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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
19/12/2014 |
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Data da última atualização: |
24/08/2015 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MUNOZ, P. R.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; HUBER, D. A.; QUESADA, T.; RESENDE, M. D. V. de; NEALE, D. B.; WEGRZYN, J. L.; KIRST, M.; PETER, G. F. |
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Afiliação: |
Patricio R. Munoz, University of Florida; Marcio F. R. Resende Junior, University of Florida; Dudley A. Huber, University of Florida; Tania Quesada, University of Florida; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; David B. Neale, University of California; Jill L. Wegrzyn, University of California; Matias Kirst, University of Florida; Gary F. Peter, University of Florida. |
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Título: |
Genomic relationship matrix for correcting pedigree errors in breeding populations: impact on genetic parameters and genomic selection accuracy. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Crop Science, v. 54, p. 115-1123, May/June 2014. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Quantitative genetic analyses aim to estimate genetic parameters and breeding values to select superior parents, families, and individuals. For these estimates a relationship matrix derived from the pedigree typically is used in a mixed model framework. However, breeding is a complex, multistep process and errors in the pedigree are common. Because errors reduce the accuracy of genetic parameter estimates and affect genetic gain, it is important to correct these errors. Here we show that a realized relationship matrix (RRM) derived from single nucleotide polymorphism markers based on the normality of the relationship coefficients can be used to correct pedigree errors. For a loblolly pine (Pinus taeda L.) breeding population, errors in the pedigree were detected and corrected with the RRM. With the corrected pedigree, best linear unbiased predictor (BLUP) models fit the data significantly better for 14 out of 15 traits evaluated, and the predictive ability of the genomic selection models using ridge regression BLUP increased for 13 traits. The corrected pedigree based on the normality of the relationship coefficients improves accuracy of traditional estimations of heritability and breeding values as well as genomic selection predictions. As more breeding programs begin to use genomic selection, we recommend first using the dense panel of markers to correct pedigree errors and then using the improved information to develop genomic selection prediction models. |
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Palavras-Chave: |
Genética quantitativa; Melhoramento genético. |
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Thesagro: |
Parâmetro Genético. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114177/1/2014-API-Deon-GenomicRelationship.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 24 | |
| 1. |  | MUNOZ, P.; RESENDE JUNIOR, M.; RESENDE, M. D. V. de; GEZAN, S.; KIRST, M.; PETER, G. The re-discovery of the dominance variation by using the observed relationship matrix and itis implications in breeding. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON QUANTITATIVE GENETICS, 4., 2012, Edinburgh. Understanding Variation in Complex Traits. . [S.l.: s.n], 2012. Poster abstracts. P-367.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 2. | | BETTINI, S. H. P.; JOSEFOVICH, M. P. P. de M.; MUÑOZ, P. A. R.; LOTTI, C.; MATTOSO, L. H. C. Effect of lubricant on mechanical and rheological properties of compatibilized PP/sawdust composites. Carbohydrate Polymers, Barking, v. 94, n. 2, p. 800-806, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 3. | | RIOS, E.; RESENDE, M.; KIRST, M.; RESENDE, M. D. V. de; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MUNOZ, P. Predictive ability of Genomic Estimated Family Values (GEFV). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Pôster P1186.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 4. | | RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P.; ACOSTA, J. J.; PETER, G. F.; DAVIS, J. M.; GRATTAPAGLIA, D.; RESENDE, M. D. V. de; KIRST, M. Accelerating the domestication of trees using genomic selection: accuracy of prediction models across ages and environments. New Phytologist, v. 193, p. 617-624, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 5. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; GUIMARÃES, J. F. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; MUÑOZ, P.; KIRST, M.; RESENDE JUNIOR, M. F. R. The contribution of dominance to phenotype prediction in a pine breeding and simulated population. Heredity, v. 117, p. 33-41, July 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 6. | | RESENDE JUNIOR, M.; RESENDE, M. D. V. de; MUNOZ, P. R.; TAKAHASHI, E. K.; PETROLI, C.; SANSALONI, C.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D. Increase in efficiency of genomic selection sing epistatic interactions and detection of candidate genes for rust resistance in Eucalyptus. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2013. W287.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | RESENDE JUNIOR, M.; RESENDE, M. D. V. de; MUNOZ, P. R.; TAKAHASHI, E. K.; PETROLI, C.; SANSALONI, C.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D. Increase in efficiency of genomic selection sing epistatic interactions and detection of candidate genes for rust resistance in Eucalyptus. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2013. W287.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 8. | | FIGUEIREDO, U. J. de; BERCHEMBROCK, Y. V.; VALLE, C. B. do; BARRIOS, S. C. L.; QUESENBERRY, K. H.; MUÑOZ, P. R.; NUNES, J. A. R. Evaluating early selection in perennial tropical forages. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 19, n. 3, p. 291-299, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 9. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de A.; RODRIGUES, J. F. G.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JÚNIOR, M.; MUÑOZ, P.; KIRST, M. Genomic prediction of assitive and non-additive effects using genetic markers and pedigrees in pines breeding. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: SBMP: UFG, 2015. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 10. | | MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; KIRST, M.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; GRATTAPAGLIA, D. Genomic selection for growth traits in Eucalyptus benthamii and E. pellita populations using a genome-wide Eucalyptus 60K SNPs chip. In: IUFRO TREE BIOTECHNOLOGY CONFERENCE, 2015, Florence. Forests: the importance to the planet and society. [S.l.]: IBBR: ICCOM, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; KIRST, M.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; GRATTAPAGLIA, D. Genomic selection for growth traits in Eucalyptus benthamii and E. pellita populations using a genome-wide Eucalyptus 60K SNPs chip. In: IUFRO TREE BIOTECHNOLOGY CONFERENCE, 2015, Florence. Forests: the importance to the planet and society. [S.l.]: IBBR: ICCOM, 2015. Pen-drive.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 12. | | GUIMARÃES, J. F. R.; ALMEIDA FILHO, J. E.; RESENDE JÚNIOR, M. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; MUÑOZ, P.; KIRST, M. Predictive ability behavior across sites after discard of SNPS with unstable effects. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: SBMP: UFG, 2015. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 13. | | AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. Ridge, Lasso and Bayesian additive dominance genomic models. BMC Genetics, v. 16, art. 105, Aug. 2015. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 14. | | MUÑOZ, P. R.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; GEZAN, S. A.; RESENDE, M. D. V. de; CAMPOS, G. de los; KIRST, M.; HUBER, D.; PETER, G. F. Unraveling additive from nonadditive effects using genomic relationship matrices. Genetics, v. 198, p. 1759-1768, Dec. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 15. | | AZEVEDO, C. F.; FERRÃO, L. F. V.; BENEVENUTO, J.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; MUNOZ, P. R. Using visual scores for genomic prediction of complex traits in breeding programs. Theoretical and Applied Genetics, v. 137, n. 1, 2024. 16 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 16. | | RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P.; RESENDE, M. D. V. de; GARRICK, D. J.; FERNANDO, R. L.; DAVIS, J. M.; JOKELA, E. J.; MARTIN, T. A.; PETER, G. F.; KIRST, M. Accuracy of genomic selection methods in a standard data set of loblolly pine (Pinus taeda L.) Genetics, v. 190, p. 1503-1510, April 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 17. | | FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; VOLPI, P. S.; SOUZA, L. C. de; COMÉRIO, M.; VERDIN FILHO, A. C.; RIVA-SOUZA, E. M.; MUNOZ, P. R.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, L. F. V. Genomic-assisted breeding for climate-smart coffee. The Plant Genome, e20321, 2023. 19 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 18. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de A.; GUIMARÃES, J. F. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; MUÑOZ, P.; KIRST, M.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R. de. Genomic prediction of additive and non-additive effects using genetic markers and pedigrees. G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 9, p. 2739-2748, Aug. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 19. | | MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D. Genomic prediction in contrast to a genome-wide association study in explaining heritable variation of complex growth traits in breeding populations of Eucalyptus. BMC Genomics, v. 18, article 524, 2017. 17 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 20. | | RIOS, E. F.; ANDRADE, M. H. M. L.; RESENDE JR, M. F. R.; KIRST, M.; RESENDE, M. D. V. de; ALMEIDA FILHO, J. O. E. de; GEZAN, S. A.; MUNOZ, P. Genomic prediction in family bulks using different traits and cross-validations in pine. G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 11, n. 9, p. 1-12, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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