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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
09/10/2020 |
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Data da última atualização: |
09/10/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCELA MARIA DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCar; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ/USP; JULIANA AFONSO, UFSCar; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, UFSCar; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; FABIANA BARICHELLO MOKRY, UFSCar; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, NGS Soluções Genômicas, Piracicaba; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. |
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Conteúdo: |
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Allelic expression; Expressão gênica; Regulação da expressão gênica. |
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Thesagro: |
Bos Indicus. |
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Thesaurus Nal: |
Gene expression regulation. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216548/1/AP-Allele-specific-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 36 | |
| 5. |  | HIGA, R. H.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; LOBO, F. P.; REGITANO, L. C. A. Estudo de associação genômica ampla utilizando Random Forest: estudo de caso em bovinos de corte. In: ARBEX, W.; MARTINS, N. F.; MARTINS, M. F. Talking about computing and genomics TACG. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 71-99.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 6. | | HIGA, R. H.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; LOBO, F. P.; REGITANO, L. C. de A. Estudo de associação genômica empla utilizando Random Forest: estudo de caso em bovinos de corte. In: ARBEX, A.; MARTINS, N. F.; MARTINS, M. F. Talking about computing and genomics - TACG: modelos e métodos computacionais em Bioinformática. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 71-99.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A. Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 9., 2012, João Pessoa. Anais... João Pessoa: SBMA, 2012. Não paginado. SBMA 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 10. | | DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 6., 2014, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2014. p. 28. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 57) Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 11. | | LIMA, B. L.; LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; BRESSANI, F.; MALAGO JUNIOR, W.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A. Validação de um SNP associado à área de olho de lombo em uma população de animais Canchim. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 43. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 13. | | LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A. Preliminary studies for identification of SNPs associated with ribeye area in Canchim cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 43. ISAFG 2013. AB.36.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 14. | | LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L.; REGITANO, L. C. de A. Preliminary studies for identification of SNPs associated with ribeye area in Canchim cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.36.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 16. | | MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A. An insight into the linkage disequilibrium map of the Canchim beef cattle breed. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 17. | | SOMAVILLA, A. L.; REGITANO, L. C. de A.; ROSA, G. J. M.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P. Genome-enabled prediction of breeding values for feedlot average daily weight gain in nelore cattle. G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 7, p. 1-17, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 18. | | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; URBINATI, I.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; SCHENKEL, F. S.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Genome-wide association study on long-yearling scrotal circumference in Canchim cattle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings...Vancouver: WCGALP: Amarican Society of Animal Science, 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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