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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/11/2022 |
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Data da última atualização: |
07/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, AUBURN UNIVERSITY; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. MenosSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulato... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cis-regulação; Cis-regulation; Data integration; Epigenética; Expressão gênica; Genômica; Integração de dados; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Epigenetics; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 63 | |
| 41. |  | LUCHIARI JUNIOR, A.; BORGHI, E.; AVANZI, J. C.; FREITAS, A. A. de; BORTOLON, L.; BORTOLON, E. S. O.; UMMUS, M. E.; INAMASU, R. Y. Zonas de manejo: teoria e prática. In: INAMASU, R. Y.; NAIME, J. de M.; RESENDE, A. V. de; BASSOI, L. H.; BERNARDI, A. de C. (Ed.). Agricultura de precisão: um novo olhar. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2011. p. 60-64.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação; Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 42. | | FERREIRA JUNIOR, O. J.; BORTOLON, L.; BORGHI, E.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P. de; SILVA, R. R. da; LIMA, A. de O.; SOUSA, J. P. de; PADUA, R. P. de; ANDRADE, C. A. O. de. Altura de plantas de soja em função da correção do solo e sobressemeadura de forrageiras na soja. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 736. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 43. | | FERREIRA JUNIOR, O. J.; BORTOLON, L.; BORGHI, E.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P. de; SILVA, R. R. da; LIMA, A. de O.; SOUSA, J. P. de; PADUA, R. P. de; ANDRADE, C. A. O. de. Altura de plantas de soja em função da correção do solo e sobressemeadura de forrageiras na soja. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 736. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 44. | | SILVA, F. H.; BORTOLON, L.; BORGHI, E.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P. de; NICOLODI, M.; GIANELLO, C.; FERREIRA JÚNIOR, O. J.; SILVA, R. R. da; LIMA, A. de O.; SOUZA, J. P. de; PÁDUA, R. P. de. Absorção de macronutrientes pela soja em função da correção do solo e sobressemeadura de forrageiras. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 909. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 45. | | SILVA, F. H.; BORTOLON, L.; BORGHI, E.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P. de; NICOLODI, M.; GIANELLO, C.; FERREIRA JÚNIOR, O. J.; SILVA, R. R. da; LIMA, A. de O.; SOUZA, J. P. de; PÁDUA, R. P. de. Absorção de macronutrientes pela soja em função da correção do solo e sobressemeadura de forrageiras. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 909. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 46. | | TEIXEIRA NETO, M. L.; ARAUJO NETO, R. B. de; CARVALHO, G. M. C.; AZEVEDO, D. M. P. de; FROTA, M. N. L. da; COSTA, J. B.; QUINZEIRO NETO, T.; FRAZAO, J. M. F.; BARBOSA, C. F.; BORTOLON, E. S. O. Casos de sucesso com sistemas de ILP e ILPF na região do MATOPIBA. In: BUNGENSTAB, D. J.; ALMEIDA, R. G. de; LAURA, V. A.; BALBINO, L. C.; FERREIRA, A. D. (Ed.). ILPF: inovação com integração de lavoura, pecuária e floresta. Brasília, DF: Embrapa, 2019. cap. 40, p. 653-668.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Cocais; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 47. | | ANDRADE, C. A. O. de; BORGHI, E.; BORTOLON, L.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P. de; AVANZI, J. C.; GUARDA, V. D. A.; CUNHA, M. K.; SILVA, R. R. da; FIDELIS, R. R. Forage production and bromatological composition of forage species intercropped with soybean. Journal of Agricultural Science, v. 12, n. 1, p. 84-94, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 48. | | LIMA, A. de O.; SILVA, F. H.; BORTOLON, L.; CAMARGO, F. P. de; BORTOLON, E. S. O.; SOUZA, O. R. de; PÁDUA, R. P. B. de; ALMEIDA, R. E. M. de; SIMON, J.; CONCEIÇÃO, W. S. S. Resposta de híbridos de milho ao manejo da adubação na safrinha. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 848. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 49. | | FERREIRA JUNIOR, O. J.; BORTOLON, L.; BORGHI, E.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P. de; SILVA, R. R. da; LIMA, A. de O.; SOUSA, J. P. de; PADUA, R. P. de; ANDRADE, C. A. O. de. Produtividade da soja em função da correção do solo e sobressemeadura de forrageiras na soja. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 749. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 50. | | FERREIRA JUNIOR, O. J.; BORTOLON, L.; BORGHI, E.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P. de; SILVA, R. R. da; LIMA, A. de O.; SOUSA, J. P. de; PADUA, R. P. de; ANDRADE, C. A. O. de. Produtividade da soja em função da correção do solo e sobressemeadura de forrageiras na soja. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 749. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 51. | | FREITAS, A. A.; BARBOSA, C. F.; SANTOS, D.; BORTOLON, E. S. O.; BORGHI, E.; AVANZI, J. C.; BORTOLON, L.; CAMPOS, L. J. M.; ALCANTARA, P. H. R.; GUARDA, V. D. A. Innovative approach to address challenges and opportunities to conservation agriculture adoption in Brazilian agricultural frontier. In: WORLD CONGRESS ON CONSERVATION AGRICULTURE, 6., 2014, Winnipeg, Manitoba. Proceedings. West Lafayette: Conservation Technology Information Center, 2014. p. 9-10.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Soja. |
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| 52. | | COSTA, R. V. da; SIMON, J.; ALMEIDA, R. E. M. de; CAMARGO, F. P. de; COTA, L. V.; SILVA, D. D. da; BORTOLON, E. S. O.; BORTOLON, L.; LAGO, B. C. Perdas causadas pelas podridões do colmo na produtividade do milho safrinha no Estado do Tocantins. Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2015. 23 p. (Embrapa Milho e Sorgo. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 128).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 53. | | ANDRADE, C. A. O. de; BORGHI, E.; BORTOLON, L.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P. de; AVANZI, J. C.; SIMON, J.; SILVA, R. R. da; FIDELIS, R. R. Straw production and agronomic performance of soybean intercropped with forage species in no-tillage system. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 10, p. 861-868, out. 2017. Título em português: Produção de palha e desempenho agronômico de soja consorciada com espécies forrageiras em sistema plantio direto.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 54. | | LIMA, A. de O.; SILVA, F. H.; ROCHA, P. H.; BORTOLON, L.; CAMARGO, F. P. de; BORTOLON, E. S. O.; CONCEIÇÃO, W. S. S.; SOUZA, O. R. de; PEREIRA, M. H. M.; SOUZA, J. P. de. Teor de clorofila e índice de vegetação diferencial normalizada em cultivares de soja em sistema de sucessão soja-milho. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 826. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 55. | | BORTOLON, L.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P. de; SERAGLIO, N. A.; LIMA, A. de O.; ROCHA, P. H. F.; SOUZA, J. P. de; SOUSA, W. C.; TOMAZZI, M.; LAGO, B. C.; NICOLODI, M.; GIANELLO, C. Yield and nutrient uptake of soybean cultivars under intensive cropping systems. Journal of Agricultural Science, v. 10, n. 12, p. 344-357, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 56. | | FIDELIS, R. R.; ROCHA, R. de O.; VELOSO, D. A.; BORTOLON, L.; SOARES, G. M.; BORTOLON, E. S. O.; TAVARES, T. C. de O.; SOUSA, S. A. de; OLIVEIRA, L. B. de; OLIVEIRA, A. C. F. de; LEAL, T. H. V.; BARBOSA, M. R. de A.; SERAGLIO, N. A.; FERRARI, J. M. Agronomic characteristics of common bean genotypes influenced by the use of boron. American Scientific Research Journal for Engineering, Technology, and Sciences, v. 67, n. 1, p. 80-86, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 57. | | DONAGEMMA, G. K.; FREITAS, P. L. de; BALIEIRO, F. de C.; FONTANA, A.; SPERA, S. T.; LUMBRERAS, J. F.; VIANA, J. H. M.; ARAUJO FILHO, J. C. de; SANTOS, F. C. dos; ALBUQUERQUE FILHO, M. R. de; MACEDO, M. C. M.; TEIXEIRA, P. C.; AMARAL, A. J. do; BORTOLON, E. S. O.; BORTOLON, L. Characterization, agricultural potential, and perspectives for the management of light soils in Brazil. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 51, n. 9, p. 1003-1020, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Solos. |
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| 58. | | BORTOLON, L.; BORGHI, E.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P.; CIRQUEIRA, A. L. O.; CAMPOS, L. J. M.; AVANZI, J. C.; LIMA, A. de O.; BARBOSA, R. P.; SILVA JÚNIOR, O. H. da; SOUZA, J. P.; FERREIRA, C. C. B. Cover crop oversowing soybean as alternative to increase crop yield. In: ASA-CSSA-SSSA INTERNATIONAL ANNUAL MEETINGS, 2014, Long Beach-CA. Grand Challenges great solutions. Madison: American Society of Agronomy, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 59. | | BORTOLON, L.; BORGHI, E.; BORTOLON, E. S. O.; CAMARGO, F. P.; CIRQUEIRA, A. L. O.; CAMPOS, L. J. M.; AVANZI, J. C.; LIMA, A. de O.; BARBOSA, R. P.; SILVA JÚNIOR, O. H. da; SOUZA, J. P.; FERREIRA, C. C. B. Cover crop oversowing soybean as alternative to increase crop yield. In: ASA-CSSA-SSSA INTERNATIONAL ANNUAL MEETINGS, 2014, Long Beach-CA. Grand Challenges great solutions. Madison: American Society of Agronomy, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 60. | | FIDELIS, R. R.; SERAGLIO, N. A.; RAUBER, W. A.; MARQUES, K. R.; BORTOLON, L.; BORTOLON, E. S. O.; TAVARES, A. T.; ROTILI, E. A.; FREITAS, G. A. de; SOUZA, W. R. de; BARROS, H. B.; LEAL, T. H. V. L.; SOUSA, P. L. R.; BURIN, L. X. Kinetin and nitrogen in agronomic characteristics of soybean. American Scientific Research Journal for Engineering, Technology, and Sciences, v. 69, n. 1, p. 113-120, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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