.; CARVALHO, I. R.; NASCIMENTO, M.; SILVA, J. A. G. da; NASCIMENTO, A, C. C.; CRUZ, C. D.; HUTH, C.; ALMEIDA, H. C. F. de. Informative prior distribution applied to linseed for the estimation of genetic parameters using a small sample size. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 57, e02793, 2022. Título em português: Distribuição a priori informativa aplicada à linhaça para estimação de parâmetros genéticos com uso de tamanho amostral reduzido.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 8. | | NASCIMENTO, M.; ROCHA, G. S. da; PINTO, D. S.; BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; SILVA, F. F. e. Correlação de Spearman aplicada ao estudo de adaptabilidade e estabilidade em genótipos de alfafa. Investigacion Agrária, v. 15, n. 2, p. 83-90, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. A comparison of regression methods based on dimensional reduction for genomic prediction. Genetics and Molecular Research, v. 20, n. 2, p. 1-15, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 10. | | OLIVEIRA, G. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; NASCIMENTO, M.; SANT'ANNA, I. de C.; ROMERO, J. V.; AZEVEDO, C. F.; BHERING, L. L.; CAIXETA, E. T. Quantile regression in genomic selection for oligogenic traits in autogamous plants: a simulation study. Plos One, v. 16, n. 1, e0243666, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 11. | | OLIVEIRA, G. F.; MIRANDA, T. L. R.; NASCIMENTO, A. C. C.; NASCIMENTO, M.; CAIXETA, E. T.; SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; SILVA, F. L. da. Discrimination of varietal groups and hybrids of coffea canephora species using multivariate analysis. Revista Brasileira de Biometria, v. 39, n. 1, p. 194-201, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 12. | | COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. Determination of optimal number of independent components in yield traits in rice. Scientia Agricola, v. 79, n. 6, p. 1-8, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 15. | | SUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; MOMEN, M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; MOROTA, G.; NASCIMENTO, M. Genome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models. Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 3, 2023. 17 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 17. | | BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; FONSECA, F. F. e; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L.; FERREIRA, R. de P. Metodologia para análise de adaptabilidade e estabilidade por meio de regressão quantílica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 50, n. 4, p. 290-297, abr. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 18. | | BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L.; FERREIRA, R. de P. Metodologia para análise de adaptabilidade e estabilidade por meio de regressão quantílica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 50, n. 4, p. 267-290-297, abr. 2015. Título em inglês: Methodology for analysis of adaptability and stability using quantile regression.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 19. | | VOLPATO, L.; ALVES, R. S.; TEODORO, P. E.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; LUDKE, W. H.; SILVA, F. L. da; BORÉM, A. Multi-trait multi-environment models in the genetic selection of segregating soybean progeny. PLoS ONE, v. 14, n. 4, e0215315, Apr. 2019. 22 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 20. | | CARVALHO, V. P.; SANT'ANNA, I. C.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; CRUZ, C. D.; ARBEX, W. A.; OLIVEIRA, F. C.; SILVA, F. F. Support vector machines applied to the genetic classification problem of hybrid populations with high degrees of similarity. Genetics and Molecular Research, v. 17, n. 4, gmr18122, 2018. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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