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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
03/03/2017 |
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Data da última atualização: |
04/10/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VALDISSER, P. A. M. R.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; MENEZES, I. P. P. de; MÜLLER, B. S. F.; PEREIRA, W. J.; NARCISO, M. G.; BRONDANI, C.; SOUZA, T. L. P. O.; BORBA, T. C. O.; VIANELLO, R. P. |
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Afiliação: |
PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; GEORGIOS J. PAPPAS JUNIOR, UNB; IVANDILSON P. P. DE MENEZES, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Urutaí-GO; BARBARA S. F. MULLER, UNB; WENDELL J. PEREIRA, UFG; MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPAF; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; THIAGO LIVIO PESSOA OLIV DE SOUZA, CNPAF; TEREZA CRISTINA DE OLIVEIRA BORBA, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
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Título: |
SNP discovery in common bean by restriction-associated DNA (RAD) sequencing for genetic diversity and population structure analysis. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 3, p. 1277-1291, June 2016. |
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ISSN: |
1617-4623 |
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DOI: |
10.1007/s00438-016-1182-3 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Researchers have made great advances into the development and application of genomic approaches for common beans, creating opportunities to driving more real and applicable strategies for sustainable management of the genetic resource towards plant breeding. This work provides useful polymorphic single-nucleotide polymorphisms (SNPs) for high-throughput common bean genotyping developed by RAD (restriction site-associated DNA) sequencing. The RAD tags were generated from DNA pooled from 12 common bean genotypes, including breeding lines of different gene pools and market classes. The aligned sequences identified 23,748 putative RAD-SNPs, of which 3357 were adequate for genotyping; 1032 RADSNPs with the highest ADT (assay design tool) score are presented in this article. The RAD-SNPs were structurally annotated in different coding (47.00 %) and non-coding (53.00 %) sequence components of genes. A subset of 384 RAD-SNPs with broad genome distribution was used to genotype a diverse panel of 95 common bean germplasms and revealed a successful amplification rate of 96.6 %, showing 73 % of polymorphic SNPs within the Andean group and 83 % in the Mesoamerican group. A slightly increased He (0.161, n = 21) value was estimated for the Andean gene pool, compared to the Mesoamerican group (0.156, n = 74). For the linkage disequilibrium (LD) analysis, from a group of 580 SNPs (289 RAD-SNPs and 291 BARC-SNPs) genotyped for the same set of genotypes, 70.2 % were in LD, decreasing to 0.10 %in the Andean group and 0.77 % in the Mesoamerican group. Haplotype patterns spanning 310 Mb of the genome (60 %) were characterized in samples from different origins. However, the haplotype frameworks were under-represented for the Andean (7.85 %) and Mesoamerican (5.55 %) gene pools separately. In conclusion, RAD sequencing allowed the discovery of hundreds of useful SNPs for broad genetic analysis of common bean germplasm. From now, this approach provides an excellent panel of molecular tools for whole genome analysis, allowing integrating and better exploring the common bean breeding practices. MenosResearchers have made great advances into the development and application of genomic approaches for common beans, creating opportunities to driving more real and applicable strategies for sustainable management of the genetic resource towards plant breeding. This work provides useful polymorphic single-nucleotide polymorphisms (SNPs) for high-throughput common bean genotyping developed by RAD (restriction site-associated DNA) sequencing. The RAD tags were generated from DNA pooled from 12 common bean genotypes, including breeding lines of different gene pools and market classes. The aligned sequences identified 23,748 putative RAD-SNPs, of which 3357 were adequate for genotyping; 1032 RADSNPs with the highest ADT (assay design tool) score are presented in this article. The RAD-SNPs were structurally annotated in different coding (47.00 %) and non-coding (53.00 %) sequence components of genes. A subset of 384 RAD-SNPs with broad genome distribution was used to genotype a diverse panel of 95 common bean germplasms and revealed a successful amplification rate of 96.6 %, showing 73 % of polymorphic SNPs within the Andean group and 83 % in the Mesoamerican group. A slightly increased He (0.161, n = 21) value was estimated for the Andean gene pool, compared to the Mesoamerican group (0.156, n = 74). For the linkage disequilibrium (LD) analysis, from a group of 580 SNPs (289 RAD-SNPs and 291 BARC-SNPs) genotyped for the same set of genotypes, 70.2 % were in LD, decreasing to 0.10 %... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
DNA; Feijão; Phaseolus vulgaris. |
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Thesaurus Nal: |
Beans; Fabaceae; Genetic variation; Haplotypes; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 36 | |
| 21. |  | ALVES, M. F.; PEREIRA, F. R. A.; ANDRADE, A. M. de; MENEZES, I. P. P. de; HOFFMANN, L. V.; BARROSO, P. A. V. Marcadores moleculares polimórficos entre algodoeiros mocós e herbáceos. Revista Ciência Agronômica, v. 40, n. 3, p. 406-411, jul./set., 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 22. | | CARDOSO, K. C. M.; BARROSO, G. H.; FREITAS, F. O.; MENEZES, I. P. P. de; SILVA, C. F.; ARRIEL, N. H. C.; SOFIATTI, V.; HOFFMANN, L. V. Traditional fabric and medicinal use are the leading factors of in situ conservation of Gossypium barbadense in Central Brazil. Sustainability, v. 15, n. 5, 4552, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 23. | | CASTRO, A. A.; HOFFMANN, L. V.; LIMA, T. H.; OLIVEIRA, A. I. D.; BRITO, R. R.; MENDES, L. de M. O.; PEREIRA, C. C. O.; MALAFAIA, G.; MENEZES, I. P. P. de. Gossypium barbadense: an Approach for in Situ Conservation in Cerrado, Brazil. Journal of Agricultural Science, v. 8, n.8, P. 59-67, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 24. | | MENDES, L. de M. O.; COSTA, N. D. L. da; ABREU, A. G. de; BORBA, T. C. de O.; FILIPPI, M. C. C. de; SILVA-LOBO, V. L.; MENEZES, I. P. P. de; HOFFMANN, L. V. Desenvolvimento de marcadores SNPS ligados a genes de avirulência de Magnaporthe oryzae. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 14., 2020, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 48.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 25. | | MENDES, L. de M. O.; COSTA, N. D. L. da; ABREU, A. G. de; BORBA, T. C. de O.; FILIPPI, M. C. C. de; SILVA-LOBO, V. L.; MENEZES, I. P. P. de; HOFFMANN, L. V. Desenvolvimento de marcadores SNPS ligados a genes de avirulência de Magnaporthe oryzae. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 14., 2020, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 48.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 26. | | MAGALHAES, F. O. da C.; CUNHA, N. O.; BARROSO, P. A. V.; SUASSUNA, N. D.; HOFFMANN, L. V.; ALLEM, L. N.; MENEZES, I. P. P. de; BRANQUINHO, A. A. Definição de metodologias associadas à utilização de marcadores moleculares associados à resistência a doenças em algodoeiros. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ALGODÃO, 8., 2011, São Paulo. Evolução da cadeia para construção de um setor forte. Anais. Campina Grande, PB: Embrapa Algodão, 2011. p.7-12| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 27. | | MENDES, L. de M. O.; ABREU, A. G. de; BORBA, T. C. de O.; FILIPPI, M. C. C. de; SILVA-LOBO, V. L.; MENEZES, I. P. P. de; HOFFMANN, L. V. Detecção de marcadores SNPs ligados a genes de avirulência de Magnaporthe oryzae. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 15., 2021, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 72. Evento online.| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 28. | | MENDES, L. de M. O.; ABREU, A. G. de; BORBA, T. C. de O.; FILIPPI, M. C. C. de; SILVA-LOBO, V. L.; MENEZES, I. P. P. de; HOFFMANN, L. V. Detecção de marcadores SNPs ligados a genes de avirulência de Magnaporthe oryzae. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 15., 2021, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 72. Evento online.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 29. | | HOFFMANN, L. V.; CARDOSO, K. C. M.; ROCHA, A. S. N. da C.; OLIVEIRA, A. I. D. de; ABREU, A. G. de; PEREIRA, C. C. de O.; MALAFAIA, G.; MENEZES, I. P. P. de. Genetic diversity of Gossypium barbadense from the central Brazilian Amazon. Acta Amazônica, Manaus, v. 48, n. 1, p. 1-9, jan./mar. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 30. | | COELHO, G. R. C.; BRONDANI, C.; HOFFMANN, L. V.; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. O.; MENDONÇA, J. A.; RODRIGUES, L. A.; MENEZES, I. P. P. de. Genetic diversity of high performance cultivars of upland and irrigated Brazilian rice. Genetics and Molecular Research, v. 16, n. 3, gmr16039793, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 32. | | CARDOSO, P. C. B.; VEIGA, M. M.; MENEZES, I. P. P. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. O.; MELO, L. C.; DEL PELOSO, M. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Molecular characterization of high performance inbred lines of Brazilian common beans. Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 4, p. 5467-5484, Feb. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 33. | | MÜLLER, B. S. F.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; ABREU, A. G.; BORBA, T. C. O.; SAKAMOTO, T.; BRONDANI, C.; BARROS, E. G.; VIANELLO, R. P. An operational SNP panel integrated to SSR marker for the assessment of genetic diversity and population structure of the common bean. Plant Molecular Biology Reporter, v. 33, n. 6, p. 1697-1711, Dec. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 34. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; MENEZES, I. P. P. de; MÜLLER, B. S. F.; PEREIRA, W. J.; NARCISO, M. G.; BRONDANI, C.; SOUZA, T. L. P. O.; BORBA, T. C. O.; VIANELLO, R. P. SNP discovery in common bean by restriction-associated DNA (RAD) sequencing for genetic diversity and population structure analysis. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 3, p. 1277-1291, June 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 35. | | FARIA, B. M. S. de; MENEZES, I. P. P. de; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; BORBA, T. C. de O.; ABREU, A. G. de; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P. Análise da diversidade genética e estruturação populacional entre marcadores SSRs e SNPs em germoplasma de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 57-60.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 36. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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