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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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Data corrente: |
09/07/2019 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERREIRA FILHO, D.; BUENO FILHO, J. S. de S.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; ALVES, R. R.; BAENA, M. M.; MEIRELLES, S. L. C. |
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Afiliação: |
Diógenes Ferreira Filho, UFRRJ; Júio Sílvio de Sousa Bueno Filho, UFLA; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; MAURICIO MELLO DE ALENCAR, CPPSE; ROSIANA RODRIGUES ALVES, CNPASA; Marielle Moura Baena, UFLA; Sarah Laguna Conceição Meirelles, UFLA. |
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Título: |
Tournaments between markers as a strategy to enhance genomic predictions. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 14, n. 7, e0219448, p. 1-17, 2019. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0219448 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Analysis of a large number of markers is crucial in both genome-wide association studies (GWAS) and genome-wide selection (GWS). However there are two methodological issues that restrict statistical analysis: high dimensionality (p>>n) and multicollinearity. Although there are methodologies that can be used to fit models for data with high dimensionality (eg,the Bayesian Lasso), a big problem that can occurs in this cases is that the predictive ability of the model should perform well for the individuals used to fit the model, but should not perform well for other individuals, restricting the applicability of the model. This problem can be circumvent by applying some selection methodology to reduce the number of markers (but keeping the markers associated with the phenotypic trait) before adjusting a model to predict GBVs. We revisit a tournament-based strategy between marker samples, where each sample has good statistical properties for estimation: n>p and low collinearity. Such tournaments are elaborated using multiple linear regression to eliminate markers. This method is adapted from previous works found in the literature. We used simulated data as well as real data derived from a study with SNPs in beef cattle. Tournament strategies not only circumvent the p>>n issue, but also minimize spurious associations. For real data, when we selected a few more than 20 markers, we obtained correlations greater than 0.70 between predicted Genomic Breeding Values (GBVs) and phenotypes in validation groups of a cross-validation scheme; and when we selected a larger number of markers (more than 100), the correlations exceeded 0.90, showing the efficiency in identifying relevant SNPs (or segregations) for both GWAS and GWS. In the simulation study, we obtained similar results. MenosAnalysis of a large number of markers is crucial in both genome-wide association studies (GWAS) and genome-wide selection (GWS). However there are two methodological issues that restrict statistical analysis: high dimensionality (p>>n) and multicollinearity. Although there are methodologies that can be used to fit models for data with high dimensionality (eg,the Bayesian Lasso), a big problem that can occurs in this cases is that the predictive ability of the model should perform well for the individuals used to fit the model, but should not perform well for other individuals, restricting the applicability of the model. This problem can be circumvent by applying some selection methodology to reduce the number of markers (but keeping the markers associated with the phenotypic trait) before adjusting a model to predict GBVs. We revisit a tournament-based strategy between marker samples, where each sample has good statistical properties for estimation: n>p and low collinearity. Such tournaments are elaborated using multiple linear regression to eliminate markers. This method is adapted from previous works found in the literature. We used simulated data as well as real data derived from a study with SNPs in beef cattle. Tournament strategies not only circumvent the p>>n issue, but also minimize spurious associations. For real data, when we selected a few more than 20 markers, we obtained correlations greater than 0.70 between predicted Genomic Breeding Values (GBVs) and phenotyp... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genome-wide; Genomic Breeding Values; GWAS; GWS; SNPs. |
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Thesagro: |
Genoma; Genótipo; Marcador Genético; Seleção Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic markers; Genomics; Genotyping. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/199471/1/Tournaments-between-markers-as-a-strategy-correcao.pdf
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Marc: |
LEADER 02769naa a2200349 a 4500
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
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Status |
URL |
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| Registros recuperados : 78 | |
| 2. |  | MEIRELLES, S. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Estimativas de parâmetros genéticos para características de carcaça da raça Canchim, criados em pastagens. In: REUNION ASOCIACION LATINOAMERICANA DE PRODUCCION ANIMAL, 30.; REUNION ASOCIACION PERUANA DE PRODUCCION ANINAL, 30.; CONGRESSO INTERNACIONAL DE GANDEIRA DE DOBLE PROPOSTO, 5., 2007, Cuzco, Perú. Annales... Cuzco: ALPA: APPA, 2007. 1 CD-ROM. Resumos na seguinte fonte: Archivos Latinoamericano de Produccion Animal, v. 15, (Supl.1), 334, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 8. | | ANDRÉO, R.; ALENCAR, M. M. de; VENERONI, G.; MEIRELLES, S. L.; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Análise de associação entre o marcador microssatélite CYP21 e espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUDESTE, 2006, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste, 2006. 1p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 12. | | BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; VIEIRA, L.; ZAROS, L. G.; MEIRELLES, S. L.; REGITANO, L. C. de A. Prospecção de SNPs no gene TNFa e sua possível associação à verminose gastrintestinal em caprinos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 9., 2012, João Pessoa. Anais... João Pessoa: SBMA, 2012. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 13. | | TIZIOTO, P. C.; VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; GASPARIN, G.; IBELLI, A. M. G.; OLIVIERA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Associação entre polimorfismos de única base (SNP) dos genes PPARGC1A e PSMC1 com espessura de gordura subcutânea em animais da raça Canchim. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2009. p. 210.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 14. | | VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; OLIVEIRA, H. M.; ALENCAR, M. M. de; GASPARIN, G.; GOVEIA, J. J. S.; MIYATA, M.; REGITANO, L. C. de A. Associação de marcadores moleculares do BTA14 com espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUDESTE, 2006, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste, 2006. (Documentos / Embrapa Pecuária Sudeste, 62).| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 15. | | LOPES, A. G.; VENERONI, G. B.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N. de; GASPARIN, G.; MEIRELLES, S. L.; REGITANO, L. C. de A. Associação dos microssatélites BMC1207, BMS740 com características as produtivas espessura de gordura, AOL em bovinos Canchim. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUDESTE, 2006, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste, 2006.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 16. | | VENERONI, G. B.; SANTIAGO, A. C.; ANDREO, R.; MEIRELLES, S. L.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Associação do polimorfismo da Leptina com espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUDESTE, 2006, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste, 2006. 2p. (Documentos / Embrapa Pecuária Sudeste, 62).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 17. | | VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; GASPARIN, G.; GOUVEIA, J. J. S.; MIYATA, M.; REGITANO, L. C. de A. Associação da região centromérica do cromossomo 14 com espessura de gordura em bovinos da raça canchim. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2007. p. 90| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 18. | | VENERONI, G. B.; MEIRELLES. S. L.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; GASPARIN, G.; GOUVEIA, J. J. de S.; CERVINI, M.; REGITANO, L. C. de A. Association of CSSM066 and ILSTS011 microsatellite markers and thyroglobulin gene SNP with backfat in Canchim cattle. Scientia Agricola, v. 69, n. 1, p. 1-5, feb. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 19. | | MEIRELLES, S. L.; GOUVEIA, G. V.; GASPARIN, G.; ALENCAR, M. M. de; GOUVEIA, J. J. S.; REGITANO, L. C. de A. Candidate gene region for control of rib eye area in Canchim beef cattle. Genetics and Molecular Research, v. 10, n. 2, p. 1120-1226, jun. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 20. | | VENERONI-GOUVEIA, G.; TIZIOTO, P. C.; MEIRELLES, S. L. C.; SANTIAGO, A. C.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Candidate genes for carcass traits in a tropical-adapted Brazilian composite beef breed. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 4, p. 16667-16674, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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