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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Cerrados; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
20/12/2023 |
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Data da última atualização: |
21/12/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ARAKAKI, J. E.; VIGNA, B. B. Z.; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; MUDADU, M. de A.; RIOS, E.; FAVERO, A. P. |
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Afiliação: |
JOYCE ETSUKO ARAKAKI; BIANCA BACCILI ZANOTTO VIGNA, CPPSE; MARCO AURÉLIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; ESTEBAN RIOS; ALESSANDRA PEREIRA FAVERO, CPPSE. |
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Título: |
A chromosome scale genome assembly of pensacola bahiagrass (paspalum notatum cv. pensacola) |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 12., 2023, Caxambu, MG. Anais. Piracicaba: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2023. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The development of new, cost-effective sequencing technologies, along with user-friendly computational tools, facilitates genomic studies of non-model species. Paspalum notatum is an important forage and turfgrass worldwide. Pensacola is a diploid (2n=20) cultivar with haploid genome size of 600Mb, estimated by flow cytometry. Pensacola is native to Argentina and has long narrow leaves, early flowering and cold tolerance. It is related to five ('Tiphi1', 'Tiphi 2', 'UF-Riata', 'Tifton 9' and 'Tifquick') of the 17 released cultivars and the most adopted cultivar in Southeastern Florida and South of Brazil, indicating its agro-economic importance. Here, we present a chromosome-scale genome assembly of Paspalum notatum cv. Pensacola. To obtain the PacBio HiFi sequences, Pensacola seeds were germinated and grown in a greenhouse at the University of Florida, and high molecular weight DNA extraction was performed from leaf tissue. PacBio HiFi sequencing was performed in a Sequel II system at Maryland Genomics, using one SMRT cell 8M in Circular Consensus Sequencing mode (CCS) with 30h of sequencing time. |
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Palavras-Chave: |
Genomic selection; Montagem de genoma; Pensacola. |
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Thesagro: |
Capim Pensacola; Gramínea Forrageira; Paspalum Notatum. |
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Thesaurus Nal: |
Genome; Genome assembly. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1160082/1/Resumo-Biotecnologia-e-genomica-2023.pdf
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Marc: |
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520 $aThe development of new, cost-effective sequencing technologies, along with user-friendly computational tools, facilitates genomic studies of non-model species. Paspalum notatum is an important forage and turfgrass worldwide. Pensacola is a diploid (2n=20) cultivar with haploid genome size of 600Mb, estimated by flow cytometry. Pensacola is native to Argentina and has long narrow leaves, early flowering and cold tolerance. It is related to five ('Tiphi1', 'Tiphi 2', 'UF-Riata', 'Tifton 9' and 'Tifquick') of the 17 released cultivars and the most adopted cultivar in Southeastern Florida and South of Brazil, indicating its agro-economic importance. Here, we present a chromosome-scale genome assembly of Paspalum notatum cv. Pensacola. To obtain the PacBio HiFi sequences, Pensacola seeds were germinated and grown in a greenhouse at the University of Florida, and high molecular weight DNA extraction was performed from leaf tissue. PacBio HiFi sequencing was performed in a Sequel II system at Maryland Genomics, using one SMRT cell 8M in Circular Consensus Sequencing mode (CCS) with 30h of sequencing time.
650 $aGenome
650 $aGenome assembly
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700 1 $aPESSOA FILHO, M. A. C. de P.
700 1 $aMUDADU, M. de A.
700 1 $aRIOS, E.
700 1 $aFAVERO, A. P.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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Origem |
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Registro |
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Status |
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| Registros recuperados : 108 | |
| 22. |  | HIGA, R. H.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; LOBO, F. P.; REGITANO, L. C. A. Estudo de associação genômica ampla utilizando Random Forest: estudo de caso em bovinos de corte. In: ARBEX, W.; MARTINS, N. F.; MARTINS, M. F. Talking about computing and genomics TACG. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 71-99.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 23. | | HIGA, R. H.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; LOBO, F. P.; REGITANO, L. C. de A. Estudo de associação genômica empla utilizando Random Forest: estudo de caso em bovinos de corte. In: ARBEX, A.; MARTINS, N. F.; MARTINS, M. F. Talking about computing and genomics - TACG: modelos e métodos computacionais em Bioinformática. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 71-99.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 27. | | SILVA, F. de L.; ROSA, A. do N.; SIQUEIRA, F.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; MOURÃO, G. B.; ROSA, G. J. M. Accuracy of genotype imputation in a Nellore Cattle population in Brazil. In: INTERNATIONAL PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 21., 2013, San Diego. Abstract... [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. P0540.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 31. | | ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Aplicações da bioinformática na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (Ed.). Agricultura digital: pesquisa, desenvolvimento e inovação nas cadeias produtivas. Brasília, DF: Embrapa, 2020. cap. 10, p. 234-257.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 32. | | DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 6., 2014, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2014. p. 28. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 57) Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 33. | | ARAKAKI, J. E.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; SANTOS, P. M.; FAVERO, A. P.; BORRA, R. C.; VIGNA, B. B. Z. Analysis of Paspalum notatum transcriptome under drought condition. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 14., 2018, São Pedro. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2018. p. 210. X-meeting 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 34. | | ARAKAKI, J. E.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; SANTOS, P. M.; FAVERO, A. P.; BORRA, R. C.; VIGNA, B. B. Z. Analysis of paspalum notatum transcriptome under drought condition. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 10., 2015, São Pedro, SP. Proceedings...São Pedro, SP: Meeting, 2018. p. 210. p. 210| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 35. | | ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Applications of bioinformatics in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (ed.). Digital agriculture: research, development and innovation in production chains. Brasília, DF: Embrapa, 2023. cap. 10, p. 179-194.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 38. | | ARAKAKI, J. E.; VIGNA, B. B. Z.; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; MUDADU, M. de A.; RIOS, E.; FAVERO, A. P. A chromosome scale genome assembly of pensacola bahiagrass (paspalum notatum cv. pensacola) In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 12., 2023, Caxambu, MG. Anais. Piracicaba: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Cerrados; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 39. | | KASARAPU, P.; PORTO-NETO, L. R.; FORTES, M. R. S.; LEHNERT, S. A.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L.; REGITANO, L. C. de A.; GEORGE, A.; REVERTER, A. The Bos taurus-Bos indicus balance in fertility and milk related genes. Plos One, v. 12, n. 8, p. 1-20, 2017. Artigo e0181930. Na publicação: Mauricio A. Mudadu, Luciana Regitano.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 40. | | LIMA, B. L.; LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; BRESSANI, F.; MALAGO JUNIOR, W.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A. Validação de um SNP associado à área de olho de lombo em uma população de animais Canchim. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 43. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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