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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
Data corrente: |
02/12/2016 |
Data da última atualização: |
08/02/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
COSTA, E. A.; ANONI, C. O.; MANCINI, M. C.; SANTOS, F. R. C.; MARCONI, T. G.; GAZAFFI, R.; PASTINA, M. M.; PERECIN, D.; MOLINARI, M.; XAVIER, M. A.; PINTO, L. R.; SOUZA, A. P.; GARCIA, A. A. F. |
Afiliação: |
UNICAMP; ESALQ; UNICAMP; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; ESALQ; Universidade Federal de São Carlos; MARIA MARTA PASTINA, CNPMS; UNESP; ESALQ; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; UNICAMP; ESALQ. |
Título: |
QTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Euphytica, Dordrecht, v. 211, n. 1, p. 1-16, 2016. |
DOI: |
10.1007/s10681-016-1746-7 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Quantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation ratio of each mapped QTL (1:2:1, 3:1 or 1:1). Our results provide information about the genetic organization of the sugarcane genome and constitute the first step toward a better dissection of complex traits. MenosQuantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Melhroramento. |
Thesagro: |
Cana de açúcar; Marcador genético. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02608naa a2200313 a 4500 001 2057827 005 2017-02-08 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1007/s10681-016-1746-7$2DOI 100 1 $aCOSTA, E. A. 245 $aQTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny.$h[electronic resource] 260 $c2016 520 $aQuantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation ratio of each mapped QTL (1:2:1, 3:1 or 1:1). Our results provide information about the genetic organization of the sugarcane genome and constitute the first step toward a better dissection of complex traits. 650 $aCana de açúcar 650 $aMarcador genético 653 $aMelhroramento 700 1 $aANONI, C. O. 700 1 $aMANCINI, M. C. 700 1 $aSANTOS, F. R. C. 700 1 $aMARCONI, T. G. 700 1 $aGAZAFFI, R. 700 1 $aPASTINA, M. M. 700 1 $aPERECIN, D. 700 1 $aMOLINARI, M. 700 1 $aXAVIER, M. A. 700 1 $aPINTO, L. R. 700 1 $aSOUZA, A. P. 700 1 $aGARCIA, A. A. F. 773 $tEuphytica, Dordrecht$gv. 211, n. 1, p. 1-16, 2016.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Registros recuperados : 55 | |
2. | | MOLINARI, M. L.; CRESPO, J. M.; SILVA, E.; TEIXEIRA, K. R. dos S. From continouus culture to the proteome of Gluconacetobacter Diazotrophicus. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. Slll. 14Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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4. | | SOUZA, E. M. G.; MARIN, D. R.; MOLINARI, M. D. C.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Análise in silico da família PF00257 em soja visando identificar genes candidatos para tolerância à seca via edição gênica. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 16., 2021, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2021. p. 27-36. (Embrapa Soja. Documentos, 440). Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Kelly Catharin, editoras técnicas. Acesso aberto.
Open access.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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5. | | MARIN, D. R.; SOUZA, E. M. G.; MOLINARI, M. D. C.; MARIN, S. R. R.; NEPOMUCENO, A. L.; MERTZ-HENNING, L. M. Análise in silico de genes para ganho em teor e qualidade proteica em semente de soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 16., 2021, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2021. p. 17-26. (Embrapa Soja. Documentos, 440). Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Kelly Catharin, editoras técnicas. Acesso aberto.
Open access.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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6. | | SOUZA, E. M. G.; MARIN, D. R.; MOLINARI, M. D. C.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Análise in silico de genes NAC diferencialmente expressos em cultivares de soja sob déficit hídrico. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 15., 2020, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2020. 244 p. (Embrapa Soja. Documentos, 429). p. 90-99 (Embrapa Soja. Documentos, 429). Artigo de acesso aberto.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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7. | | MOLINARI, M. D. C.; BARBOSA, D. A.; MARIN, S. R. R.; ANDREATTA, E. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MERTZ-HENNING, L. M.; HARMON, F.; NEPOMUCENO, A. L. Análise in sílico de splicing alternativo em Arabidopsis thaliana DBR1 mutante. In: CONGRESO DE LA SOJA DEL MERCOSUR, 7.; A TODA SOJA, 2019, Rosario. Reformular la Soja para Impulsar una Cadena de Conocimiento: [anais]. Rosario: ACSOJA, 2019. MERCOSOJA, 2019.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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8. | | MARIN, D. R.; SOUZA, E. M. G.; MOLINARI, M. D. C.; MARIN, S. R. R.; JOAQUIM, P. I. L.; NEPOMUCENO, A. L.; MERTZ-HENNING, L. M. Análise in silico de transportadores de aminoácidos diferencialmente expressos em sementes de cultivares de soja com variação na coloração do tegumento. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 15., 2020, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2020. 244 p. (Embrapa Soja. Documentos, 429). p. 119-126 (Embrapa Soja. Documentos, 429). Artigo de acesso aberto.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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9. | | BARBOSA, D. de A.; MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; KAFER, J. M.; MARIN, D. C.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Caracterização in silico de genes drip em Glycine max e Glycine soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 144. p. 164.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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10. | | FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MOLINARI, M. D. C.; BARBOSA, D. A.; CARANHATO, A. L. H.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Correlação entre a porcentagem de alinhamentos únicos em bibliotecas de RNAseq de soja sob deficit hídrico com diferentes tamanhos de fragmento. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 8., 2018, Goiânia. Inovação, tecnologias digitais e sustentabilidade da soja: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 685-687.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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11. | | FAVERO, F. R.; MOLINARI, M. D. C.; MADUREIRA, A.; HENNING, F. A.; MARIN, S. R. R.; KRZYZANOWSKI, F. C.; MERTZ-HENNING, L. M. Correlação entre teor de lignina e porcentagem de deiscência em vagens de soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 17., 2022, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2022. (Embrapa Soja. Documentos, 446). Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Larissa Alexandra Cardoso Moraes, Kelly Catharin, Editoras Técnicas. p. 73-78.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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12. | | MADUREIRA, A.; MOLINARI, M. D. C.; MARIN, S. R. R.; PAGLIARINI, R. F.; HENNING, F. A.; NEPOMUCENO, A. L.; FINATTO, T.; MERTZ-HENNING, L. M. Correlations between lignin content and related genes, weathering deterioration, and soybean seed quality at pre‑harvest. Journal of Crop Science and Biotechnology, v. 26, p. 489-497, 2023.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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13. | | SILVA, N. V. e; ANGELOTTI-MENDONÇA, J.; BARBOSA, E. G. G.; GIROTTO, L.; MOLINARI, M. D. C.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Edição de genoma por CRISPR/Cas via recombinação homóloga. In: MOLINARI, H. B. C.; VIEIRA, L. R.; SILVA, N. V. e; PRADO, G. S.; LOPES FILHO, J. H. (Ed.). Tecnologia CRISPR na edição genômica de plantas: biotecnologia aplicada à agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2020. p. 91-124.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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14. | | MOLINARI, M. D. C.; BARBOSA, D. A.; MERTZ-HENNING, L. M.; HENNING, F. A.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MARIN, S. R. R.; NEPOMUCENO, A. L. Transformação genética de soja com gene chave da biossíntese do ABA e os reflexos na qualidade e desempenho das sementes. Informativo ABRATES, Londrina, v. 27, n.2, ago. 2017. Número especial. Edição dos Resumos do XX Congresso Brasileiro de Sementes, Foz do Iguaçu, 2017. p. 229.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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15. | | KAFER, J. M.; MOLINARI, M. D. C.; HENNING, F. A.; KOLTUN, A.; MARQUES, V. V.; MARIN, S. R. R.; NEPOMUCENO, A. L.; MERTZ-HENNING, L. M. Transcriptional profile of soybean seeds with contrasting seed coat color. Plants, v. 12, n. 7, 1555, 2023. 19 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
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17. | | CRUZ, G. E. N.; SILVA, M. H. P.; MOLINARI, M. D. C.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Fatores que influenciam o processo de transformação genética em soja via Agrobacterium tumefaciens. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 14., 2019, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2019. 163 p. (Embrapa Soja. Documentos, 415). p. 81-86.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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18. | | SILVA, N. V. e; ANGELOTTI-MENDONÇA, J.; BARBOSA, E. G. G.; GIROTTO, L.; MOLINARI, M. D. C.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Genome editing by CRISPR/Cas via homologous recombination. In: MOLINARI, H. B. C.; VIEIRA, L. R.; SILVA, N. V. e; PRADO, G. S.; LOPES FILHO, J. F. (Ed.). CRISPR technology in plant genome editing: biotechnology applied to agriculture. Brasília, DF : Embrapa, 2021. Chapter 3, p. 89-118.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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19. | | MOLINARI, M. D. C.; BARBOSA, D. A.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; ANDREATA, E. C.; CARANHATO, A. L. H.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Influência do tamanho de reads e presença de duplicatas não naturais em bibliotecas de RNA-Seq de soja sob deficit hídrico. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 8., 2018, Goiânia. Inovação, tecnologias digitais e sustentabilidade da soja: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 688-690.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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20. | | BARBOSA. D. A.; MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MARIN, S. R. R.; CARANHATO, A. L. H.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Seleção de plantas de soja geneticamente modificadas para resistência ao herbicida glufosinato de amônio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 8., 2018, Goiânia. Inovação, tecnologias digitais e sustentabilidade da soja: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 672-674.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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