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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Hortaliças. |
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Data corrente: |
09/08/2022 |
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Data da última atualização: |
11/08/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MARTINS, T. P.; REGO, C. M.; NAKASU, E. Y. T.; FERNANDES, F. R.; INOUE-NAGATA, A. K. |
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Afiliação: |
T. P. MARTINS, UNIVERSIDADE DE BRASÍLIA; C. M. REGO, UNIVERSIDADE DE BRASÍLIA; ERICH YUKIO TEMPEL NAKASU, CNPH; FERNANDA RAUSCH FERNANDES, CNPTIA; ALICE KAZUKO INOUE NAGATA, CNPH. |
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Título: |
A high viral diversity in tomato crops in Brazil is revealed by next generation sequencing analyses. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Acta Horticulturae, v. 1316, p. 99-105, 2021. |
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ISSN: |
2406-6168 |
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DOI: |
10.17660/ActaHortic.2021.1316.14 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Edition of Proceedings of the VI International Symposium on Tomato Diseases: Managing Tomato Diseases in the Face of Globalization and Climate Change. |
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Conteúdo: |
Tomato is planted in Brazil mainly for fresh consumption and tomato paste production. Among the various pathogens that infect tomato plants in Brazil, viruses are particularly important due to their high incidence and the resulting losses caused. Diagnosis of viral diseases usually relies on detection methods directed to known viruses and close variants, either by serology or nucleic acid hybridization/ amplification. However, the advent of next generation sequencing (NGS) facilitated a deep analysis of viral populations, which can be used for identification, assembly and discovery of new viruses. Aiming to estimate the viral diversity present in tomato crops from three states of Brazil, five composite leaf samples were analyzed using NGS. The samples referred as Braz (collected in the Federal District, 2015); Ahol, Toca1, and Toca2 (São Paulo State, 2014), and RNY2 (Minas Gerais State, 2013) were submitted to semi-purification of viral particles and RNA extraction before RNA-seq (Illumina). The reads were filtered for quality, the contigs assembled (Velvet algorithm), and submitted to MegaBLAST analysis against a virus reference sequences database. These samples were collected from plants showing symptoms such as mosaic, chlorosis, leaf curling, chlorotic spots, necrosis and stunting. Known viruses belonging to nine genera, Crinivirus, Begomovirus, Tospovirus, Tobravirus, Potyvirus, Tobamovirus, Tymovirus, Potexvirus and Cucumovirus, were detected. Potentially undescribed and unreported viruses in tomatoes, such as an amalgavirus and an ilarvirus, were also detected and are under confirmation. The conclusion was that there is a high virus diversity present in tomato plants in Brazil, making tomato production a challenge to the growers. The crinivirus, Tomato chlorosis virus, was the most frequently found within the samplings, suggesting that it is widespread in the major tomato production areas. Two begomoviruses were detected, implying that this strategy is also useful to detect viruses with a DNA genome. Finally, this technique was particularly convenient to identify the viruses coexisting in tomatoes and to find unknown viruses that may threaten the tomato production in the country. MenosTomato is planted in Brazil mainly for fresh consumption and tomato paste production. Among the various pathogens that infect tomato plants in Brazil, viruses are particularly important due to their high incidence and the resulting losses caused. Diagnosis of viral diseases usually relies on detection methods directed to known viruses and close variants, either by serology or nucleic acid hybridization/ amplification. However, the advent of next generation sequencing (NGS) facilitated a deep analysis of viral populations, which can be used for identification, assembly and discovery of new viruses. Aiming to estimate the viral diversity present in tomato crops from three states of Brazil, five composite leaf samples were analyzed using NGS. The samples referred as Braz (collected in the Federal District, 2015); Ahol, Toca1, and Toca2 (São Paulo State, 2014), and RNY2 (Minas Gerais State, 2013) were submitted to semi-purification of viral particles and RNA extraction before RNA-seq (Illumina). The reads were filtered for quality, the contigs assembled (Velvet algorithm), and submitted to MegaBLAST analysis against a virus reference sequences database. These samples were collected from plants showing symptoms such as mosaic, chlorosis, leaf curling, chlorotic spots, necrosis and stunting. Known viruses belonging to nine genera, Crinivirus, Begomovirus, Tospovirus, Tobravirus, Potyvirus, Tobamovirus, Tymovirus, Potexvirus and Cucumovirus, were detected. Potentially undescribed a... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
HTS; Next Generation Sequencing; Sequenciamento de nova geração; Virome. |
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Thesagro: |
Tomate; Vírus. |
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Thesaurus Nal: |
Solanum lycopersicum. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aTomato is planted in Brazil mainly for fresh consumption and tomato paste production. Among the various pathogens that infect tomato plants in Brazil, viruses are particularly important due to their high incidence and the resulting losses caused. Diagnosis of viral diseases usually relies on detection methods directed to known viruses and close variants, either by serology or nucleic acid hybridization/ amplification. However, the advent of next generation sequencing (NGS) facilitated a deep analysis of viral populations, which can be used for identification, assembly and discovery of new viruses. Aiming to estimate the viral diversity present in tomato crops from three states of Brazil, five composite leaf samples were analyzed using NGS. The samples referred as Braz (collected in the Federal District, 2015); Ahol, Toca1, and Toca2 (São Paulo State, 2014), and RNY2 (Minas Gerais State, 2013) were submitted to semi-purification of viral particles and RNA extraction before RNA-seq (Illumina). The reads were filtered for quality, the contigs assembled (Velvet algorithm), and submitted to MegaBLAST analysis against a virus reference sequences database. These samples were collected from plants showing symptoms such as mosaic, chlorosis, leaf curling, chlorotic spots, necrosis and stunting. Known viruses belonging to nine genera, Crinivirus, Begomovirus, Tospovirus, Tobravirus, Potyvirus, Tobamovirus, Tymovirus, Potexvirus and Cucumovirus, were detected. Potentially undescribed and unreported viruses in tomatoes, such as an amalgavirus and an ilarvirus, were also detected and are under confirmation. The conclusion was that there is a high virus diversity present in tomato plants in Brazil, making tomato production a challenge to the growers. The crinivirus, Tomato chlorosis virus, was the most frequently found within the samplings, suggesting that it is widespread in the major tomato production areas. Two begomoviruses were detected, implying that this strategy is also useful to detect viruses with a DNA genome. Finally, this technique was particularly convenient to identify the viruses coexisting in tomatoes and to find unknown viruses that may threaten the tomato production in the country.
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Registro original: |
Embrapa Hortaliças (CNPH) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 19 | |
| 3. |  | FREITAS, J. G.; SILVA, J. C. A. da; MOTA, J. R.; SILVA, G. A. da. Comportamento da cultivar de mamona brs energia cultivada sob duas densidades de plantio em Irecê, BA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 4.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 1., 2010, João Pessoa. Inclusão social e energia: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 4. | | FREITAS, J. G.; ALBUQUERQUE, F. A. de; MOTA, J. R.; SILVA, G. A. da; SILVA, C. F. L. da. Caracterização física das sementes da cultivar BRS ENERGIA em quatro densidade populacional em Irecê-BA. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 415| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 5. | | BRITO NETO, J. F. de; BELTRAO, N. E. de M.; FREITAS, J. G.; MOTA, J. R.; VALE, L. D. do. Crescimento e produção de mamoneira cultivar BRS ENERGIA em função de doses de silício e ácido salicílico CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 287| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 6. | | BRITO NETO, J. F. de; BELTRAO, N. E. de M.; FREITAS, J. G.; MOTA, J. R.; VALE, L. S. do. Período de interferência de plantas daninhas na mamoneira BRS ENERGIA em dois espaçamentos. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 314| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 7. | | BRITO NETO, J. F. de; BELTRAO, N. E. de M.; FREITAS, J. G.; MOTA, J. R.; VALE, L. S. do. Zinco e nitrogênio: efeito sobre o crescimento e produção da mamoneira. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 335| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 8. | | MILANI, M.; NOBREGA, M. B. de M.; ANDRADE, F. P. de; FREITAS, J. G.; MOTA, J. R.; SILVA, G. A. da. Avaliação de genótipos de mamona de porte médio em Irecê – BA, safra 2009. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 4.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 1., 2010, João Pessoa. Inclusão social e energia: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 10. | | FREITAS, J. G.; MOTA, J. R.; SILVA, G. A. da; DOURADO, S. O.; SILVA, F. de S.; SILVA, J. M. da; SILVA, C. F. L. da. Caracterização de sementes de mamoneira das ordens primária, secundária e terciária de sete genótipos de porte baixo. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 414| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 11. | | MILANI, M.; ANDRADE, F. P. de; FREIRE, R. M. M.; SILVA, G. A. da; MOTA, J. R.; ANDRADE, C. C. de. Genótipos de porte médio de mamona avaliados em Irecê (BA) para teor de óleo e produtividade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 3., 2008, Salvador. Energia e ricinoquímica: resumos. Salvador: SEAGRI: Embrapa Algodão, 2008. p. 75| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 12. | | MILANI, M.; ANDRADE, F. P. de; FREIRE, R. M. M.; SILVA, G. A. da; MOTA, J. R.; ANDRADE, C. C. de. Genótipos de porte médio de mamona avaliados em Irecê (BA) para teor de óleo e produtividade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 3., 2008, Salvador. Energia e ricinoquímica: anais. Salvador: SEAGRI: Embrapa Algodão, 2008. 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 13. | | FREITAS, J. G.; MOTA, J. R.; SILVA, G. A. da; DOURADO, S. O.; SILVA, F. de S.; SILVA, J. M. da; SILVA, C. F. L. da. Contribuição relativa das ordens primária, secundária e terciária de genótipos de mamoneira de porte baixo em Irecê-BA. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 363| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 14. | | FREITAS, J. G.; MILANI, M.; MOTA, J. R.; SILVA, G. A. da; DOURADO, S. O.; SILVA, F. de S.; SILVA, J. M. da; SILVA, C. F. L. da. Dimensões de sementes de mamoneira das ordens primária, secundária e terciária de genótipos de porte médio em Irecê-BA. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 424| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 15. | | FREITAS, J. G.; MOTA, J. R.; SILVA, G. A. da; DOURADO, S. O.; SILVA, F. de S.; SILVA, J. M. dA; SILVA, C. F. L. da. Participação relativa das ordens primária, secundária e terciária de genótipos de porte médio na produção em Irecê-BA. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 382| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 16. | | FREITAS, J. G.; ALBUQUERQUE, F. A. de; SILVA, J. C. A. da; MOTA, J. R.; SILVA, G. A. da; SILVA, C. F. L. da; SILVA, F. de S.; SILVA, J. M. da. Avaliação de quatro densidades populacional cultivar BRS ENERGIA em regime de sequeiro em Irecê-BA. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 267| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 17. | | FREITAS, J. G.; SILVA, J. C. A. da; MILANI, M.; ALVES. I.; VALLE, D. G.; AMORIM, R. S.; CARDOSO, G. D.; OLIVEIRA, J. M. C. de; CARTAXO, W. V.; GUIMARÃES, F. M.; MOTA, J. R.; SILVA, G. A. da. RECOMENDAÇÕES técnicas para o cultivo da mamona na Região de Irecê. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2008. 1 folder| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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| 18. | | FERREIRA, G. B.; SMIDERLE, O. J.; NOBREGA, M. B. de M.; GONDIM, T. M. de S.; ANDRADE, F. P. de; SUASSUNA, N. D.; COUTINHO, W. de M.; SEVERINO, L. S.; FREIRE, R. M. M.; VASCONCELOS, R. A.; SILVA, G. A. da; MOTA, J. R.; LEITE, M. do C. de L.; ARAGÃO, W. M. de; CARVALHO, H. W. L. de; OLIVEIRA, I. R. de; LIRA, M. A.; SANTOS, F. das C.; SANTIAGO, A. N.; DOURADO, V. V.; MILANI, M. BRS Energia Campina Grande: Embrapa Algodão, 2007. não paginado Folder| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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| 19. | | MILANI, M.; NOBREGA, M. B. de M.; GONDIM, T. M. de S.; ANDRADE, F. P. de; SUASSUNA, N. D.; COUTINHO, W. de M.; SEVERINO, L. S.; FREIRE, R. M. M.; VASCONCELOS, R. A.; SILVA, G. A. da; MOTA, J. R.; LEITE, M. do C. de L.; ARAGÃO, W. M. de; CARVALHO, H. W. L. de; OLIVEIRA, I. R. de; FERREIRA, G. B.; SMIDERLE, O. J.; LIRA, M. A.; SANTOS, F. das C.; SANTIAGO, A. N.; DOURADO, V. V. BRS Energia. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2007. 1 folder| Tipo: Cultivar Gerada/Lançada |
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